PDB-2wzj: Catalytic and UBA domain of kinase MARK2/(Par-1) K82R, T208E doub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wzj

タイトル

Catalytic and UBA domain of kinase MARK2/(Par-1) K82R, T208E double mutant

要素

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

キーワード

TRANSFERASE / UBA DOMAIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / SIGNALING PROTEIN / S/T PROTEIN KINASE / DIFFERENTIATION / DEVELOPMENTAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / basal cortex / regulation of microtubule binding / tau-protein kinase / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of postsynapse organization / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.786 Å

データ登録者

Panneerselvam, S. / Marx, A. / Mandelkow, E.-M. / Mandelkow, E.

引用

ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Structure and Function of Polarity-Inducing Kinase Family Mark/Par-1 within the Branch of Ampk/Snf1-Related Kinases.
著者: Marx, A. / Nugoor, C. / Panneerselvam, S. / Mandelkow, E.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wzj.cif.gz	762.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wzj.ent.gz	639.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wzj_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wzj_full_validation.pdf.gz	532.7 KB	表示
XML形式データ	2wzj_validation.xml.gz	67.2 KB	表示
CIF形式データ	2wzj_validation.cif.gz	90.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/2wzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/2wzj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmuS 1y8g 1zmv 1zmw S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r1r-9 5j49-d 2zhb-d 3bnd-d 4ylf-1 6lig-d 4ay5-2 5hgv-1 2zha-d 6dnd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

E: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

F: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

226 kDa, 6 ポリマー
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1

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

E: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

F: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 2 ポリマー
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3

B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	162.240, 205.578, 91.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE MARK2 / MAP/MICROTUBULE AFFINITY-REGULATING KINASE 2 / ELKL MOTIF KINASE / EMK1 / MARK2 分子量: 37703.453 Da / 分子数: 6 / 断片: CATALYTIC AND UBA DOMAINS, RESIDUES 39-364 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI 参照: UniProt: O08679, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 208 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 208 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 208 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 208 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 208 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, THR 208 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LYS 82 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, THR 208 TO GLU
配列の詳細	G38 EXPRESSION TAG, R82 AND E208 ENGINEERED

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.46 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 60% TACSIMATE PH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 76705 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.97 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.64
反射シェル	解像度: 2.78→2.95 Å / 冗長度: 4.94 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZMU

1zmu

解像度: 2.786→45.394 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	3850	5 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1819	76630	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.083 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.8005 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.0959 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.7046 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.786→45.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15211	0	0	115	15326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	20892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.275	5868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2283
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7855-2.8208	0.3608	156	0.2785	2455	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8208-2.8579	0.354	148	0.2658	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8579-2.897	0.3569	151	0.2568	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.897-2.9384	0.3409	137	0.2618	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9384-2.9822	0.3478	129	0.2363	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9822-3.0288	0.2918	123	0.234	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0288-3.0785	0.302	144	0.2227	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0785-3.1316	0.2916	126	0.2116	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1316-3.1885	0.2906	137	0.21	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1885-3.2498	0.3031	143	0.205	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2498-3.3161	0.2779	127	0.1895	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3161-3.3882	0.2715	133	0.1868	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3882-3.467	0.2575	150	0.1908	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.467-3.5536	0.2512	146	0.177	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5536-3.6497	0.3071	151	0.1812	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6497-3.757	0.2548	142	0.1722	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.757-3.8782	0.2177	161	0.1535	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8782-4.0168	0.2523	125	0.149	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0168-4.1775	0.2036	149	0.1396	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1775-4.3675	0.19	144	0.1364	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3675-4.5975	0.2006	137	0.1328	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5975-4.8853	0.2056	137	0.1318	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8853-5.2619	0.1916	154	0.1316	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2619-5.7905	0.2042	130	0.1507	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7905-6.6262	0.2271	139	0.161	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6262-8.3399	0.2097	165	0.1581	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3399-45.4002	0.2145	166	0.1778	2889	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0185	-0.1863	0.4077	0.3465	-0.2742	0.6029	0.0716	-0.1321	-0.1606	0.0179	-0.053	-0.0052	-0.046	0.1741	-0	0.2477	0.0054	0.0166	0.2819	0.0415	0.1545	9.1749	-55.4274	-38.1756
2	1.2354	-0.1358	0.1835	0.3638	0.1956	0.4941	0.1016	0.0892	0.0365	0.03	-0.1158	-0.1058	0.1012	0.1222	0	0.2548	0.0152	-0.0247	0.2128	0.0108	0.1088	3.6768	-36.705	-66.3995
3	1.4645	-0.3675	0.3266	0.7487	0.0568	0.5158	0.0629	-0.224	0.0789	0.0748	-0.0954	0.3703	0.0812	0.0102	0.0003	0.1764	-0.0515	0.1419	0.1224	-0.0633	0.2851	-32.4948	-30.4213	-68.0286
4	0.3377	-0.4339	0.0029	0.1134	0.0595	0.7882	0.2139	0.0151	0.2943	-0.0076	-0.0944	-0.1433	-0.0632	-0.0094	-0	0.1919	-0.0328	0.0651	0.2526	-0.0512	0.2601	-45.2894	-45.7724	-96.475
5	0.5757	0.1503	-0.3835	0.7039	0.173	0.802	0.2005	-0.2647	-0.3315	0.2461	-0.1725	-0.1693	0.1957	-0.0208	0.0199	0.3525	-0.1042	-0.1326	0.2806	0.2219	0.532	-33.4641	-80.1323	-99.8712
6	1.5313	0.7353	0.2828	0.9465	0.1339	0.6173	-0.1994	0.2555	-0.9618	-0.2683	0.3976	-0.1519	0.0421	-0.0491	0.0433	0.2904	-0.0645	-0.0015	0.109	-0.064	0.9013	-15.012	-82.7229	-37.9624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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