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- PDB-2wv6: Crystal structure of the cholera toxin-like B-subunit from Citrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wv6
タイトルCrystal structure of the cholera toxin-like B-subunit from Citrobacter freundii to 1.9 angstrom
要素CFXB
キーワードTOXIN / LECTIN / B SUBUNIT / CHOLERA TOXIN-LIKE
機能・相同性Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / extracellular region / Mainly Beta / CFXB
機能・相同性情報
生物種CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Jansson, L. / Lebens, M. / Imberty, A. / Varrot, A. / Teneberg, S.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2010
タイトル: Carbohydrate Binding Specificities and Crystal Structure of the Cholera Toxin-Like B-Subunit from Citrobacter Freundii.
著者: Jansson, L. / Angstrom, J. / Lebens, M. / Imberty, A. / Varrot, A. / Teneberg, S.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. ... SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CFXB
E: CFXB
F: CFXB
G: CFXB
H: CFXB
I: CFXB
J: CFXB
K: CFXB
L: CFXB
M: CFXB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,94722
ポリマ－116,96210
非ポリマー98512
水9,224512
1
I: CFXB
J: CFXB
K: CFXB
L: CFXB
M: CFXB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,06612
ポリマ－58,4815
非ポリマー5857
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12190 Å2
ΔGint-53.3 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
2
D: CFXB
E: CFXB
F: CFXB
G: CFXB
H: CFXB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,88210
ポリマ－58,4815
非ポリマー4005
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-48.4 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.050, 100.940, 83.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-2039-

HOH

21L-2016-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
CFXB / AB5 TOXIN


分子量: 11696.230 Da / 分子数: 10 / 断片: B SUBUNIT, RESIDUES 23-125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
プラスミド: PML-HCFXBTAC / 発現宿主: VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 株 (発現宿主): JS1569 / 参照: UniProt: Q8GAV5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST 22 AMINO ACID CORRESPOND TO THE PEPTIDE SIGNAL. OUR NUMBERING START AT THE FIRST RESIDUE ...THE FIRST 22 AMINO ACID CORRESPOND TO THE PEPTIDE SIGNAL. OUR NUMBERING START AT THE FIRST RESIDUE FROM THE MATURE PROTEIN EQUAL TO NUMBER 23 IN THE DEPOSITED SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.95 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 10% PEG 6K, 1 M LITHIUM CHLORIDE AND 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6. 20% GLYECROL WERE ADDED AS CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→43.9 Å / Num. obs: 71465 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EFX

3efx


解像度: 1.895→40.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.003 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21121 3600 5 %RANDOM
Rwork0.17364 ---
obs0.17551 67864 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.686 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å2-0.55 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→40.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7427 0 64 512 8003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9610388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.00312722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3985941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04325.176340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.075151386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2581533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0751.54708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2531.51875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96127641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7132974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4294.52733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 230 -
Rwork0.226 4108 -
obs--81.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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