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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wp4 | ||||||
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タイトル | crystal structure of Rv3119 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | MOLYBDOPTERIN-CONVERTING FACTOR SUBUNIT 2 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molybdopterin synthase / molybdopterin synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, H.J. / Kang, B.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Rv3119 from Mycobacterium Tuberculosis 著者: Cho, H.J. / Kang, B.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wp4.cif.gz | 110 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wp4.ent.gz | 84.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wp4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wp4_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wp4_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wp4_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wp4_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/2wp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/2wp4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2q5wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15938.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O05795, UniProt: P9WJR3*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 30% MPD, 0.1 M ACETATE PH 4.6, 0.02 M CALCIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月31日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13457 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 37.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Q5W 解像度: 2.49→44.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 16.935 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 47-53 ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.616 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.82 Å
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拘束条件 |
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