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- PDB-2x06: SULFOLACTATE DEHYDROGENASE FROM METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x06
タイトルSULFOLACTATE DEHYDROGENASE FROM METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII
要素L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYPERTHERMOSTABLE / COENZYME M / METHANOGENS / COENZYME M BIOSYNTHESIS / PRO-S HYDROGEN TRANSFER / NAD-BINDING WITHOUT A ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


L-2-hydroxycarboxylate dehydrogenase (NAD+) / coenzyme M biosynthetic process / L-2-hydroxycarboxylate dehydrogenase (NAD+) activity / sulfopyruvate decarboxylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate/L-lactate dehydrogenase-like / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like superfamily / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like, NADPH binding domain / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like, alpha-helical domain / Malate/L-lactate dehydrogenase / Hypothetical Oxidoreductase Yiak; Chain: A, domain 1 / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, four-helix barrel / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, NADPH binding domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich ...Malate/L-lactate dehydrogenase-like / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like superfamily / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like, NADPH binding domain / Malate/L-sulfolactate/L-lactate dehydrogenase-like, alpha-helical domain / Malate/L-lactate dehydrogenase / Hypothetical Oxidoreductase Yiak; Chain: A, domain 1 / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, four-helix barrel / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, NADPH binding domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-sulfolactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Irimia, A. / Madern, D. / Zaccai, G. / Vellieux, F.M.D.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Methanoarchaeal Sulfolactate Dehydrogenase: Prototype of a New Family of Nadh-Dependent Enzymes.
著者: Irimia, A. / Madern, D. / Vellieux, F.M.D.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2000
タイトル: Identification of an Archaeal 2-Hydroxy Acid Dehydrogenase Catalyzing Reactions Involved in Coenzyme Biosynthesis in Methanoarchaea.
著者: Graupner, M. / Xu, H. / White, R.H.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2001
タイトル: The First Examples of (S)-2-Hydroxyacid Dehydrogenases Catalyzing the Transfer of the Pro-4S Hydrogen of Nadh are Found in the Archaea.
著者: Graupner, M. / White, R.H.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2009年12月15日ID: 1RFM
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
B: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
C: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
D: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
E: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
F: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
G: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
H: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,95916
ポリマ－302,6518
非ポリマー5,3078
水9,008500
1
G: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
H: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9904
ポリマ－75,6632
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-72.96 kcal/mol
Surface area25640 Å2
手法PISA
2
E: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
F: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9904
ポリマ－75,6632
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-73.14 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
3
C: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
D: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9904
ポリマ－75,6632
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-71.12 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
4
A: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
B: L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9904
ポリマ－75,6632
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-72.73 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.930, 203.710, 100.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
L-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE / (R)-SULFOLACTATE DEHYDROGENASE / (R)-2-HYDROXYACID DEHYDROGENASE


分子量: 37831.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
プラスミド: PT 77 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58820, EC: 1.1.1.272
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 8000, SODIUM CHLORIDE, NADH, SPERMINE TETRA-HCL, TRIS, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979682, 0.979558, 0.977769
