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- PDB-2wl8: X-ray crystal structure of Pex19p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wl8
タイトルX-ray crystal structure of Pex19p
要素PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BIOGENESIS DISORDER / ZELLWEGER SYNDROME / MEMBRANE / PRENYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / protein carrier activity / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization ...peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / protein carrier activity / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / ABC transporters in lipid homeostasis / peroxisome fission / peroxisomal membrane / brush border membrane / peroxisome / ATPase binding / protein folding / protein stabilization / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pex19, mPTS binding domain / Pex19 protein / Pex19, C-terminal domain superfamily / Pex19 protein family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal biogenesis factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Schueller, N. / Holton, S.J. / Stanley, W.A. / Song, Y.H. / Konarev, P. / Roessle, M. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: The Peroxisomal Receptor Pex19P Forms a Helical Mpts Recognition Domain.
著者: Schueller, N. / Holton, S.J. / Fodor, K. / Milewski, M. / Konarev, P. / Stanley, W.A. / Wolf, J. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2009年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19
B: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19
C: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19
D: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4734
ポリマ－57,4734
非ポリマー00
水3,423190
1
A: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3681
ポリマ－14,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3681
ポリマ－14,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3681
ポリマ－14,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3681
ポリマ－14,3681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.150, 91.120, 122.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19 / PEROXIN-19 / PEROXISOMAL FARNESYLATED PROTEIN / 33 KDA HOUSEKEEPING PROTEIN


分子量: 14368.188 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 161-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40855
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2.0M SODIUM MALONATE, PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9792
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→54.47 Å / Num. obs: 45015 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.22 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.57
反射 シェル解像度: 2.18→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.13 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23886 2400 5.1 %RANDOM
Rwork0.19921 ---
obs0.20118 45015 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 0 190 3715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0931.9954881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8435428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.82426.667177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.3215689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.751158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0222729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1921.52185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20723571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.01831423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3324.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 183 -
Rwork0.269 3274 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0418-0.2061-0.19352.9783-1.1253.37510.0007-0.03290.00980.14860.0640.03630.0517-0.0288-0.06470.0258-0.0059-0.00260.0088-0.0090.07177.791340.539995.0986
24.2522-1.3181.94351.6569-0.6451.6556-0.0097-0.00610.21610.0128-0.0998-0.2204-0.0210.09340.10960.07450.00860.0540.05320.02310.134639.060437.997690.7355
32.2379-0.2446-0.38553.298-0.02451.96440.08390.07590.0959-0.3012-0.1139-0.0492-0.01490.08270.030.0603-0.0072-0.00220.0293-0.00070.055222.665659.184681.5319
43.8151-1.26470.87594.9027-0.74476.051-0.2966-0.51680.2680.77320.29810.3532-0.8979-1.0064-0.00150.24230.21490.05430.30090.01020.2599-7.708957.437199.0081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2B171 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3C171 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4D171 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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