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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wvd
タイトルStructural and mechanistic insights into Helicobacter pylori NikR function
要素PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / RHH DNA-BINDING / METAL-BINDING / METALLOREGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant ...Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Dian, C. / Bahlawane, C. / Muller, C. / Round, A. / Delay, C. / Fauquant, C. / Schauer, K. / de Reuse, H. / Michaud-Soret, I. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural and Mechanistic Insights Into Helicobacter Pylori Nikr Activation.
著者: Bahlawane, C. / Dian, C. / Muller, C. / Round, A. / Fauquant, C. / Schauer, K. / De Reuse, H. / Terradot, L. / Michaud-Soret, I.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
C: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
D: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,74616
ポリマ－68,6174
非ポリマー1,12912
水1,06359
1
C: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
D: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9659
ポリマ－34,3082
非ポリマー6577
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-75.1 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
B: PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7817
ポリマ－34,3082
非ポリマー4725
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-76.7 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.970, 116.980, 123.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PUTATIVE NICKEL-RESPONSIVE REGULATOR / HPNIKR


分子量: 17154.205 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25896
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 96 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 96 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 96 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 96 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 96 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 96 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.4-0.7 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM CITRATE PH 5-5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.32 Å / Num. obs: 21767 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CA9

2ca9


解像度: 2.65→38.958 Å / SU ML: 0.84 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED USING FOBS+ AND FOBS- AND NOT FOBS TO VERIFY THE PRESENCE OF METAL IONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 2081 5.1 %
Rwork0.2051 --
obs0.2064 40515 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.295 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.5169 Å20 Å20 Å2
2--1.5028 Å2-0 Å2
3---6.0142 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→38.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4261 0 66 59 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7825881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6591606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6501-2.74480.3142180.28943848X-RAY DIFFRACTION100
2.7448-2.85470.27081830.26063860X-RAY DIFFRACTION100
2.8547-2.98450.28922240.25493861X-RAY DIFFRACTION100
2.9845-3.14180.27332380.23923828X-RAY DIFFRACTION100
3.1418-3.33860.25211950.22783905X-RAY DIFFRACTION100
3.3386-3.59620.21782300.1883821X-RAY DIFFRACTION100
3.5962-3.95780.21551690.17963883X-RAY DIFFRACTION100
3.9578-4.52970.18931960.15773875X-RAY DIFFRACTION99
4.5297-5.70410.18752120.17663776X-RAY DIFFRACTION99
5.7041-38.96230.2282160.21313777X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22740.48640.13153.117-0.62231.70880.054-0.28080.14470.20210.11430.1664-0.0433-0.108-00.1927-0.0107-0.01010.19750.01020.1311-29.037615.0133-48.6571
20.79350.8386-0.46732.2701-0.92471.798-0.0556-0.02680.0110.0446-0.0254-0.097-0.03890.044300.12480.0381-0.0360.16930.04560.2025-14.92596.9152-32.4653
31.6680.18120.09660.62350.2232.29040.0429-0.08170.0894-0.0466-0.09690.0087-0.10950.0245-00.19220.0072-0.00070.14110.02960.160416.1528-15.8488-15.5146
41.14460.1902-0.45381.3414-0.36761.18690.01070.0338-0.04840.01830.06140.0005-0.0486-0.095300.20390.0349-0.02680.26140.04810.23032.087-1.7498-26.1187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A OR CHAIN B) AND RESSEQ 6:63
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A OR CHAIN B) AND RESSEQ 64:143
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C OR CHAIN D) AND RESSEQ 8:63
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN C OR CHAIN D) AND RESSEQ 64:145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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