PDB-2wt0: Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wt0

タイトル

Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre complexed with N-acetyl-lactosamine

要素

PUTATIVE FIBER PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / membrane raft / virion attachment to host cell / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains.
著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2009年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wt0.cif.gz	144.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wt0.ent.gz	110.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wt0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wt0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wstC 2wsuSC 2wsvC 2wt1C 2wt2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wsv-d 2wt1-d 2wsu-4 2wsu-2 2wt2-2 3uo6-1 2wsu-3 3iue-2 6h9z-d 6o8u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE FIBER PROTEIN

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.450, 43.650, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

PUTATIVE FIBER PROTEIN

分子量: 37909.156 Da / 分子数: 1 / 断片: GALECTIN DOMAIN, RESIDUES 393-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

PORCINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) / Variant: NADC-1 ISOLATE / プラスミド: PET28C / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83467

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NO3 / NITRATE ION

分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

非ポリマーの詳細

BETA-D-GALACTOSE (GAL): PART OF OLIGOMER N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): PART OF OLIGOMER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 35% (W/V) PEG 3350, 500 MM SODIUM NITRATE, 5 MM DITHIOTHREITOL, 40 MM N-ACETYL-LACTOSAMINE, 10 MM TRIS-HCL 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.815
検出器	タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月17日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→35 Å / Num. obs: 22025 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.423 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WSU, CHAIN A

2wsu

解像度: 1.91→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 8.047 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23799	1126	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18163	-	-	-
obs	0.18443	20895	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2354	0	42	163	2559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.989	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.857	3	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.897	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.303	23.868	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.064	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.04	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.231	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.09	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.536	5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.928	5	594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.443	7	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.843	7	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.351	9	892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.91→2.013 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	148	-
R_work	0.27	3071	-
obs	-	-	98.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.6038	4.5526	-0.3693	1.0577	-0.0863	0.0099	-0.0494	0.1491	0.0177	-0.0019	0.0409	0.0086	-0.0139	-0.0306	0.0085	0.2683	0.0849	-0.0179	0.3365	0.0114	0.2129	-15.917	3.325	33.288
2	3.7012	-0.5606	-0.3766	1.319	0.3324	3.6009	-0.1009	0	0.1016	-0.0225	0.0716	-0.2187	-0.0255	0.2724	0.0293	0.0307	0.0307	-0.008	0.1106	-0.0227	0.043	-12.1	-1.826	12.513
3	11.3528	-9.0527	0.7387	7.2551	-0.9745	4.191	-0.9823	-0.4472	-0.1211	0.7878	0.404	0.0303	-0.0379	-0.6135	0.5783	0.3286	0.0303	0.0021	0.6458	0.058	0.3352	-7.289	-11.595	25.811
4	3.5836	-1.0642	-0.0328	2.868	-0.1059	2.6208	-0.0848	-0.0554	0.0367	0.0492	0.2133	0.2173	0.0206	-0.2225	-0.1284	0.0385	0.0316	0.0111	0.1205	0.0367	0.0293	-35.457	6.796	17.753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	386 - 391
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	392 - 525
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	526 - 543
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	544 - 685

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