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万見
- PDB-2wny: Structure of Mth689, a DUF54 protein from Methanothermobacter the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wny
タイトルStructure of Mth689, a DUF54 protein from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素CONSERVED PROTEIN MTH689
キーワードUNKNOWN FUNCTION / EXOSOME SUPEROPERON
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0201 / RNA binding / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ng, C.L. / Waterman, D.G. / Lebedev, A.A. / Smits, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Mth689, a Duf54 Protein from Methanothermobacter Thermautotrophicus
著者: Ng, C.L. / Waterman, D.G. / Lebedev, A.A. / Smits, C. / Ortiz-Lombardia, M. / Antson, A.A.
履歴
登録2009年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONSERVED PROTEIN MTH689
B: CONSERVED PROTEIN MTH689
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1084
ポリマ－33,0142
非ポリマー942
水2,846158
1
A: CONSERVED PROTEIN MTH689
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5662
ポリマ－16,5071
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CONSERVED PROTEIN MTH689
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5422
ポリマ－16,5071
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.576, 61.021, 88.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CONSERVED PROTEIN MTH689 / MTH_689


分子量: 16506.861 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
株: DELTA H / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA (BL21) / 参照: UniProt: O26785
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 11 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 11 TO CYS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M LISO4, 0.1M HEPES PH 7.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 24137 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OGK

2ogk


解像度: 1.95→24.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.05 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24705 515 2.1 %RANDOM
Rwork0.19104 ---
obs0.19227 23631 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 2 158 2406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9673166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63322.672131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02815448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2261534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4851.51397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.39722259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7884.5954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8736.75907
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 41 -
Rwork0.264 1703 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.0197-12.7951-3.351111.12542.61753.38850.14540.28450.0725-0.2781-0.23180.2685-0.2377-0.37370.08650.1510.0055-0.00150.17820.00990.07344.426913.430422.7036
22.5878-2.4431-1.8946.91972.99082.427-0.1063-0.0964-0.07770.4214-0.09090.3350.1506-0.20520.19720.1853-0.04080.01670.1507-0.02960.082216.34562.04223.4779
37.5049-2.5746-1.2723.77851.96626.93470.21630.35161.0902-0.482-0.1441-0.2404-0.5304-0.2345-0.07220.28690.06380.03290.15660.0830.32919.427820.521916.5822
47.4796-2.8925-0.97233.70850.76191.49760.23540.8908-0.088-0.4615-0.35130.4692-0.1114-0.450.11590.28150.0656-0.04230.3015-0.0140.18714.960211.972712.8904
55.6933.8516-2.89775.8944-4.1274.82440.3749-0.7404-0.2690.4102-0.5486-0.174-0.20230.22080.17370.1539-0.0514-0.00130.16450.00490.135124.293719.99839.9858
65.31663.2452-1.75854.878-2.4735.3250.3235-0.28970.36530.2109-0.23310.35-0.1868-0.1326-0.09050.10830.01780.01890.0948-0.03680.138123.415524.932434.7247
71.9897-0.7182-0.02514.4669-0.25938.50270.0322-0.0449-0.0936-0.4310.0017-0.63411.06910.5994-0.03390.33290.0120.09730.1410.03840.304530.88197.719443.7103
80.77121.0712-1.3012.692-4.19817.2499-0.0129-0.1396-0.1784-0.0574-0.285-0.2690.24290.26860.29790.1439-0.00280.0080.15350.05090.223729.937212.367544.8316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4A79 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6B18 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7B62 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8B87 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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