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- PDB-2wy3: Structure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wy3
タイトルStructure of the HCMV UL16-MICB complex elucidates select binding of a viral immunoevasin to diverse NKG2D ligands
要素
  • MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
  • UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / IMMUNE RESPONSE / INNATE IMMUNITY / STRUCTURAL MIMICRY / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / CYTOLYSIS / ULBP / NKG2D / NK CELL / CELL MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / VIRAL IMMUNE EVASION / NATURAL KILLER CELL / CONVERGENT EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion by virus of host natural killer cell activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity ...evasion by virus of host natural killer cell activity / immune response-activating cell surface receptor signaling pathway / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of defense response to virus by host / gamma-delta T cell activation / host cell membrane / response to retinoic acid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to heat / adaptive immune response / killing of cells of another organism / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1990 / Viral unique long protein 16 / Human cytomegalovirus, UL16 ectodomain / Viral unique long protein 16 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Immunoglobulin-like - #1990 / Viral unique long protein 16 / Human cytomegalovirus, UL16 ectodomain / Viral unique long protein 16 / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein UL16 / MHC class I polypeptide-related sequence B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mueller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Hcmv Ul16-Micb Complex Elucidates Select Binding of a Viral Immunoevasin to Diverse Nkg2D Ligands.
著者: Muller, S. / Zocher, G. / Steinle, A. / Stehle, T.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
C: MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,52422
ポリマ－108,0284
非ポリマー6,49618
水11,512639
1
A: MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,68111
ポリマ－54,0142
非ポリマー2,6679
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint1.7 kcal/mol
Surface area16660 Å2
手法PISA
2
C: MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,84311
ポリマ－54,0142
非ポリマー3,8299
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint5.4 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.120, 104.170, 146.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5076, -0.02843, 0.8611), (0.02894, -0.9995, -0.01593), (0.8611, 0.01684, 0.5082)-50.64, 75.6, 28.66
2given(-0.5072, -0.03088, 0.8612), (0.02485, -0.9995, -0.0212), (0.8614, 0.01065, 0.5077)-50.73, 76.22, 28.81

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B / MHC CLASS I POLYPEPTIDE-RELATED SEQUENCE B ALLELE 002 / MIC-B


分子量: 36278.703 Da / 分子数: 2 / 断片: MHC CLASS I HOMOLOG DOMAIN, RESIDUES 24-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: CDNA OF ALLELE 002 WAS ISOLATED FROM A IMR90 HUMAN LUNG FIBROBLAST LIBRARY
Cell: FIBROBLAST / 器官: LUNG / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q29980
#2: タンパク質 UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16 / UL16


分子量: 17735.059 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 5 STRAIN AD169 (ヘルペスウイルス)
解説: CDNA ISOLATED FROM HCMV STRAIN AD169 GENOME. / プラスミド: PCDNA3.1(-) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.8.1 / 器官 (発現宿主): OVARY
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P16757

-
糖 , 1種, 12分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 645分子

#3: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ...THE UNIPROT ACCESSION NUMBER Q29980 DOES NOT PROVIDE THE CORRECT AMINO ACID SEQUENCE OF THE MICB ALLELE 002. THIS CAN BE FOUND UNDER AAB71642 IN PUBMED PROTEIN SEARCH. ONLY THE ALPHA1 AND ALPHA2 DOMAINS (RESIDUES 1-181) OF THE ECTODOMAIN (1-276) WAS EXPRESSED. THIS IS A FRAGMENT OF THE FULL LENGTH PROTEIN (RESIDUES 1-318). SEQUENCE OF UNCHARACTERIZED PROTEIN UL16 CAN ALSO BE FOUND UNDER NP_039950 IN THE PUBMED PROTEIN SEARCH. ONLY THE ECTODOMAIN (RESIDUES 1-184) WAS EXPRESSED. THIS IS A FRAGMENT OF THE FULL LENGTH PROTEIN ( 1-230). DUE TO CLEAVAGE OF THE SIGNAL PEPTIDE (RESIDUES 1- 26) THE MATURE UL16 PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONSISTS OF RESIDUES 27-184.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 25 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0013
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年8月30日
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 82272 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3.44 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 24.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JE6

