PDB-2wqt: Dodecahedral assembly of MhpD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wqt

タイトル

Dodecahedral assembly of MhpD

要素

2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

キーワード

LYASE / HYDRATASE / DODECAHEDRAL FORM / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxopent-4-enoate hydratase / 2-oxopent-4-enoate hydratase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / manganese ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Montgomery, M.G. / Wood, S.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Assembly of a 20Nm Protein Cage by Escherichia Coli 2-Hydroxypentadienoic Acid Hydratase (Mhpd).
著者: Montgomery, M.G. / Coker, A.R. / Taylor, I.A. / Wood, S.P.

履歴

登録	2009年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wqt.cif.gz	954.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wqt.ent.gz	796.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wqt_validation.pdf.gz	613.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wqt_full_validation.pdf.gz	704.5 KB	表示
XML形式データ	2wqt_validation.xml.gz	177 KB	表示
CIF形式データ	2wqt_validation.cif.gz	223.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sv6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1862 7no0-1 6owf-d 6lb0-1 10295 6ssj-1 6rpl-1 6e34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

B: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

C: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

D: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

E: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

F: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

G: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

H: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

I: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

J: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

K: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

L: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

M: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

N: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

O: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

P: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

Q: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

R: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

S: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

T: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

ヘテロ分子

586 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

B: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

C: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

D: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

E: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

F: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

G: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

H: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

I: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

J: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

K: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

L: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

M: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

N: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

O: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

P: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

Q: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

R: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

S: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

T: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

ヘテロ分子

A: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

B: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

C: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

D: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

E: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

F: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

G: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

H: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

I: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

J: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

K: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

L: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

M: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

N: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

O: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

P: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

Q: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

R: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

S: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

T: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

ヘテロ分子

A: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

B: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

C: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

D: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

E: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

F: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

G: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

H: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

