PDB-2wv0: Crystal structure of the GntR-HutC family member YvoA from Bacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wv0

タイトル

Crystal structure of the GntR-HutC family member YvoA from Bacillus subtilis

要素

HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

キーワード

TRANSCRIPTION / REPRESSOR / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / GNTR/HUTC FAMILY / CHORISMATE LYASE FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Resch, M. / Schiltz, E. / Titgemeyer, F. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Insight Into the Induction Mechanism of the Gntr/Hutc Bacterial Transcription Regulator Yvoa
著者: Resch, M. / Schiltz, E. / Titgemeyer, F. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2009年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wv0.cif.gz	881.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wv0.ent.gz	739.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/2wv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cty-d 3r9u-1 3r9u-2 7bvv-1 5usx-d 5w4c-d 2an1-2 3c7j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

G: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

H: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

I: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

J: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

277 kDa, 10 ポリマー
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1

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

F: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

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55.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

G: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.5 kDa, 2 ポリマー
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5

H: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

I: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
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6

J: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	208.410, 137.080, 120.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	G
3	1	H
4	1	J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 77
2	1	1	5	G	1 - 77
3	1	1	5	H	1 - 77
4	1	1	5	J	1 - 77
1	2	1	5	A	78 - 242
2	2	1	5	G	78 - 242
3	2	1	5	H	78 - 242
4	2	1	5	J	78 - 242

