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- PDB-2wwv: NMR structure of the IIAchitobiose-IIBchitobiose complex of the N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwv
タイトルNMR structure of the IIAchitobiose-IIBchitobiose complex of the N,N'- diacetylchitoboise brance of the E. coli phosphotransferase system.
要素
  • N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
  • N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / CHITOBIOSE / SUGAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase / protein-phosphocysteine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase system transporter activity / N,N'-diacetylchitobiose import / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / phosphorylation / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, EIIB component, type 3 / PTS_EIIB type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit ...Phosphotransferase system, EIIB component, type 3 / PTS_EIIB type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Response regulator / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIA component / PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIB component
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / CONJOINED RIGID BODY, TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE, MODEL 1
データ登録者Sang, Y.S. / Cai, M. / Clore, G.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution Structure of the Iiachitobose-Iibchitobiose Complex of the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia Coli Phosphotransfer System
著者: Jung, Y.S. / Cai, M. / Clore, G.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of Enzyme Iia(Chitobiose) from the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia Coli Phosphotransferase System.
著者: Tang, C. / Williams, D.C.J. / Ghirlando, R. / Clore, G.M.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Structure of an Energy-Coupling Protein from Bacteria, Iibcellobiose, Reveals Similarity to Eukaryotic Protein Tyrosine Phosphatases.
著者: Van Montfort, R.L. / Pijning, T. / Kalk, K.H. / Reizer, J. / Saier, M.H.J. / Thunnissen, M.M. / Robillard, G.T. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: NMR Structure of Cysteinyl-Phosphorylated Enzyme Iib of the N,N'-Diacetylchitobiose-Specific Phosphoenolpyruvate-Dependent Phosphotransferase System of Escherichia Coli.
著者: Ab, E. / Schuurman-Wolters, G.K. / Nijlant, D. / Dijkstra, K. / Saier, M.H. / Robillard, G.T. / Scheek, R.M.
履歴
登録2009年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references / Other ...Database references / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年4月19日Group: Other
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other ...Data collection / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software
Item: _entity.src_method / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
B: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
C: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT
D: N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7904
ポリマ－44,7904
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)91 / 91RESTRAINED REGULARIZED MEAN
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIA COMPONENT / IIACHB / PTS SYSTEM N\ / N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC EIIA COMPONENT / EIIA-CHB / EIII-CHB


分子量: 11247.152 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 14-116 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P69791, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 N\,N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME IIB COMPONENT / IIBCHB / PTS SYSTEM N\ / N'-DIACETYLCHITOBIOSE-SPECIFIC EIIB COMPONENT


分子量: 11049.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P69795, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 89 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 92 TO LEU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 89 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 92 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 89 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 92 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 89 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 92 TO LEU
配列の詳細RESIDUE 1 IN CHAINS A, B AND C CORRESPONDS TO RESIDUE 14 OF WILD TYPE IIACHB, RESIDUE 76 IS A HIS ...RESIDUE 1 IN CHAINS A, B AND C CORRESPONDS TO RESIDUE 14 OF WILD TYPE IIACHB, RESIDUE 76 IS A HIS CHAIN D WAS PROVIDED WITH UNIPROT SEQUENCE REFERENCE P69795 BUT IS SYNTHETICALLY SYNTHESIZED.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOE
121ISOTOPE FILTERED/EDITED NOE
131RDC
141TRIPLE RESONANCE CORRELATION
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 308.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX8004
Bruker DRXBrukerDRX9005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.23SCHWIETERS, KUSZEWSKI,CLORE精密化
Xplor-NIH構造決定
精密化手法: CONJOINED RIGID BODY, TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS SOLVED BY CONJOINED RIGID BODY/TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING USING XPLOR-NIH. THE CALCULATIONS ARE BASED ON 40 INTERMOLECULAR INTERPROTON DISTANCE ...詳細: THE STRUCTURE OF THE COMPLEX WAS SOLVED BY CONJOINED RIGID BODY/TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING USING XPLOR-NIH. THE CALCULATIONS ARE BASED ON 40 INTERMOLECULAR INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, 78 INTRAMOLECULAR INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS RELATED ONLY TO THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB, 82 TORSION ANGLE RESTRAINTS RELATED TO THE BACKBONE OF THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB (RESIDUES 9-16, CHAIN D) AND THE INTERFACIAL SIDE CHAINS, 153 DIPOLAR COUPLINGS RELATED TO IIBCHB, AND 15 13CALPHA/13CBETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS RELATED TO THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB. WITH THE EXCEPTION OF THE ACTIVE SITE LOOP OF IIBCHB (RESIDUES 9-16 OF CHAIN D) AND A MOBILE LOOP OF IIACHB (RESIDUES 62-71 OF CHAINS A, B, C) THE BACKBONE OF THE TWO PROTEINS AND NON-INTERFACIAL SIDE CHAINS ARE TREATED AS RIGID BODIES WITH ROTATIONAL AND TRANSLATIONAL DEGREES OF FREEDOM. THE COORDINATES FOR THE PORTIONS TREATED AS RIGID BODIES ARE TAKEN FROM THE X-RAY STRUCTURE OF IIBCHB (PDB CODE 1IIB) AND THE NMR STRUCTURE OF IIACHB (PDB CODE 1WCR). THE BACKBONE OF RESIDUES 9-16 OF CHAIN D, 62-71 OF CHAINS A, B AND C, AND THE INTERFACIAL SIDE CHAINS ARE GIVEN FULL TORSIONAL DEGREES OF FREEDOM. THE TARGET FUNCTION COMPRISES NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, RDC RESTRAINTS, 13CALPHA/13CBETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS, A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM FOR THE NON-BONDED CONTACTS, A MULTIDIMENSIONAL TORSION ANGLE DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE, AND A GYRATION VOLUME POTENTIAL TO ENSURE OPTIMAL PACKING. FURTHER DETAILS ARE GIVEN IN THE ASSOCIATED PUBLICATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN
計算したコンフォーマーの数: 91 / 登録したコンフォーマーの数: 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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