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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wt0 | |||||||||
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タイトル | Galectin domain of porcine adenovirus type 4 NADC-1 isolate fibre complexed with N-acetyl-lactosamine | |||||||||
![]() | PUTATIVE FIBER PROTEIN | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() galactoside binding / viral capsid / carbohydrate binding / cell adhesion / membrane raft / virion attachment to host cell / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic structure of porcine adenovirus type 4 fiber head and galectin domains. 著者: Guardado-Calvo, P. / Munoz, E.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Kahn, R. / Curiel, D.T. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J. #1: ジャーナル: Virus Res. / 年: 1995 タイトル: Sequence Analysis of the Fiber Genomic Region of a Porcine Adenovirus Predicts a Novel Fiber Protein. 著者: Kleiboeker, S.B. #2: ジャーナル: Cancer Biol.Ther. / 年: 2008 タイトル: Characterization of Infectivity of Knob-Modified Adenoviral Vectors in Glioma. 著者: Paul, C.P.L. / Everts, M. / Glasgow, J.N. / Dent, P. / Fisher, P.B. / Ulasov, I.V. / Lesniak, M.S. / Stoff-Khalili, M.A. / Roth, J.C. / Preuss, M.A. / Dirven, C.M.F. / Lamfers, M.L.M. / ...著者: Paul, C.P.L. / Everts, M. / Glasgow, J.N. / Dent, P. / Fisher, P.B. / Ulasov, I.V. / Lesniak, M.S. / Stoff-Khalili, M.A. / Roth, J.C. / Preuss, M.A. / Dirven, C.M.F. / Lamfers, M.L.M. / Siegal, G.P. / Zhu, Z.B. / Curiel, D.T. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2009 タイトル: Crystallization of the head and galectin-like domains of porcine adenovirus isolate NADC-1 fibre. 著者: Guardado-Calvo, P. / Llamas-Saiz, A.L. / Fox, G.C. / Glasgow, J.N. / van Raaij, M.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37909.156 Da / 分子数: 1 / 断片: GALECTIN DOMAIN, RESIDUES 393-703 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | BETA-D-GALACTOSE (GAL): PART OF OLIGOMER N-ACETYL-D-GLUCOSAMIN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 35% (W/V) PEG 3350, 500 MM SODIUM NITRATE, 5 MM DITHIOTHREITOL, 40 MM N-ACETYL-LACTOSAMINE, 10 MM TRIS-HCL 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月17日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.815 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→35 Å / Num. obs: 22025 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.423 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WSU, CHAIN A 解像度: 1.91→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.047 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.591 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→35 Å
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拘束条件 |
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