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- PDB-2wna: Crystal structure of the GNA 3'-G(Br)CGCGC-2' -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wna
タイトルCrystal structure of the GNA 3'-G(Br)CGCGC-2'
要素GNA
キーワードRNA / GNA / NUCLEIC ACID / GLYCOL NUCLEIC ACID / WATSON-CRICK BASE PAIR
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
引用
ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2010
タイトル: Atomic Resolution Duplex Structure of the Simplified Nucleic Acid Gna.
著者: Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Duplex Structure of a Minimal Nucleic Acid.
著者: Schlegel, M.K. / Essen, L.-O. / Meggers, E.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9834
ポリマ－1,6371
非ポリマー3473
水1,04558
1
A: GNA
ヘテロ分子

A: GNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9678
ポリマ－3,2742
非ポリマー6936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z+1/21
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)20.420, 42.000, 28.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

NCO

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要素

#1: RNA鎖 GNA


分子量: 1636.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC GLYCOL NUCLEIC ACID, 3'-(S)-((ZGU)P(ZBC)P(ZGU)P(ZCY)P(ZGU)P(ZCY))-2'
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細(S)-1'-(2',3'-DIHYDROXYPROPYL)-5-BROMO-CYTOSINE (ZBC): ZCY ANALOG BEARING A BROMINE AT C5 COBALT ...(S)-1'-(2',3'-DIHYDROXYPROPYL)-5-BROMO-CYTOSINE (ZBC): ZCY ANALOG BEARING A BROMINE AT C5 COBALT HEXAMMINE(III) (NCO): COBALT HEXAMINNE COMPLEXES SHOW DISORDER, CHARGE +3 MAGNESIUM ION (MG): CHARGE +2
配列の詳細CYTOSINE A2 IS BROMINATED AT C5 FOR SAD ANALYSIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 12.73 %
解説: LOW AND HIGH RESOLUTION DATA MERGED FROM SAME CRYSTAL. DATA RECORDING OCCURED AT PEAK WAVELENGTH OF BROMINE
結晶化pH: 5.5
詳細: DROP: 2 MM G(BR)CGCGC, 10% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 40 MM SODIUM CACODYLATE (PH 5.5), 20 MM COBALT HEXAMINE, 80 MM SODIUM CHLORIDE, 20 MM MAGNESIUM CHLORIDE RESERVOIR: 35 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91826
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→21 Å / Num. obs: 30224 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.99 % / Biso Wilson estimate: 4.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 0.96→1.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 0.97→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.434 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. GNA DUPLEX OF TYPE N FORMED WITH SYMMETRY- EQUIVALENT MOLECULE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12726 533 7.1 %RANDOM
Rwork0.10503 ---
obs0.10648 7025 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 103 15 58 176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.533220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6983118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.26
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0810.311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2960.347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2650.542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.530
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.450.546
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1430.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4490.339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3210.558
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2242218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7983203
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.2533405
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.469359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.2293184
LS精密化 シェル解像度: 0.965→0.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 40 -
Rwork0.161 423 -
obs--83.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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