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万見
- PDB-2wy2: NMR structure of the IIAchitobiose-IIBchitobiose phosphoryl trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wy2
タイトルNMR structure of the IIAchitobiose-IIBchitobiose phosphoryl transition state complex of the N,N'-diacetylchitoboise brance of the E. coli phosphotransferase system.
要素
  • N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
  • N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / CHITOBIOSE / SUGAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase / protein-phosphocysteine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase system transporter activity / N,N'-diacetylchitobiose import / protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Phosphotransferase system, EIIB component, type 3 / PTS_EIIB type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit ...: / Phosphotransferase system, EIIB component, type 3 / PTS_EIIB type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Response regulator / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHITE ION / N,N'-diacetylchitobiose-specific enzyme IIB component of PTS / PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIA component / PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIB component
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR
Model type detailsRESTRAINED MINIMIZED AVERAGE, MODEL 1
データ登録者Sang, Y.S. / Cai, M. / Clore, G.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution Structure of the Iiachitobose-Iibchitobiose Complex of the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia Coli Phosphotransfer System
著者: Jung, Y.S. / Cai, M. / Clore, G.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of Enzyme Iia(Chitobiose) from the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia Coli Phosphotransferase System.
著者: Tang, C. / Williams, D.C.J. / Ghirlando, R. / Clore, G.M.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Structure of an Energy-Coupling Protein from Bacteria, Iibcellobiose, Reveals Similarity to Eukaryotic Protein Tyrosine Phosphatases.
著者: Van Montfort, R.L. / Pijning, T. / Kalk, K.H. / Reizer, J. / Saier, M.H.J. / Thunnissen, M.M. / Robillard, G.T. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: NMR Structure of Cysteinyl-Phosphorylated Enzyme Iib of the N,N'-Diacetylchitobiose-Specific Phosphoenolpyruvate-Dependent Phosphotransferase System of Escherichia Coli.
著者: Ab, E. / Schuurman-Wolters, G.K. / Nijlant, D. / Dijkstra, K. / Saier, M.H. / Robillard, G.T. / Scheek, R.M.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22017年4月19日Group: Other
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other ...Data collection / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software
Item: _entity.src_method / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
B: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
C: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
D: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9135
ポリマ－44,8344
非ポリマー791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)64 / 64
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT / IIACHB / PTS SYSTEM N\ / N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC EIIA COMPONENT / EIIA-CHB / EIII-CHB


分子量: 11256.186 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 14-116 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P69791, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT / IIBCHB / PTS SYSTEM N\ / N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC EIIB COMPONENT


分子量: 11065.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C3T7F7, UniProt: P69795*PLUS, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#3: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 92 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 92 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 92 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 92 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 92 TO LEU
非ポリマーの詳細PHOSPHORYL GROUP (PO3): THIS IS A PLANAR PHOSPHORYL GROUP IN A PENTACOORDINATE TRANSITION STATE
配列の詳細RESIDUE 1 IN CHAINS A, B AND C CORRESPONDS TO RESIDUE 14 OF WILD TYPE IIACHB, RESIDUE 76 IS A HIS. ...RESIDUE 1 IN CHAINS A, B AND C CORRESPONDS TO RESIDUE 14 OF WILD TYPE IIACHB, RESIDUE 76 IS A HIS. TO OBTAIN WILD TYPE NUMBERING ADD 14. IN THE CONSTRUCT EMPLOYED THE 1ST 13 RESIDUES OF THE WILD TYPE HAVE BEEN DELETED. CHAIN D SEQUENCE STARTS AT RESIDUE 3 CHAIN D BEST MATCH AGAINST UNIPROT SEQUENCE DATABASE WAS FOUND TO BE C3T7F7. CHAIN D IS CHEMICALLY SYNTHESIZED.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態温度: 308.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX8004
Bruker DRXBrukerDRX9005

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解析

NMR software名称: Xplor-NIH / バージョン: 2.23 / 開発者: SCHWIETERS,KUSZEWSKI,CLORE / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED ON THE BASIS OF THE COORDINATES OF THE UNPHOSPHORYLATED COMPLEX 2WWV. TO SOLVE THE TRANSITION STATE COMPLEX, THE COORDINATES OF THE UNPHOSPHORYLATED COMPLEX 2WWV ARE ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED ON THE BASIS OF THE COORDINATES OF THE UNPHOSPHORYLATED COMPLEX 2WWV. TO SOLVE THE TRANSITION STATE COMPLEX, THE COORDINATES OF THE UNPHOSPHORYLATED COMPLEX 2WWV ARE HELD FIXED WITH THE EXCEPTION OF THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB, THE ACTIVE SITE OF IIACHB, THE PHOSPHORYL GROUP, AND INTERFACIAL SIDE CHAINS IN THE IMMEDIATE VICINITY OF THE ACTIVE SITE AND THE PHOSPHORYL GROUP WHICH ARE GIVEN TORSION DEGREES OF FREEDOM. THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB COMPRISES RESIDUES 9-16 OF CHAIN D. THE ACTIVE SITE REGION OF IIACHB COMPRISES RESIDUES 74 TO 79 OF CHAINS A, B AND C. THE EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS ARE IDENTICAL TO THOSE USED TO CALCULATE 2WWV EXCEPT FOR THE DIPOLAR COUPLINGS WHICH WERE OBTAINED FROM FREE PHOSPHORYLATED IIBCHB. FOR FURTHER DETAILS SEE THE JNRL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 64 / 登録したコンフォーマーの数: 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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