I: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

J: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

K: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

L: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

M: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

N: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

O: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

P: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

Q: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

R: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

S: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

T: 2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
1.76 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.350, 207.350, 545.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-1262- PO4
2	1	D-1262- PO4
3	1	D-1264- PO4
4	1	D-1264- PO4
5	1	P-1262- PO4
6	1	P-1262- PO4
7	1	P-1264- PO4
8	1	P-1264- PO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 182	2 - 183
2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 182	2 - 183
4	1	MET	MET	ALA	ALA	D	D	1 - 182	2 - 183
5	1	MET	MET	ALA	ALA	E	E	1 - 182	2 - 183
7	1	MET	MET	ALA	ALA	G	G	1 - 182	2 - 183
8	1	MET	MET	ALA	ALA	H	H	1 - 182	2 - 183
9	1	MET	MET	ALA	ALA	I	I	1 - 182	2 - 183
10	1	MET	MET	ALA	ALA	J	J	1 - 182	2 - 183
11	1	MET	MET	ALA	ALA	K	K	1 - 182	2 - 183
12	1	MET	MET	ALA	ALA	L	L	1 - 182	2 - 183
13	1	MET	MET	ALA	ALA	M	M	1 - 182	2 - 183
14	1	MET	MET	ALA	ALA	N	N	1 - 182	2 - 183
15	1	MET	MET	ALA	ALA	O	O	1 - 182	2 - 183
16	1	MET	MET	ALA	ALA	P	P	1 - 182	2 - 183
17	1	MET	MET	ALA	ALA	Q	Q	1 - 182	2 - 183
18	1	MET	MET	ALA	ALA	R	R	1 - 182	2 - 183
19	1	MET	MET	ALA	ALA	S	S	1 - 182	2 - 183
20	1	MET	MET	ALA	ALA	T	T	1 - 182	2 - 183
3	1	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 182	2 - 183
6	1	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 182	2 - 183
1	2	MET	MET	SER	SER	A	A	183 - 193	184 - 194
2	2	MET	MET	SER	SER	B	B	183 - 193	184 - 194
3	2	MET	MET	SER	SER	D	D	183 - 193	184 - 194
4	2	MET	MET	SER	SER	E	E	183 - 193	184 - 194
5	2	MET	MET	SER	SER	H	H	183 - 193	184 - 194
6	2	MET	MET	SER	SER	I	I	183 - 193	184 - 194
7	2	MET	MET	SER	SER	J	J	183 - 193	184 - 194
8	2	MET	MET	SER	SER	M	M	183 - 193	184 - 194
9	2	MET	MET	SER	SER	N	N	183 - 193	184 - 194
10	2	MET	MET	SER	SER	O	O	183 - 193	184 - 194
11	2	MET	MET	SER	SER	P	P	183 - 193	184 - 194
12	2	MET	MET	SER	SER	R	R	183 - 193	184 - 194
13	2	MET	MET	SER	SER	S	S	183 - 193	184 - 194
14	2	MET	MET	SER	SER	T	T	183 - 193	184 - 194
1	3	SER	SER	ASP	ASP	A	A	194 - 243	195 - 244
2	3	SER	SER	ASP	ASP	B	B	194 - 243	195 - 244
3	3	SER	SER	ASP	ASP	C	C	194 - 243	195 - 244
4	3	SER	SER	ASP	ASP	D	D	194 - 243	195 - 244
5	3	SER	SER	ASP	ASP	E	E	194 - 243	195 - 244
6	3	SER	SER	ASP	ASP	F	F	194 - 243	195 - 244
7	3	SER	SER	ASP	ASP	G	G	194 - 243	195 - 244
8	3	SER	SER	ASP	ASP	H	H	194 - 243	195 - 244
9	3	SER	SER	ASP	ASP	I	I	194 - 243	195 - 244
10	3	SER	SER	ASP	ASP	J	J	194 - 243	195 - 244
11	3	SER	SER	ASP	ASP	K	K	194 - 243	195 - 244
12	3	SER	SER	ASP	ASP	L	L	194 - 243	195 - 244
13	3	SER	SER	ASP	ASP	M	M	194 - 243	195 - 244
14	3	SER	SER	ASP	ASP	N	N	194 - 243	195 - 244
15	3	SER	SER	ASP	ASP	O	O	194 - 243	195 - 244
16	3	SER	SER	ASP	ASP	P	P	194 - 243	195 - 244
17	3	SER	SER	ASP	ASP	Q	Q	194 - 243	195 - 244
18	3	SER	SER	ASP	ASP	R	R	194 - 243	195 - 244
19	3	SER	SER	ASP	ASP	S	S	194 - 243	195 - 244
20	3	SER	SER	ASP	ASP	T	T	194 - 243	195 - 244
1	4	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	244 - 250	245 - 251
2	4	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	244 - 250	245 - 251
3	4	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	244 - 250	245 - 251
4	4	ARG	ARG	GLU	GLU	D	D	244 - 250	245 - 251
5	4	ARG	ARG	GLU	GLU	E	E	244 - 250	245 - 251
6	4	ARG	ARG	GLU	GLU	H	H	244 - 250	245 - 251
7	4	ARG	ARG	GLU	GLU	I	I	244 - 250	245 - 251
8	4	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	244 - 250	245 - 251
9	4	ARG	ARG	GLU	GLU	M	M	244 - 250	245 - 251
10	4	ARG	ARG	GLU	GLU	N	N	244 - 250	245 - 251
11	4	ARG	ARG	GLU	GLU	O	O	244 - 250	245 - 251
12	4	ARG	ARG	GLU	GLU	P	P	244 - 250	245 - 251
13	4	ARG	ARG	GLU	GLU	Q	Q	244 - 250	245 - 251
14	4	ARG	ARG	GLU	GLU	R	R	244 - 250	245 - 251
15	4	ARG	ARG	GLU	GLU	S	S	244 - 250	245 - 251
16	4	ARG	ARG	GLU	GLU	T	T	244 - 250	245 - 251
1	5	GLY	GLY	SER	SER	A	A	251 - 261	252 - 262
2	5	GLY	GLY	SER	SER	B	B	251 - 261	252 - 262
3	5	GLY	GLY	SER	SER	C	C	251 - 261	252 - 262
4	5	GLY	GLY	SER	SER	D	D	251 - 261	252 - 262
5	5	GLY	GLY	SER	SER	E	E	251 - 261	252 - 262
6	5	GLY	GLY	SER	SER	F	F	251 - 261	252 - 262
7	5	GLY	GLY	SER	SER	G	G	251 - 261	252 - 262
8	5	GLY	GLY	SER	SER	H	H	251 - 261	252 - 262
9	5	GLY	GLY	SER	SER	I	I	251 - 261	252 - 262
10	5	GLY	GLY	SER	SER	J	J	251 - 261	252 - 262
11	5	GLY	GLY	SER	SER	K	K	251 - 261	252 - 262
12	5	GLY	GLY	SER	SER	L	L	251 - 261	252 - 262
13	5	GLY	GLY	SER	SER	M	M	251 - 261	252 - 262
14	5	GLY	GLY	SER	SER	N	N	251 - 261	252 - 262
15	5	GLY	GLY	SER	SER	O	O	251 - 261	252 - 262
16	5	GLY	GLY	SER	SER	P	P	251 - 261	252 - 262
17	5	GLY	GLY	SER	SER	Q	Q	251 - 261	252 - 262
18	5	GLY	GLY	SER	SER	R	R	251 - 261	252 - 262
19	5	GLY	GLY	SER	SER	S	S	251 - 261	252 - 262
20	5	GLY	GLY	SER	SER	T	T	251 - 261	252 - 262