1je6


解像度: 1.8→49.087 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN ...詳細: CHAIN A RESIDUES 149-151 AND 176- -181 ARE DISORDERED. CHAIN B 164-184 ARE DISORDERED. CHAIN C RESIDUES 148-149 AND 176-181 ARE DISORDERED. CHAIN D RESIDUES 160-184 ARE DISORDERED. MET0 IN CHAIN A IS NOT PART OF THE MATURE EUCARYOTIC MICB SEQUENCE BUT AN E.COLI ARTEFACT. MET140 IN CHAIN A AND CHAIN C WAS MODELLED AS AN ALANINE IN BOTH CASES
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 4114 5 %
Rwork0.177 --
obs0.1788 82271 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.518 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6447 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5617 Å20 Å2
3----4.083 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 229 639 5782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0577451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7692086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82120.21951380.21162625X-RAY DIFFRACTION98
1.8212-1.84340.23571380.19832613X-RAY DIFFRACTION97
1.8434-1.86670.2261390.19482657X-RAY DIFFRACTION98
1.8667-1.89130.22751380.19612615X-RAY DIFFRACTION97
1.8913-1.91720.23071380.18442610X-RAY DIFFRACTION98
1.9172-1.94460.25921410.18432681X-RAY DIFFRACTION98
1.9446-1.97360.20681380.17882628X-RAY DIFFRACTION98
1.9736-2.00450.25161400.17272658X-RAY DIFFRACTION98
2.0045-2.03730.19061380.16732635X-RAY DIFFRACTION99
2.0373-2.07240.21241420.15992684X-RAY DIFFRACTION99
2.0724-2.11010.20821380.16592630X-RAY DIFFRACTION98
2.1101-2.15070.18051420.15972690X-RAY DIFFRACTION99
2.1507-2.19460.20031400.15382673X-RAY DIFFRACTION99
2.1946-2.24230.17311410.16162664X-RAY DIFFRACTION99
2.2423-2.29450.22091410.16012687X-RAY DIFFRACTION99
2.2945-2.35190.22161420.16822690X-RAY DIFFRACTION99
2.3519-2.41550.23131420.16952702X-RAY DIFFRACTION99
2.4155-2.48650.22661410.16922679X-RAY DIFFRACTION99
2.4865-2.56680.18641420.16652693X-RAY DIFFRACTION99
2.5668-2.65850.21821420.17662715X-RAY DIFFRACTION99
2.6585-2.7650.20211430.17452715X-RAY DIFFRACTION99
2.765-2.89080.231430.17322718X-RAY DIFFRACTION99
2.8908-3.04320.24211440.18072732X-RAY DIFFRACTION100
3.0432-3.23380.1921440.172738X-RAY DIFFRACTION99
3.2338-3.48340.19961440.15542733X-RAY DIFFRACTION99
3.4834-3.83390.18211450.14512759X-RAY DIFFRACTION99
3.8339-4.38830.16441470.14492776X-RAY DIFFRACTION100
4.3883-5.52760.20271470.15222799X-RAY DIFFRACTION100
5.5276-49.10510.2351560.23092958X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68890.5431.11720.30710.82752.0066-0.00710.3072-0.3937-0.17920.2416-0.18120.28720.2566-0.24660.2910.0002-0.02360.1848-0.04010.141617.448948.704989.1082
21.71580.64430.36321.07110.88143.23540.1127-0.0365-0.0434-0.03690.01960.01380.29590.1234-0.13310.2270.0376-0.01940.1062-0.00880.127618.605649.106596.4055
30.90530.11771.25350.11381.24032.71370.0040.0278-0.0015-0.32860.02040.0247-0.39910.0567-0.01950.3352-0.0179-0.04620.1199-0.01790.125614.603757.959881.2229
40.9883-1.1732-1.8183-0.13767.86564.7948-0.8795-0.2022-0.19130.69750.51640.5134-0.68310.03510.22050.74060.3628-0.00380.4647-0.03030.20170.332757.785183.778
51.7787-0.82420.75020.80480.39661.33620.11-0.1483-0.3218-0.2959-0.05930.13350.0038-0.22040.01950.2243-0.0281-0.01630.2363-0.05990.186819.516564.170396.0208
60.8528-0.97670.77485.6371-2.52573.0020.45790.26890.0963-0.5533-0.53740.4863-0.0456-0.12660.05160.26590.17-0.01030.31230.0330.212116.029324.99189.3752
70.5364-0.87940.91462.588-0.64533.60970.1770.02490.41230.0046-0.19280.3923-0.5289-0.4796-0.05490.16330.0874-0.01320.19040.00910.19718.325427.209395.8164
83.6356-3.2351-1.4392-2.7256-1.92324.87840.35580.36282.68490.75850.65451.8755-1.57070.3584-0.92220.616-0.14880.07530.18470.23910.875927.425335.251894.4403
93.4111-1.11160.98831.7014-0.1746-1.81510.17560.16450.0134-0.1504-0.12360.0769-0.10280.1748-0.04070.16390.0431-0.00880.1724-0.00910.175723.402325.011194.0344
102.0471-2.12910.41921.7466-0.00661.51460.19460.3299-0.4139-0.2586-0.24580.73890.0468-0.60250.1070.24920.0385-0.10840.3598-0.05920.302112.137514.606487.795
111.5931.3145-1.63390.69340.8656-0.67930.12660.9610.0196-0.75230.2010.3496-0.5141-0.6253-0.17050.50120.1917-0.26970.6976-0.10370.33269.629115.806974.7051
