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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x1e | ||||||
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タイトル | The crystal structure of mature acyl coenzyme A:isopenicillin N acyltransferase from Penicillium chrysogenum in complex 6- aminopenicillanic acid | ||||||
![]() | ACYL-COENZYME | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ZYMOGEN / NTN-HYDROLASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS / ACYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() isopenicillin-N N-acyltransferase / isopenicillin-N N-acyltransferase activity / : / penicillin biosynthetic process / peroxisomal matrix 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bokhove, M. / Yoshida, H. / Hensgens, C.M.H. / van der Laan, J.M. / Sutherland, J.D. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of an Isopenicillin N Converting Ntn-Hydrolase Reveal Different Catalytic Roles for the Active Site Residues of Precursor and Mature Enzyme. 著者: Bokhove, M. / Yoshida, H. / Hensgens, C.M.H. / Van Der Laan, J.M. / Sutherland, J.D. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 507.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 40023.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 407分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/X1E.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/X1E.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-X1E / ( | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.61 Å / Num. obs: 102192 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.29 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2X1D 解像度: 2→33.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.026 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→33.63 Å
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拘束条件 |
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