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	2-KETO-4-PENTENOATE HYDRATASE / 2-HYDROXYPENTADIENOIC ACID HYDRATASE 分子量: 29032.986 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77608, 2-oxopent-4-enoate hydratase
#2: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.2 / 詳細: 1M NA/K PHOSPHATE PH3.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→36.4 Å / Num. obs: 210704 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SV6

1sv6

解像度: 2.8→35.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 11.987 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.643 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DODECAHEDRON CAN BE OBTAINED BY DISPLAYING THREE ASYMMETRIC UNITS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23382	10564	5 %	RANDOM
R_work	0.22194	-	-	-
obs	0.22253	200121	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39720	0	230	233	40183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	40552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.962	55108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.887	5	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.06	24.194	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.23	15	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.025	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	30960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.629	1.5	25960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.359	2	41560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.269	3	14592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.083	4.5	13548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1405	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	1405	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	1405	tight positional	0.06	0.05
1	4	D	1405	tight positional	0.05	0.05
1	5	E	1405	tight positional	0.04	0.05
1	6	F	1405	tight positional	0.06	0.05
1	7	G	1405	tight positional	0.04	0.05
1	8	H	1405	tight positional	0.07	0.05
1	9	I	1405	tight positional	0.04	0.05
1	10	J	1405	tight positional	0.04	0.05
1	11	K	1405	tight positional	0.06	0.05
1	12	L	1405	tight positional	0.04	0.05
1	13	M	1405	tight positional	0.06	0.05
1	14	N	1405	tight positional	0.04	0.05
1	15	O	1405	tight positional	0.04	0.05
1	16	P	1405	tight positional	0.05	0.05
1	17	Q	1405	tight positional	0.06	0.05
1	18	R	1405	tight positional	0.04	0.05
1	19	S	1405	tight positional	0.08	0.05
1	20	T	1405	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	90	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	90	tight positional	0.02	0.05
2	3	D	90	tight positional	0.02	0.05
2	4	E	90	tight positional	0.02	0.05
2	5	H	90	tight positional	0.02	0.05
2	6	I	90	tight positional	0.02	0.05
2	7	J	90	tight positional	0.02	0.05
2	8	M	90	tight positional	0.02	0.05
2	9	N	90	tight positional	0.02	0.05
2	10	O	90	tight positional	0.02	0.05
2	11	P	90	tight positional	0.02	0.05
2	12	R	90	tight positional	0.02	0.05
2	13	S	90	tight positional	0.01	0.05
2	14	T	90	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	351	tight positional	0.02	0.05
3	2	B	351	tight positional	0.02	0.05
3	3	C	351	tight positional	0.02	0.05
3	4	D	351	tight positional	0.02	0.05
3	5	E	351	tight positional	0.02	0.05
3	6	F	351	tight positional	0.02	0.05
3	7	G	351	tight positional	0.02	0.05
3	8	H	351	tight positional	0.02	0.05
3	9	I	351	tight positional	0.02	0.05
3	10	J	351	tight positional	0.02	0.05
3	11	K	351	tight positional	0.02	0.05
3	12	L	351	tight positional	0.03	0.05
3	13	M	351	tight positional	0.02	0.05
3	14	N	351	tight positional	0.02	0.05
3	15	O	351	tight positional	0.02	0.05
3	16	P	351	tight positional	0.02	0.05
3	17	Q	351	tight positional	0.02	0.05
3	18	R	351	tight positional	0.02	0.05
3	19	S	351	tight positional	0.02	0.05
3	20	T	351	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	63	tight positional	0.02	0.05
4	2	B	63	tight positional	0.02	0.05
4	3	C	63	tight positional	0.02	0.05
4	4	D	63	tight positional	0.02	0.05
4	5	E	63	tight positional	0.02	0.05
4	6	H	63	tight positional	0.02	0.05
4	7	I	63	tight positional	0.02	0.05
4	8	J	63	tight positional	0.02	0.05
4	9	M	63	tight positional	0.02	0.05
4	10	N	63	tight positional	0.02	0.05
4	11	O	63	tight positional	0.02	0.05
4	12	P	63	tight positional	0.02	0.05
