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- PDB-2wpv: Crystal structure of S. cerevisiae Get4-Get5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wpv
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Get4-Get5 complex
要素
  • UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
  • UPF0363 PROTEIN YOR164C
キーワードPROTEIN BINDING / GOLGI-ER TRAFFICKING / TAIL-ANCHORED PROTEIN / GET5 / GET4
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / TRC complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / vesicle-mediated transport / cytoplasmic stress granule / protein-folding chaperone binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / Single helix bin / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / Single helix bin / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Golgi to ER traffic protein 4 / Ubiquitin-like protein MDY2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Chang, Y.-W. / Chuang, Y.-C. / Ho, Y.-C. / Cheng, M.-Y. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D. / Wang, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Get4-Get5 Complex and its Interactions with Sgt2, Get3, and Ydj1.
著者: Chang, Y.-W. / Chuang, Y.-C. / Ho, Y.-C. / Cheng, M.-Y. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D. / Wang, C.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0363 PROTEIN YOR164C
B: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
C: UPF0363 PROTEIN YOR164C
D: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
E: UPF0363 PROTEIN YOR164C
F: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
G: UPF0363 PROTEIN YOR164C
H: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,62212
ポリマ－171,8208
非ポリマー8024
水21,6541202
1
A: UPF0363 PROTEIN YOR164C
B: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1563
ポリマ－42,9552
非ポリマー2011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-61.7 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
2
C: UPF0363 PROTEIN YOR164C
D: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1563
ポリマ－42,9552
非ポリマー2011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-58.5 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
3
E: UPF0363 PROTEIN YOR164C
F: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1563
ポリマ－42,9552
非ポリマー2011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-60.6 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
4
G: UPF0363 PROTEIN YOR164C
H: UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1563
ポリマ－42,9552
非ポリマー2011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-61.8 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.275, 118.770, 168.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
UPF0363 PROTEIN YOR164C / GET4


分子量: 36320.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12125
#2: タンパク質
UBIQUITIN-LIKE PROTEIN MDY2 / MATING-DEFICIENT PROTEIN 2 / TRANSLATION MACHINERY-ASSOCIATED PROTEIN 24 / GET5


分子量: 6634.776 Da / 分子数: 4 / Fragment: GET4 BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-59 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12285
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE AND 20% (V/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.008528
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008528 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→30 Å / Num. obs: 239510 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データスケーリング
SOLVE-RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.99→25.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 54151.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. RESIDUES 1-11 AND 293-312 OF CHAIN A, 1-6 AND 55-59 OF CHAIN B, 1-10 AND 293-312 OF CHAIN C, 1-6 AND 55-59 OF CHAIN D, 1-12 AND 293-312 OF CHAIN E, 1-6 AND 54-59 OF ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. RESIDUES 1-11 AND 293-312 OF CHAIN A, 1-6 AND 55-59 OF CHAIN B, 1-10 AND 293-312 OF CHAIN C, 1-6 AND 55-59 OF CHAIN D, 1-12 AND 293-312 OF CHAIN E, 1-6 AND 54-59 OF CHAIN F, 1-11 AND 293-312 OF CHAIN G, 1-6 AND 55-59 OF CHAIN H ARE MISSING IN THE ELECTRON DENSITY MAP BECAUSE OF DISORDER. SIDECHAIN OF RESIDUES Y135 OF CHAIN A, E11, K15 AND K26 OF CHAIN B, K15, K25, E31, K89, E128, E183, K225 OF CHAIN C, K36 OF CHAIN D, L13, K15, Q18, R19, K25, E31 AND K225 OF CHAIN E, K53 OF CHAIN F, K12, E183 AND K225 OF CHAIN G, K53 OF CHAIN H.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 9814 4.8 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 203797 80 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.4025 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.34 Å20 Å21.91 Å2
2---2.72 Å20 Å2
3---7.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→25.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10795 0 4 1202 12001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.572.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1146 4.7 %
Rwork0.193 23254 -
obs--57.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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