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- PDB-2wra: BclA lectin from Burkholderia cenocepacia complexed with aMan1(aM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wra
タイトルBclA lectin from Burkholderia cenocepacia complexed with aMan1(aMan1- 6)-3Man trisaccharide
要素LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / BACTERIAL LECTIN / OLIGOSACCHARIDES
機能・相同性Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / Lectin
機能・相同性情報
生物種BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Lameignere, E. / Shiao, T.C. / Roy, R. / Wimmerova, M. / Dubreuil, F. / Varrot, A. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of the Affinity for Oligomannosides and Analogs Displayed by Bc2L-A, a Burkholderia Cenocepacia Soluble Lectin.
著者: Lameignere, E. / Shiao, T.C. / Roy, R. / Wimmerova, M. / Dubreuil, F. / Varrot, A. / Imberty, A.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4605
ポリマ－13,7791
非ポリマー6814
水3,207178
1
A: LECTIN
ヘテロ分子

A: LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,91910
ポリマ－27,5582
非ポリマー1,3618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area3100 Å2
ΔGint-40.23 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.296, 66.296, 46.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2061-

HOH

21A-2164-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LECTIN / BCLA


分子量: 13779.034 Da / 分子数: 1 / 断片: BCLA MONOMER, RESIDUES 2-129 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CENOCEPACIA (バクテリア)
株: J2315
解説: DNA FROM BURKHOLDERIA CENOCEPACIA STRAIN J2315 OBTAINED FROM THE CZECH COLLECTION OF MICROORGANISMS AT BRNO
プラスミド: PRSET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EH87
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ALPHA-D-MANNOSE (MAN): AMAN1-3AMAN1-6MAN TRISACCHARIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.17 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 80% OF THE INITIAL PRECIPITANT SOLUTION (30% PEG IN 0.2M AMMONIUM SULPHATE)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794999
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→57.45 Å / Num. obs: 47704 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VNV

2vnv


解像度: 1.1→57.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.819 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 2303 5 %RANDOM
Rwork0.14355 ---
obs0.14499 43671 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→57.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 41 178 1151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221069
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.9831468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.55131738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0185138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93524.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6115158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.552156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9021.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8161.5266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.85121064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3793413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.564.5401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.65531782
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.6163180
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.12631751
LS精密化 シェル解像度: 1.101→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 115 -
Rwork0.317 2383 -
obs--72.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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