4	13	Q	63	tight positional	0.02	0.05
4	14	R	63	tight positional	0.02	0.05
4	15	S	63	tight positional	0.02	0.05
4	16	T	63	tight positional	0.02	0.05
5	1	A	69	tight positional	0.02	0.05
5	2	B	69	tight positional	0.02	0.05
5	3	C	69	tight positional	0.02	0.05
5	4	D	69	tight positional	0.02	0.05
5	5	E	69	tight positional	0.02	0.05
5	6	F	69	tight positional	0.02	0.05
5	7	G	69	tight positional	0.02	0.05
5	8	H	69	tight positional	0.02	0.05
5	9	I	69	tight positional	0.02	0.05
5	10	J	69	tight positional	0.02	0.05
5	11	K	69	tight positional	0.02	0.05
5	12	L	69	tight positional	0.02	0.05
5	13	M	69	tight positional	0.02	0.05
5	14	N	69	tight positional	0.02	0.05
5	15	O	69	tight positional	0.02	0.05
5	16	P	69	tight positional	0.02	0.05
5	17	Q	69	tight positional	0.02	0.05
5	18	R	69	tight positional	0.02	0.05
5	19	S	69	tight positional	0.02	0.05
5	20	T	69	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	4	D	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	5	E	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	7	G	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	8	H	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	9	I	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	10	J	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	11	K	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	12	L	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	13	M	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	14	N	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	15	O	1405	tight thermal	0.03	0.5
1	16	P	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	17	Q	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	18	R	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	19	S	1405	tight thermal	0.04	0.5
1	20	T	1405	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	90	tight thermal	0.03	0.5
2	2	B	90	tight thermal	0.04	0.5
2	3	D	90	tight thermal	0.03	0.5
2	4	E	90	tight thermal	0.04	0.5
2	5	H	90	tight thermal	0.03	0.5
2	6	I	90	tight thermal	0.04	0.5
2	7	J	90	tight thermal	0.04	0.5
2	8	M	90	tight thermal	0.03	0.5
2	9	N	90	tight thermal	0.03	0.5
2	10	O	90	tight thermal	0.04	0.5
2	11	P	90	tight thermal	0.03	0.5
2	12	R	90	tight thermal	0.03	0.5
2	13	S	90	tight thermal	0.04	0.5
2	14	T	90	tight thermal	0.04	0.5
3	1	A	351	tight thermal	0.04	0.5
3	2	B	351	tight thermal	0.04	0.5
3	3	C	351	tight thermal	0.04	0.5
3	4	D	351	tight thermal	0.04	0.5
3	5	E	351	tight thermal	0.04	0.5
3	6	F	351	tight thermal	0.04	0.5
3	7	G	351	tight thermal	0.05	0.5
3	8	H	351	tight thermal	0.03	0.5
3	9	I	351	tight thermal	0.04	0.5
3	10	J	351	tight thermal	0.04	0.5
3	11	K	351	tight thermal	0.04	0.5
3	12	L	351	tight thermal	0.05	0.5
3	13	M	351	tight thermal	0.03	0.5
3	14	N	351	tight thermal	0.04	0.5
3	15	O	351	tight thermal	0.04	0.5
3	16	P	351	tight thermal	0.04	0.5
3	17	Q	351	tight thermal	0.04	0.5
3	18	R	351	tight thermal	0.04	0.5
3	19	S	351	tight thermal	0.04	0.5
3	20	T	351	tight thermal	0.04	0.5
4	1	A	63	tight thermal	0.04	0.5
4	2	B	63	tight thermal	0.03	0.5
4	3	C	63	tight thermal	0.04	0.5
4	4	D	63	tight thermal	0.04	0.5
4	5	E	63	tight thermal	0.04	0.5
4	6	H	63	tight thermal	0.03	0.5
4	7	I	63	tight thermal	0.04	0.5
4	8	J	63	tight thermal	0.03	0.5
4	9	M	63	tight thermal	0.04	0.5
4	10	N	63	tight thermal	0.03	0.5
4	11	O	63	tight thermal	0.03	0.5
4	12	P	63	tight thermal	0.04	0.5
4	13	Q	63	tight thermal	0.04	0.5
4	14	R	63	tight thermal	0.04	0.5
4	15	S	63	tight thermal	0.03	0.5
4	16	T	63	tight thermal	0.03	0.5
5	1	A	69	tight thermal	0.04	0.5
5	2	B	69	tight thermal	0.04	0.5
5	3	C	69	tight thermal	0.04	0.5
5	4	D	69	tight thermal	0.03	0.5
5	5	E	69	tight thermal	0.05	0.5
5	6	F	69	tight thermal	0.04	0.5
5	7	G	69	tight thermal	0.09	0.5
5	8	H	69	tight thermal	0.04	0.5
5	9	I	69	tight thermal	0.04	0.5
5	10	J	69	tight thermal	0.03	0.5
5	11	K	69	tight thermal	0.06	0.5
5	12	L	69	tight thermal	0.05	0.5
5	13	M	69	tight thermal	0.04	0.5
5	14	N	69	tight thermal	0.04	0.5
5	15	O	69	tight thermal	0.03	0.5
5	16	P	69	tight thermal	0.04	0.5
5	17	Q	69	tight thermal	0.04	0.5
5	18	R	69	tight thermal	0.04	0.5
5	19	S	69	tight thermal	0.05	0.5
5	20	T	69	tight thermal	0.04	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	774	-
R_work	0.326	14320	-
obs	-	-	95.35 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)