122.00570.14442.10822.8057-2.6308-5.45360.42640.7846-0.6462-1.6331-1.06160.007-0.05960.26640.43420.85170.2494-0.05980.4663-0.13070.086923.328313.163976.4897
130.6801-1.3575-1.27531.97510.93881.59160.10960.1558-0.0214-0.0954-0.09110.2126-0.1882-0.4081-0.02910.16860.00960.00220.24040.02730.189921.076811.184898.0976
142.7475-0.70011.0779-0.08620.78380.3396-0.1155-0.85080.17340.08810.10470.217-0.2862-0.03140.07690.2270.02930.06680.3284-0.00460.23992.529976.0589118.4574
152.006-0.5234-0.42560.8513-1.8134-0.9697-0.3002-0.261-0.09050.21790.2111-0.03870.00460.23110.09460.2091-0.035-0.0110.15710.0010.137320.705872.6158116.0115
161.17170.13190.0081.3318-0.17551.04970.0520.0392-0.0571-0.0062-0.02220.1337-0.1225-0.0754-0.02830.1043-0.0048-0.01020.12630.00250.157814.353373.4336108.1887
170.8391-0.50230.89891.582-0.11412.3379-0.11620.16550.1391-0.23660.07340.337-0.3171-0.30170.06610.13980.0066-0.04520.14950.01230.15277.895976.3535101.9661
181.19020.3190.07330.74510.32640.3664-0.12960.32780.0007-0.24210.18540.0367-0.0739-0.1077-0.03080.1843-0.0401-0.00190.1596-0.0140.135713.880669.4122101.1327
191.4279-1.4771.2360.07180.04220.5308-0.0967-0.302-0.17960.02970.0110.0321-0.035-0.11570.0730.1313-0.02070.02020.1552-0.00070.149215.072772.8926114.0179
202.62140.7342-4.75461.07661.69733.2589-0.68430.6194-0.6603-0.18810.0241-0.3251.42270.03160.68260.4953-0.00970.15990.3583-0.07420.340432.046973.315297.3377
21-2.9221-1.67431.91121.76-0.80583.66760.09290.09120.1656-0.2869-0.0044-0.37620.23010.9695-0.05860.10740.04310.04950.32690.02330.276549.8055-0.989892.0453
220.6731-0.6486-0.04781.5970.9960.82320.0248-0.18760.16390.16760.0881-0.6090.22150.3354-0.06210.2076-0.0064-0.07620.1714-0.00140.238242.40831.4841105.5265
230.53260.2778-0.02070.60010.30081.22520.0427-0.00780.0143-0.06880.0313-0.0154-0.0937-0.0316-0.06380.151-0.00190.03420.095-0.00080.113234.70483.249197.0874
241.1007-0.0803-0.4560.1575-0.04351.2993-0.02210.0349-0.187-0.31510.0557-0.04660.27660.049-0.01960.2053-0.02430.01530.0948-0.00150.136633.8088-3.991389.5712
250.6846-0.6137-1.3456-0.3312-3.35584.9040.20040.14060.17370.0144-0.2273-0.064-0.5918-0.08930.00510.1869-0.0130.01740.09540.02310.103832.549911.638385.877
260.4297-0.50330.10990.67880.45710.97610.0421-0.0025-0.0179-0.0310.0083-0.02050.04620.0039-0.04830.0901-0.01850.01130.07740.00690.103634.54932.366398.0176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:25)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 26:84)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 85:139)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 140:148)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 152:175)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 0:17)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESID 18:37)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C AND RESID 38:41)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 42:90)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 91:124)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 125:139)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 140:156)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 157:175)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 27:42)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 43:55)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 56:87)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 88:115)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 116:134)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 135:156)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 157:163)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN D AND RESID 27:43)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 44:52)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN D AND RESID 53:84)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN D AND RESID 85:110)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN D AND RESID 111:117)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN D AND RESID 118:159)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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