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- PDB-2x0e: Complex structure of WsaF with dTDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x0e
タイトルComplex structure of WsaF with dTDP
要素WSAF
キーワードTRANSFERASE / GT4 FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11090 / : / : / WsaF, N-terminal domain / WsaF, C-terminal domain / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / WsaF
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Steiner, K. / Hagelueken, G. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Substrate Binding in Wsaf, a Rhamnosyltransferase from Geobacillus Stearothermophilus.
著者: Steiner, K. / Hagelueken, G. / Messner, P. / Schaeffer, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WSAF
B: WSAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5437
ポリマ－96,4622
非ポリマー1,0815
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-34.18 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.820, 75.560, 77.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 28:381 OR RESSEQ 389:398 OR RESSEQ 402:413 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 28:381 OR RESSEQ 389:398 OR RESSEQ 402:413 )

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要素

#1: タンパク質 WSAF / RHAMNOSYLTRANSFERASE


分子量: 48231.059 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
株: 2004/3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7BG50
#2: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 78 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 79 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 78 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 79 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 81 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 78 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 79 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 81 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 詳細: 0.2 MM MG FORMATE, 20% PEG3350, 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU-MSC SATURN 944 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→29.6 Å / Num. obs: 38750 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2.55 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 32.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X0D

2x0d


解像度: 2.81→29.63 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1971 5.1 %
Rwork0.185 --
obs0.188 38728 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.43 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0703 Å20 Å2-3.0078 Å2
2--9.0152 Å2-0 Å2
3----0.9449 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6193 0 68 114 6375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8098688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7642356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057935
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021097
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3087X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3087X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8142-2.91470.33081380.26262758X-RAY DIFFRACTION72
2.9147-3.03130.33681600.25293597X-RAY DIFFRACTION92
3.0313-3.16910.29712290.22773758X-RAY DIFFRACTION99
3.1691-3.3360.22841950.20523827X-RAY DIFFRACTION99
3.336-3.54470.27542240.18923836X-RAY DIFFRACTION99
3.5447-3.81790.23062150.16943825X-RAY DIFFRACTION99
3.8179-4.20110.22312170.15153799X-RAY DIFFRACTION99
4.2011-4.80680.19691880.13793822X-RAY DIFFRACTION99
4.8068-6.04760.21052100.14433817X-RAY DIFFRACTION99
6.0476-29.62990.21821950.16493718X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.557-0.1232-0.08590.4185-0.0430.8520.00670.1674-0.0433-0.0199-0.02160.019-0.0243-0.07990.02080.022-0.01120.01060.06760.00920.0196-16.44944.8972-6.1706
21.40410.16520.19650.2117-0.23910.39420.0287-0.4262-0.04310.0754-0.0299-0.0232-0.04180.01520.00880.06780.0318-0.01410.1353-0.02210.0109-13.96666.903628.3661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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