PDB-2x17: The X-ray structure of Ferritin from Pyrococcus furiosus loaded w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x17

タイトル

The X-ray structure of Ferritin from Pyrococcus furiosus loaded with Ag(I)

要素

PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

キーワード

METAL TRANSPORT / FERRITIN / NANO-PARTICLES

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ilari, A. / Fiorillo, A. / Ceci, P.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Silver Ion Incorporation and Nanoparticle Formation Inside the Cavity of Pyrococcus Furiosus Ferritin: Structural and Size-Distribution Analyses.
著者: Kasyutich, O. / Ilari, A. / Fiorillo, A. / Tatchev, D. / Hoell, A. / Ceci, P.

履歴

登録	2009年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月27日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2x17.ent.gz	658.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x17_validation.pdf.gz	558 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x17_full_validation.pdf.gz	571.3 KB	表示
XML形式データ	2x17_validation.xml.gz	122.3 KB	表示
CIF形式データ	2x17_validation.cif.gz	162 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/2x17	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2jd6S 2jd7 2jd8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iwk-1 2jd6-2 6a4u-1 2fkz-1 3kx9-d 5xx9-1 2wtl-1 1bfr-d 3fvb-1 2jd8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

0: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

1: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

2: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

3: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

4: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

5: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

6: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

7: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

8: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

9: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

G: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

H: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

I: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

J: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

K: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

L: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

M: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

N: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

O: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

P: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

Q: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

R: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

Y: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

Z: PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG

ヘテロ分子

488 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.681, 157.681, 246.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	0	1 - 172
2	1	1	4	1	1 - 172
3	1	1	4	2	1 - 172
4	1	1	4	3	1 - 172
5	1	1	4	4	1 - 172
6	1	1	4	5	1 - 172
7	1	1	4	6	1 - 172
8	1	1	4	7	1 - 172
9	1	1	4	8	1 - 172
10	1	1	4	9	1 - 172
11	1	1	4	G	1 - 172
12	1	1	4	H	1 - 172
13	1	1	4	I	1 - 172
14	1	1	4	J	1 - 172
15	1	1	4	K	1 - 172
16	1	1	4	L	1 - 172
18	1	1	4	M	1 - 172
17	1	1	4	N	1 - 172
19	1	1	4	O	1 - 172
20	1	1	4	P	1 - 172
21	1	1	4	Q	1 - 172
22	1	1	4	R	1 - 172
23	1	1	4	Y	1 - 172
24	1	1	4	Z	1 - 172

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.31103, -0.93871, -0.14863), (0.56886, -0.30916, 0.76211), (-0.76135, 0.15249, 0.63015)	-98.62795, 46.60053, -58.50684
3	given	(-0.99604, 0.08525, 0.02527), (0.0846, 0.82128, 0.56421), (0.02734, 0.56411, -0.82524)	-153.30264, 6.96138, 0.6066
4	given	(-0.25306, 0.91346, 0.31867), (0.00445, 0.33048, -0.9438), (-0.96744, -0.23742, -0.0877)	-98.06266, 1.18408, -73.47054
5	given	(-0.25211, -0.00235, -0.9677), (0.90699, 0.34805, -0.23714), (0.33736, -0.93747, -0.08561)	-96.21474, 70.99603, 27.7325
6	given	(0.33961, 0.01005, 0.94051), (0.91145, -0.25039, -0.32644), (0.23221, 0.96809, -0.0942)	-50.06402, 72.68034, 15.87706
7	given	(0.81291, 0.08276, -0.57648), (0.09173, -0.99569, -0.0136), (-0.57512, -0.04183, -0.817)	-14.89422, 11.54774, -44.19554
8	given	(0.22295, -0.88229, -0.41455), (-0.57045, 0.22676, -0.78941), (0.7905, 0.41248, -0.45274)	-57.51031, -41.70454, 59.20051
9	given	(-0.82249, -0.1805, 0.53938), (-0.17578, -0.82122, -0.54287), (0.54093, -0.54131, 0.64372)	-139.26711, -9.41528, 42.63627
10	given	(0.3395, 0.91035, 0.23663), (0.00953, -0.25489, 0.96692), (0.94056, -0.32602, -0.09521)	-52.62653, 3.28637, 72.72798
11	given	(0.0064, -0.2536, 0.96729), (0.33724, 0.91119, 0.23666), (-0.9414, 0.32469, 0.09136)	-75.67312, 26.15024, -72.88909
12	given	(0.00335, 0.3314, -0.94348), (-0.25378, 0.91288, 0.31975), (0.96726, 0.23837, 0.08716)	-77.69582, -19.26122, 73.49255
13	given	(-0.1764, -0.82112, -0.54281), (-0.82188, -0.1806, 0.54028), (-0.54166, 0.54143, -0.64301)	-88.29765, -60.38178, -42.66244
14	given	(0.9066, 0.34921, -0.2369), (-0.25209, -0.00201, -0.9677), (-0.33841, 0.93704, 0.08621)	-7.8162, -17.36225, -27.78795
15	given	(0.08308, 0.81896, 0.5678), (-0.99625, 0.08201, 0.02749), (-0.02405, -0.56796, 0.82271)	-72.01357, -74.57189, -0.61
16	given	(-0.88232, 0.20937, 0.42153), (0.23891, -0.57241, 0.78439), (0.40551, 0.79279, 0.45502)	-144.84595, 21.23711, 29.85652
17	given	(0.56849, -0.30779, 0.76294), (-0.31319, -0.93852, -0.14525), (0.76074, -0.15637, -0.62993)	-32.22578, -19.83797, 58.34291
18	given	(-0.5686, 0.22584, -0.79101), (0.2253, -0.88205, -0.41379), (-0.79116, -0.4135, 0.45065)	-120.50104, 21.48301, -59.30031
19	given	(0.09219, -0.99555, -0.01956), (0.81299, 0.08659, -0.57581), (0.57494, 0.03718, 0.81735)	-67.31162, 64.10123, 43.98989
20	given	(0.91174, -0.25215, -0.32427), (0.33796, 0.01176, 0.94109), (-0.23348, -0.96762, 0.09594)	-6.19655, 28.75239, -15.91002
21	given	(-0.00015, 1, 0.00065), (1, 0.00015, 0.00049), (0.00049, 0.00065, -1)	-78.84122, 78.86416, 0.05239
22	given	(-0.93413, -0.3205, 0.15709), (-0.32019, 0.55801, -0.76557), (0.15771, -0.76544, -0.62388)	-147.80771, -23.91688, 13.50707
23	given	(-0.31866, 0.56063, -0.7643), (-0.93494, -0.31866, 0.15605), (-0.15606, 0.7643, 0.6257)	-102.58054, -68.91823, -13.46304
24	given	(0.2397, -0.57182, 0.78458), (-0.8824, 0.2087, 0.42169), (-0.40487, -0.79339, -0.45455)	-57.54787, -66.01788, -29.84276