#1: タンパク質	HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR YVOA / YVOA 分子量: 27541.375 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 参照: UniProt: O34817
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M HEPES, PH 6.5, 1.26 M AMMONIUM SULPHATE, 0.111 M NDSB 256, 0.010 M NA-EDTA AND 1%(W/V) PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97965
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月28日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45 Å / Num. obs: 249821 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 1.4 % / B_iso Wilson estimate: 63.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→114 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.305 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	13035	10 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.205	117314	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→114 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17771	0	75	769	18615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	18253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.966	24811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.861	5	2386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.716	24.155	746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.144	15	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.468	15	103
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	7536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	12289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.361	1.5	12202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.619	2	18930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.228	3	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.967	4.5	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	412	medium positional	0.54	0.5
2	G	412	medium positional	0.83	0.5
3	H	412	medium positional	0.43	0.5
4	J	412	medium positional	0.34	0.5
1	A	351	loose positional	0.69	5
2	G	351	loose positional	0.95	5
3	H	351	loose positional	0.84	5
4	J	351	loose positional	0.7	5
1	A	412	medium thermal	1.02	2
2	G	412	medium thermal	0.45	2
3	H	412	medium thermal	1.11	2
4	J	412	medium thermal	0.38	2
1	A	351	loose thermal	1.78	10
2	G	351	loose thermal	0.98	10
3	H	351	loose thermal	1.81	10
4	J	351	loose thermal	1.02	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	963	-
R_work	0.259	8671	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5085	-4.3476	-0.1839	22.2961	-11.9142	7.4769	-0.2241	0.0542	0.6703	1.4743	0.3384	1.0074	-1.1807	-1.1694	-0.1143	-0.0324	0.1428	-0.0697	0.2004	0.1179	0.1425	12.07	57.5427	-11.4556
2	13.0552	0.9175	4.3899	4.7468	-7.2503	13.6785	0.5412	-0.1019	1.1094	0.9425	-0.3354	-0.1996	-1.3978	0.891	-0.2058	0.1546	-0.0063	-0.0431	-0.0267	0.0386	-0.0247	21.4687	53.9788	-4.6091
3	7.2805	-2.2327	-1.0986	5.5591	-2.7294	16.3337	-0.0844	-1.3886	0.9376	1.6515	0.3786	0.0291	-1.9274	0.079	-0.2942	0.575	0.0824	0.0715	0.1141	-0.0675	0.1328	16.547	52.4861	5.7363
4	11.7616	-2.9576	-4.892	24.6531	-21.0994	25.0654	-0.231	0.5812	-0.1824	0.9677	1.2133	2.4346	0.1017	-1.1342	-0.9823	-0.1838	0.0265	-0.0016	0.1886	0.1244	0.1326	8.9332	48.0693	-4.4308
5	6.4828	-4.0318	1.3243	19.2409	-14.0114	14.4136	-0.4529	-0.5165	-0.0504	-0.2819	-0.4306	0.0181	0.3802	0.6882	0.8835	-0.0661	0.0696	-0.0263	0.0162	0.1014	-0.0055	20.6024	42.5783	0.748
6	21.9347	-7.486	-9.5879	2.5549	3.2722	4.191	-0.2348	-1.2752	-2.1804	0.2741	0.1769	0.2668	-0.007	0.0212	0.0579	0.2858	0.0151	0.158	0.4702	0.2799	0.1383	33.7318	44.833	3.3893
7	7.9105	-13.581	6.0029	23.4328	-10.8879	7.4607	-0.2551	-1.0939	-1.0316	0.381	0.0424	-0.2247	1.1393	-0.3433	0.2127	-0.1418	-0.086	-0.0627	-0.131	0.1104	0.0365	37.5742	45.3774	-8.5195
8	6.5611	-1.5387	-2.7775	1.41	-0.4604	7.0092	-0.0008	0.5002	-0.6087	-0.5353	-0.0867	0.2605	-0.1209	-0.1614	0.0875	-0.0767	-0.163	-0.0424	-0.2068	0.0051	0.066	39.7079	45.1436	-22.2919
9	8.8585	-4.8043	-1.8688	5.0596	1.4138	4.5929	-0.0589	0.7564	0.237	-0.3976	-0.0226	-0.4126	0.5611	0.3247	0.0815	0.0869	-0.0959	0.07	-0.1356	0.0252	-0.0385	47.9649	43.0067	-23.6395
10	2.4071	-1.9426	-1.8268	3.8703	0.5354	2.0737	0.104	0.4735	-0.6603	-0.6144	-0.2372	0.1151	0.3825	-0.3321	0.1332	0.0935	-0.0842	-0.0737	-0.1462	-0.0513	0.0494	40.6978	41.1348	-22.0103
11	0.6999	-1.3967	1.1362	7.7986	-0.0865	2.794	0.069	-0.2233	-0.4499	-0.4905	0.2414	-0.0656	0.2769	-0.2402	-0.3104	0.0948	-0.0342	0.1414	-0.2121	0.0817	0.1648	45.5314	39.4229	-13.7621
12	4.6507	-3.4351	1.4533	6.4219	-3.4323	3.3729	-0.1201	0.3659	0.1006	-0.134	-0.184	-0.203	-0.1241	0.085	0.3041	-0.0685	-0.0977	-0.0184	-0.2346	-0.0122	-0.0534	44.1483	54.7671	-18.1948
13	3.4987	-1.0698	0.4258	2.6416	-0.3802	2.2647	-0.0172	-0.3979	-0.1053	0.0891	0.0195	-0.4719	-0.1129	-0.197	-0.0023	-0.009	-0.0806	-0.046	-0.2245	0.0473	0.0565	46.5915	51.2278	-8.9471
14	2.9819	-0.3354	-1.2484	25.1835	-8.4113	5.3135	-0.2118	0.6157	-0.6644	-1.8188	0.2406	-0.3373	0.6309	0.033	-0.0288	0.1292	0.0331	0.1063	0.024	-0.1008	0.3101	76.6914	72.2004	-16.7953
15	5.3787	3.3196	-2.6222	16.4088	-4.6729	8.1567	-0.4586	0.4033	-0.7679	-1.4006	0.2787	-1.3062	0.5722	0.4075	0.1799	0.1193	0.1943	0.175	0.1315	-0.1071	0.7318	82.6175	62.7211	-15.4313
16	13.9624	0.2829	-5.1504	0.0698	-0.2344	2.164	0.1814	-0.4637	-0.9989	-0.0122	-0.2267	-1.5116	0.7519	0.4559	0.0453	0.2676	0.1229	0.0518	0.0131	0.0623	0.8692	75.3116	54.7717	-6.0148
17	9.2651	1.722	-3.8802	4.86	-0.7106	8.4842	0.0639	-0.4289	-0.6566	0.3737	-0.6823	-1.1551	0.2179	0.6293	0.6184	-0.0719	-0.0281	-0.1416	-0.1567	0.0454	0.0808	63.931	62.8987	-2.4129
18	7.2897	5.1594	-6.2181	13.4821	-3.1356	7.7834	-0.1483	-0.5339	0.573	1.7446	0.2941	1.1478	-0.2104	-0.7187	-0.1459	0.322	-0.0421	0.0397	0.2736	-0.0298	0.122	47.0259	71.069	13.6093
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63	4.5498	0.4247	1.053	3.0435	1.1855	7.7913	-0.0701	0.7476	0.1961	-0.0311	0.1022	0.1745	-0.506	-1.4204	-0.0321	-0.0824	0.0249	-0.0391	0.4231	0.1663	-0.0896	13.467	59.9219	-28.43
64	3.7295	-1.1081	-2.8281	8.6623	2.3889	2.4323	0.3767	-0.6312	-0.0663	1.0213	0.1511	-0.7288	0.104	1.2503	-0.5278	1.1675	0.2501	0.1963	0.6619	0.6514	1.0623	22.264	95.7012	-23.1266
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69	2.8627	4.155	0.2555	6.0308	0.3708	0.0228	-1.0212	1.1498	-0.0599	-1.4951	0.2342	0.7628	-0.1292	0.3332	0.787	0.986	0.1996	0.3016	0.7777	-0.0477	1.0889	-8.3158	109.2948	-18.5575
70	1.5386	-1.2457	-1.4367	5.388	1.9731	1.9545	0.1771	0.1512	0.3974	-0.0933	-0.3478	0.176	-0.0211	0.0828	0.1707	0.4927	0.12	0.3793	0.3089	0.0431	0.5442	-2.432	96.7009	-6.8148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	44 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	55 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	69 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	87 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	95 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	115 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	139 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	162 - 187
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	188 - 218
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	219 - 243
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	1 - 22
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	23 - 59
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	60 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	86 - 103
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	104 - 126
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	127 - 152
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	153 - 192
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	193 - 242
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	1 - 8
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	9 - 35
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	36 - 87
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	88 - 167
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	168 - 242
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	1 - 19
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	20 - 50
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	51 - 68
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	69 - 90
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	91 - 123
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	124 - 180
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	181 - 242
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	3 - 37
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	38 - 85
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	86 - 123
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	124 - 192
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	193 - 242
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	1 - 22
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	23 - 53
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	54 - 83
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	84 - 111
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	112 - 127
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	128 - 212
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	213 - 242
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	2 - 51
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	52 - 84
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	85 - 118
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	119 - 145
50	X-RAY DIFFRACTION	50	G	146 - 242
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	54 - 93
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	127 - 152
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	153 - 179
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69	X-RAY DIFFRACTION	69	J	148 - 183
70	X-RAY DIFFRACTION	70	J	184 - 242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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