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9796821
20.9795581
30.9777691
反射解像度: 2.5→101.86 Å / Num. obs: 2309530 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.26 % / Biso Wilson estimate: 31.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 22.14
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 12.34 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / % possible all: 84.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
SnB位相決定
MLPHARE位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→32.831 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RE-REFINEMENT OF PDB ENTRY 1RFM USING PHENIX
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 4958 5 %
Rwork0.153 --
obs0.1567 99250 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.892 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3254 Å2-0 Å23.282 Å2
2--5.5172 Å2-0 Å2
3----0.1918 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20984 0 352 500 21836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32629298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.048733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1153287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053771
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.58950.41093740.31187233X-RAY DIFFRACTION74
2.5895-2.69310.27995080.1899648X-RAY DIFFRACTION98
2.6931-2.81560.25544480.17749632X-RAY DIFFRACTION98
2.8156-2.9640.26924970.17759632X-RAY DIFFRACTION98
2.964-3.14950.24465230.16969602X-RAY DIFFRACTION98
3.1495-3.39250.24345400.15419662X-RAY DIFFRACTION99
3.3925-3.73340.25060.12859669X-RAY DIFFRACTION99
3.7334-4.27270.1855140.11529730X-RAY DIFFRACTION99
4.2727-5.37930.17485390.11079724X-RAY DIFFRACTION99
5.3793-32.83370.19455090.14259760X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.18750.3959-0.2404-0.19860.40920.661-0.0051-0.0919-0.0678-0.04030.03040.0504-0.0549-0.10870.02170.08230.0129-0.04530.0801-0.04380.085-9.7458195.166820.7769
20.21460.002-0.33360.36740.04210.4509-0.1029-0.0671-0.17410.37520.08010.0214-0.5253-0.30030.21010.26260.1422-0.07560.21890.01160.3184-15.2486217.60876.9671
30.64620.2434-0.29030.28040.06520.1623-0.01350.2409-0.0844-0.0016-0.07370.07480.0931-0.0090.04720.0914-0.0132-0.04110.1518-0.06780.1304-2.1096197.817111.6555
40.52580.1078-0.50310.8501-0.02370.51490.1115-0.19590.15980.1058-0.01880.0712-0.1081-0.1247-0.02340.11890.0191-0.03360.0927-0.05220.0224-12.4807207.554530.1157
50.61270.2645-0.10690.0734-0.08130.4063-0.01820.0097-0.10140.05880.0329-0.12730.0183-0.017-0.0130.0487-0.0164-0.0270.0392-0.01090.115527.1474203.683812.9929
60.60810.30690.07470.2040.54840.4371-0.06920.11230.34980.1035-0.05460.1131-0.03120.03760.1570.1687-0.0049-0.06170.08340.02710.143611.3544217.987112.6737
70.30640.1130.34190.51730.12980.2863-0.0116-0.18240.18830.0584-0.13260.1743-0.04080.00680.10280.0881-0.0043-0.01820.09290.00330.171713.8499218.006923.1279
80.8271-0.3070.04950.15090.20440.3155-0.06510.28110.1527-0.17920.02530.0180.0236-0.02990.01490.1831-0.0275-0.04510.11720.01910.053218.5911208.06710.6096
90.73760.55940.12222.1197-0.87011.6554-0.15810.13180.2484-0.0541-0.4303-0.6998-0.08610.4840.36740.0734-0.0483-0.08230.20330.11760.238221.4487192.792249.46
100.79760.2976-0.11360.2779-0.42550.2802-0.0474-0.0232-0.0492-0.01180.0188-0.0281-0.08410.1207-0.02640.07470.0298-0.04930.0709-0.04430.07084.4611185.200953.3124
110.3901-0.0101-0.22230.4302-0.33670.8295-0.0124-0.16340.07580.1436-0.0005-0.2627-0.30020.2033-0.03370.1348-0.0578-0.0840.1863-0.05060.14155.7309195.003765.6347
121.4595-0.1695-0.30820.8054-1.14511.03190.11860.1830.34960.3988-0.2721-0.18-0.37020.25040.1520.1937-0.094-0.13750.0604-0.0330.0518.6253204.048848.6748
130.25530.2501-0.06961.14060.51020.57050.102-0.1264-0.1225-0.07160.1811-0.32960.39690.0258-0.1820.1403-0.03360.00530.3372-0.02330.0778-38.1851184.020168.7648
140.5329-0.0746-0.309-0.1313-0.22440.8604-0.0259-0.03640.03210.0739-0.05220.0734-0.0413-0.09040.04380.10450.0225-0.02590.1347-0.07610.0608-21.9177188.148159.2571
150.4601-0.2793-0.19910.12-0.02730.17220.0257-0.0735-0.0283-0.1425-0.0405-0.0175-0.1905-0.17760.08030.18340.0531-0.02630.1951-0.08640.0567-18.3729205.754763.3649
162.04330.14150.34780.52950.0630.8076-0.0938-0.7027-0.11510.12220.04540.04880.0553-0.1774-0.01340.2110.0474-0.05240.2921-0.01780.0153-19.4997184.975773.4457
170.4401-0.39370.30070.58360.08420.3040.19970.2033-0.2137-0.0923-0.1953-0.1082-0.00340.150.06590.1005-0.0349-0.01740.2481-0.05840.1551-18.9256151.655619.8983