#1: タンパク質	... PUTATIVE FERRITIN HOMOLOG / SILVER LOADED FERRITIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS 分子量: 20204.008 Da / 分子数: 24 / 断片: RESIDUES 1-173 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FERRITIN LOADED WITH AG (I) / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2T8
#2: 化合物	... ChemComp-AG / SILVER ION 分子量: 107.868 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 2.1-2.3 M AMMONIUM SULFATE, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 107788 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 65.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JD6

2jd6

解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 25.323 / SU ML: 0.444 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.517 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28338	5386	5 %	RANDOM
R_work	0.26014	-	-	-
obs	0.26132	102347	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33983	0	33	26	34042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	34842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.744	1.978	46841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.837	5	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.108	24.786	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.148	15	6444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.58	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	26572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.178	1.5	20563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.332	2	32727
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.362	3	14279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.466	4.5	14114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1407 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	0	medium positional	0.2	0.5
2	1	medium positional	0.22	0.5
3	2	medium positional	0.18	0.5
4	3	medium positional	0.19	0.5
5	4	medium positional	0.17	0.5
6	5	medium positional	0.19	0.5
7	6	medium positional	0.39	0.5
8	7	medium positional	0.21	0.5
9	8	medium positional	0.17	0.5
10	9	medium positional	0.19	0.5
11	G	medium positional	0.31	0.5
12	H	medium positional	0.17	0.5
13	I	medium positional	0.16	0.5
14	J	medium positional	0.18	0.5
15	K	medium positional	0.25	0.5
16	L	medium positional	0.26	0.5
18	M	medium positional	0.24	0.5
17	N	medium positional	0.28	0.5
19	O	medium positional	0.24	0.5
20	P	medium positional	0.16	0.5
21	Q	medium positional	0.15	0.5
22	R	medium positional	0.2	0.5
23	Y	medium positional	0.17	0.5
24	Z	medium positional	0.23	0.5
1	0	medium thermal	0.04	2
2	1	medium thermal	0.04	2
3	2	medium thermal	0.06	2
4	3	medium thermal	0.04	2
5	4	medium thermal	0.04	2
6	5	medium thermal	0.05	2
7	6	medium thermal	0.05	2
8	7	medium thermal	0.04	2
9	8	medium thermal	0.04	2
10	9	medium thermal	0.05	2
11	G	medium thermal	0.05	2
12	H	medium thermal	0.05	2
13	I	medium thermal	0.05	2
14	J	medium thermal	0.04	2
15	K	medium thermal	0.06	2
16	L	medium thermal	0.04	2
18	M	medium thermal	0.05	2
17	N	medium thermal	0.05	2
19	O	medium thermal	0.07	2
20	P	medium thermal	0.05	2
21	Q	medium thermal	0.05	2
22	R	medium thermal	0.04	2
23	Y	medium thermal	0.05	2
24	Z	medium thermal	0.06	2

LS精密化シェル

解像度: 3.097→3.177 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	409	-
R_work	0.328	7348	-
obs	-	-	96.65 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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