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- PDB-2wql: CRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR CARROT ALLERGEN DAU C 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wql
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE MAJOR CARROT ALLERGEN DAU C 1
要素MAJOR ALLERGEN DAU C 1
キーワードALLERGEN / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN / PLANT DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Major allergen Dau c 1
類似検索 - 構成要素
生物種DAUCUS CAROTA (ニンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Markovic-Housley, Z. / Basle, A. / Padavattan, S. / Hoffmann-Sommergruber, K. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the Major Carrot Allergen Dau C 1.
著者: Markovic-Housley, Z. / Basle, A. / Padavattan, S. / Maderegger, B. / Schirmer, T. / Hoffmann-Sommergruber, K.
履歴
登録2009年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2009年9月1日ID: 2VJG
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
B: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
C: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
D: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,84230
ポリマ－64,3414
非ポリマー2,50126
水28816
1
A: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
B: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子

A: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
B: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子

A: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
B: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,58148
ポリマ－96,5116
非ポリマー4,07142
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area18270 Å2
ΔGint-208.52 kcal/mol
Surface area40910 Å2
手法PISA
2
C: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
D: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子

C: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
D: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子

C: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
D: MAJOR ALLERGEN DAU C 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,94542
ポリマ－96,5116
非ポリマー3,43436
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area18060 Å2
ΔGint-206.46 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.948, 189.948, 189.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALEULEUAA3 - 83 - 8
21ALAALALEULEUBB3 - 83 - 8
31ALAALALEULEUCC3 - 83 - 8
41ALAALALEULEUDD3 - 83 - 8
12ILEILELYSLYSAA10 - 7610 - 76
22ILEILELYSLYSBB10 - 7610 - 76
32ILEILELYSLYSCC10 - 7610 - 76
42ILEILELYSLYSDD10 - 7610 - 76
13ALAALATHRTHRAA78 - 11478 - 114
23ALAALATHRTHRBB78 - 11478 - 114
33ALAALATHRTHRCC78 - 11478 - 114
43ALAALATHRTHRDD78 - 11478 - 114
14THRTHRASNASNAA116 - 154116 - 154
24THRTHRASNASNBB116 - 154116 - 154
34THRTHRASNASNCC116 - 154116 - 154
44THRTHRASNASNDD116 - 154116 - 154
15P4CP4CPEGPEGAE - F200 - 201
25P4CP4CPEGPEGBK - L200 - 201
35P4CP4CPEGPEGCS - T200 - 201
45P4CP4CPEGPEGDY - Z200 - 201
16CLCLCLCLAG - H300 - 301
26CLCLCLCLBO - P300 - 301
36CLCLCLCLCU - V300 - 301
46CLCLCLCLDAA - BA300 - 301

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.416841, 0.852809, -0.314579), (0.851775, 0.245638, -0.462754), (-0.317368, -0.460846, -0.828793)101.96425, -35.89702, 91.29668
2given(-0.416841, 0.852809, -0.314579), (0.851775, 0.245638, -0.462754), (-0.317368, -0.460846, -0.828793)101.96425, -35.89702, 91.29668
3given(0.109675, 0.993967, -0.000922), (0.993725, -0.109628, 0.022204), (0.021969, -0.003352, -0.999753)42.13312, -47.90314, 136.95863
4given(0.796621, 0.322027, -0.51156), (-0.51674, 0.801902, -0.29989), (0.313648, 0.503242, 0.805216)18.2924, 60.24236, 48.93366

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要素

#1: タンパク質
MAJOR ALLERGEN DAU C 1 / CR16 / PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN GEA20


分子量: 16085.151 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DAUCUS CAROTA (ニンジン) / プラスミド: PDS 56 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O04298
#2: 化合物
ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 36 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 66 TO THR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 36 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 66 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 80 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 102 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PRO 36 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 66 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 80 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 102 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PRO 36 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 66 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 80 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 102 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PRO 36 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 66 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 80 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 102 TO MET
配列の詳細DAU C 1 VARIANT WITH THE FOLLOWING MUTATIONS P36T S66T T80S L102M

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4
詳細: 2% PEG 400, 100MM NA CITRATE PH 5.4, 2M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→77.6 Å / Num. obs: 31520 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BK0

2bk0


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 18.814 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23734 1596 5.1 %RANDOM
Rwork0.22149 ---
obs0.22228 29881 96.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.404 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4464 0 146 16 4626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2171.9786195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86937297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5045604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.91625.946148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.14715707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.581158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3271.53007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.51240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7124881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47831571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.644.51314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1810 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
3Ctight positional0.030.05
4Dtight positional0.030.05
1Atight thermal0.060.5
2Btight thermal0.050.5
3Ctight thermal0.050.5
4Dtight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 102 -
Rwork0.373 2154 -
obs--94.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7675-0.50290.23711.57640.73553.3501-0.0250.22790.1571-0.12960.006-0.18-0.30210.21710.0190.1113-0.018-0.02360.13560.04880.060754.264-19.29958.245
21.86940.10990.70992.17950.0413.8688-0.04970.15880.0343-0.17890.0502-0.1928-0.05790.5302-0.00050.1197-0.0375-0.00010.150.05960.070344.338-21.16434.738
32.4715-0.3269-1.39892.03740.16023.560.0287-0.18330.18860.2093-0.0095-0.2021-0.16260.4128-0.01930.1603-0.0405-0.05260.10030.05040.086128.7219.60279.908
42.10420.3549-0.53232.3809-1.3754.75440.0421-0.21490.26540.1829-0.0802-0.0206-0.50660.19830.03810.1398-0.0278-0.05990.12370.01580.082225.691-0.954103.205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 154

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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