180.3071-0.33210.24720.5742-0.13630.1343-0.04080.04210.1527-0.15250.0520.0880.0031-0.06780.02050.1113-0.04590.00290.0757-0.05280.1273-10.2915153.607136.3778
190.67750.03020.10740.23890.26620.14510.0445-0.19230.1216-0.1297-0.06920.03640.0346-0.014-0.03320.2346-0.0099-0.02610.15610.00320.2146-22.1096133.452640.0956
200.2248-0.03390.5451-0.0835-0.05620.97410.05050.0628-0.1124-0.01040.01410.02710.10280.1042-0.04810.1209-0.01270.00320.0643-0.06220.1926-10.0926144.561427.9921
210.4517-0.38040.01520.2871-0.47380.618-0.09410.0194-0.14150.19050.0653-0.10450.03160.06030.04050.15810.0372-0.0160.0290.02630.13635.832143.12559.4946
220.8608-0.0981-1.1690.06990.05141.576-0.2092-0.4076-0.3590.6541-0.2383-0.08890.26390.53710.16140.4897-0.00060.10170.13220.11490.409-1.0147121.362548.2024
230.33630.02790.32550.38710.03090.99930.0331-0.0927-0.06090.2199-0.0517-0.02170.1391-0.01690.02110.1442-0.01490.0460.00260.03140.085-5.3678144.374152.6788
241.8232-0.27630.06740.3609-0.11171.1485-0.28-0.6746-0.37830.24620.243-0.0380.2975-0.20480.01150.26410.02420.02280.12120.0890.23474.5034131.929676.2163
250.87710.2417-0.21290.6961-0.31630.46930.0273-0.1361-0.08340.0134-0.0962-0.0245-0.0640.02820.04850.08090.0034-0.01330.1161-0.01950.108423.3505161.113426.7717
260.2965-0.2715-0.01870.56330.26870.19130.0191-0.06360.1141-0.03240.0036-0.17770.22340.171-0.0220.16960.07470.01530.1225-0.01140.17626.7462150.36619.5982
270.54670.50660.21080.35910.12380.68440.03760.0921-0.00560.0722-0.0687-0.18290.10670.1494-0.01970.10510.012-0.02460.0939-0.06140.134719.8476154.47989.8144
280.3901-0.35710.16840.38660.29211.95040.05480.005-0.32260.10260.0359-0.20610.45640.40020.00670.14840.0346-0.00150.14370.04040.257629.4757144.544230.3884
290.312-0.12680.1480.1230.0260.21970.02340.00550.0449-0.091-0.07390.0169-0.0224-0.15980.00890.0938-0.0248-0.00670.1991-0.08610.08960.6067162.3258-9.844
300.0439-0.008-0.44720.27330.06440.5583-0.12740.2473-0.037-0.00470.06580.19540.2562-0.13760.10980.1927-0.0440.05550.0983-0.10810.074115.1009144.5251-5.9265
310.1550.0154-0.03270.34110.26610.1543-0.0708-0.01680.2055-0.0781-0.21980.21040.091-0.27830.12560.2426-0.0703-0.01280.1817-0.09790.21221.7617147.94211.1649
321.08940.05070.43980.23310.22211.4520.15380.3580.0594-0.0967-0.1046-0.02460.02190.1317-0.10270.19860.03130.02030.2019-0.08450.106714.2801161.8452-13.01
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:176)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 177:220)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 221:273)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 274:344)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 1:139)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 140:200)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 201:262)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 263:344)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 1:64)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 65:162)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 163:270)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 271:344)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID 1:26)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 27:173)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 174:262)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 263:344)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN E AND RESID 1:57)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN E AND RESID 58:172)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN E AND RESID 173:236)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN E AND RESID 237:344)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN F AND RESID 1:179)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN F AND RESID 180:232)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN F AND RESID 233:306)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 307:344)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN G AND RESID 1:127)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN G AND RESID 128:206)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN G AND RESID 207:297)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN G AND RESID 298:344)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN H AND RESID 1:135)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN H AND RESID 136:227)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN H AND RESID 228:255)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN H AND RESID 256:344)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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