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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wl8 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Pex19p | ||||||
要素 | PEROXISOMAL BIOGENESIS FACTOR 19 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / BIOGENESIS DISORDER / ZELLWEGER SYNDROME / MEMBRANE / PRENYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / protein carrier chaperone / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization ...peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / protein carrier chaperone / Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisome organization / peroxisome fission / ABC transporters in lipid homeostasis / peroxisomal membrane / chaperone-mediated protein folding / brush border membrane / peroxisome / ATPase binding / protein stabilization / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Schueller, N. / Holton, S.J. / Stanley, W.A. / Song, Y.H. / Konarev, P. / Roessle, M. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: The Peroxisomal Receptor Pex19P Forms a Helical Mpts Recognition Domain. 著者: Schueller, N. / Holton, S.J. / Fodor, K. / Milewski, M. / Konarev, P. / Stanley, W.A. / Wolf, J. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Song, Y.H. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wl8.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wl8.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wl8_validation.pdf.gz | 455.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wl8_full_validation.pdf.gz | 462.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wl8_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wl8_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14368.188 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 161-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40855 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 2.0M SODIUM MALONATE, PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9792 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→54.47 Å / Num. obs: 45015 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.22 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.05→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.13 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.368 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.45 Å
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拘束条件 |
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