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- PDB-2wq9: Crystal Structure of RBP4 bound to Oleic Acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wq9
タイトルCrystal Structure of RBP4 bound to Oleic Acid
要素RETINOL-BINDING PROTEIN 4
キーワードSIGNALING PROTEIN / DISEASE MUTATION / SENSORY TRANSDUCTION / RETINOL-BINDING / VISION / VITAMIN A
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / vitamin A import into cell / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process / molecular carrier activity / eye development / heart trabecula formation / retinal binding / retinol metabolic process / cardiac muscle tissue development / retinol binding / positive regulation of immunoglobulin production / Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / response to muscle activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / phototransduction, visible light / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / lung development / gluconeogenesis / response to insulin / positive regulation of insulin secretion / male gonad development / glucose homeostasis / heart development / response to ethanol / spermatogenesis / response to xenobiotic stimulus / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Retinol binding protein/Purpurin / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Retinol-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nanao, M. / Mercer, D. / Nguyen, L. / Buckley, D. / Stout, T.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rbp4 Bound to Oleic Acid
著者: Nanao, M. / Stout, T.J.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ... THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOL-BINDING PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,79010
ポリマ－20,0541
非ポリマー7369
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.060, 103.060, 72.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RETINOL-BINDING PROTEIN 4 / PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN / PRBP / RBP / RBP4


分子量: 20054.467 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 19-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P02753
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.13 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 3.5 TO 4.2 M NACL, 1M HEPES PH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.541
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 34250 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.96
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QAB

1qab


解像度: 1.65→56.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.035 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21919 1727 5 %RANDOM
Rwork0.18769 ---
obs0.18924 32522 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.06 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→56.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 43 233 1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9522028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69723.5881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37215251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4941514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5011.5888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80621407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5073693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3744.5616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 138 -
Rwork0.29 2415 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0142.54991.46198.90022.75852.24520.1280.1950.3605-0.2909-0.24860.514-0.2482-0.10320.1206-0.04640.01840.0418-0.0412-0.0049-0.0899-30.687913.212415.9501
22.84030.1503-0.42893.53360.00621.67730.0925-0.06910.15640.3759-0.0552-0.2141-0.12150.2737-0.0373-0.0632-0.04440.0068-0.0523-0.0422-0.1103-18.178710.381528.8855
332.137231.15077.494595.917445.144125.7439-0.5371.91270.0301-6.76342.8597-1.4416-3.2591.1552-2.32270.362-0.07350.24670.0875-0.00330.2379-13.202526.656412.8032
42.5457-3.96224.90839.3942-10.269318.8027-0.1241-0.06390.18980.14720.1599-0.5122-0.08910.3343-0.0357-0.0485-0.06430.0480.0429-0.02140.0482-12.565515.182124.7232
531.9878-17.282610.679769.8613-32.960341.6675-0.1817-1.7443-2.17380.44060.1668-1.43342.8820.61060.01490.40550.1224-0.11220.31180.00360.3548-8.2804-1.028833.5673
68.8447-1.84745.95992.0367-0.97647.25680.10620.30210.171-0.1608-0.0418-0.2907-0.11920.3739-0.0644-0.0565-0.07870.0874-0.016-0.0057-0.0273-14.865712.982318.5912
72.7353-0.42070.26682.8905-0.08631.90970.07920.3350.0738-0.0339-0.0656-0.3025-0.07380.326-0.0136-0.0804-0.0440.0573-0.0343-0.0199-0.0764-16.663811.48619.353
80.42010.69040.61121.2990.59391.91580.14240.19130.0008-0.09360.043-0.0446-0.01050.1567-0.1855-0.0911-0.00090.0092-0.0761-0.0636-0.1046-25.98592.53317.4424
91.8097-0.7995-0.38123.39750.2841.27880.0919-0.15590.19510.32150.0249-0.1509-0.18980.1219-0.1169-0.0375-0.04620.0488-0.1137-0.0534-0.1125-24.602614.504930.1878
102.24860.4308-0.81233.66291.48733.71310.0647-0.06430.03480.26770.04810.1588-0.10180.1205-0.1128-0.0475-0.03050.0761-0.1047-0.0251-0.1345-29.32919.105130.6579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3A47 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4A52 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5A61 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6A68 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7A85 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8A114 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9A132 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10A146 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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