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万見
- PDB-2wkn: gamma lactamase from Delftia acidovorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkn
タイトルgamma lactamase from Delftia acidovorans
要素FORMAMIDASE
キーワードHYDROLASE / BIOCATALYSIS
機能・相同性Acetamidase/Formamidase / Acetamidase/Formamidase family / formamidase / formamidase activity / metal ion binding / Formamidase
機能・相同性情報
生物種DELFTIA ACIDOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Line, K. / Gonsalvez, I.S. / Gange-Harris, P. / Lanzotti, M. / Saneei, V. / Littlechild, J.A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Gamma Lactamase from Delftia Acidovorans
著者: Isupov, M.N. / Line, K. / Gonsalvez, I.S. / Gange-Harris, P. / Lanzotti, M. / Saneei, V. / Littlechild, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Gamma-Lactamase.
著者: Gonsalvez, I.S. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2009年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FORMAMIDASE
B: FORMAMIDASE
C: FORMAMIDASE
D: FORMAMIDASE
E: FORMAMIDASE
F: FORMAMIDASE
G: FORMAMIDASE
H: FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,78324
ポリマ－355,7378
非ポリマー1,04716
水33,2921848
1
A: FORMAMIDASE
B: FORMAMIDASE
C: FORMAMIDASE
D: FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,39212
ポリマ－177,8684
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19770 Å2
ΔGint-420.5 kcal/mol
Surface area49090 Å2
手法PISA
2
E: FORMAMIDASE
F: FORMAMIDASE
G: FORMAMIDASE
H: FORMAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,39212
ポリマ－177,8684
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19780 Å2
ΔGint-420.1 kcal/mol
Surface area49220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.871, 94.621, 152.297
Angle α, β, γ (deg.)105.71, 90.27, 108.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12A
22C
32D
42E
52F
62G
72H

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRALAALAAA4 - 584 - 58
211THRTHRALAALABB4 - 584 - 58
311THRTHRALAALACC4 - 584 - 58
411THRTHRALAALADD4 - 584 - 58
511THRTHRALAALAEE4 - 584 - 58
611THRTHRALAALAFF4 - 584 - 58
711THRTHRALAALAGG4 - 584 - 58
811THRTHRALAALAHH4 - 584 - 58
121ASPASPPROPROAA63 - 16163 - 161
221ASPASPPROPROBB63 - 16163 - 161
321ASPASPPROPROCC63 - 16163 - 161
421ASPASPPROPRODD63 - 16163 - 161
521ASPASPPROPROEE63 - 16163 - 161
621ASPASPPROPROFF63 - 16163 - 161
721ASPASPPROPROGG63 - 16163 - 161
821ASPASPPROPROHH63 - 16163 - 161
131METMETASNASNAA163 - 168163 - 168
231METMETASNASNBB163 - 168163 - 168
331METMETASNASNCC163 - 168163 - 168
431METMETASNASNDD163 - 168163 - 168
531METMETASNASNEE163 - 168163 - 168
631METMETASNASNFF163 - 168163 - 168
731METMETASNASNGG163 - 168163 - 168
831METMETASNASNHH163 - 168163 - 168
141ARGARGASPASPAA170 - 178170 - 178
241ARGARGASPASPBB170 - 178170 - 178
341ARGARGASPASPCC170 - 178170 - 178
441ARGARGASPASPDD170 - 178170 - 178
541ARGARGASPASPEE170 - 178170 - 178
641ARGARGASPASPFF170 - 178170 - 178
741ARGARGASPASPGG170 - 178170 - 178
841ARGARGASPASPHH170 - 178170 - 178
151ILEILEGLYGLYAA182 - 197182 - 197
251ILEILEGLYGLYBB182 - 197182 - 197
351ILEILEGLYGLYCC182 - 197182 - 197
451ILEILEGLYGLYDD182 - 197182 - 197
551ILEILEGLYGLYEE182 - 197182 - 197
651ILEILEGLYGLYFF182 - 197182 - 197
751ILEILEGLYGLYGG182 - 197182 - 197
851ILEILEGLYGLYHH182 - 197182 - 197
161ALAALAGLYGLYAA207 - 317207 - 317
261ALAALAGLYGLYBB207 - 317207 - 317
361ALAALAGLYGLYCC207 - 317207 - 317
461ALAALAGLYGLYDD207 - 317207 - 317
561ALAALAGLYGLYEE207 - 317207 - 317
661ALAALAGLYGLYFF207 - 317207 - 317
761ALAALAGLYGLYGG207 - 317207 - 317
861ALAALAGLYGLYHH207 - 317207 - 317
171GLNGLNTRPTRPAA319 - 376319 - 376
271GLNGLNTRPTRPBB319 - 376319 - 376
371GLNGLNTRPTRPCC319 - 376319 - 376
471GLNGLNTRPTRPDD319 - 376319 - 376
571GLNGLNTRPTRPEE319 - 376319 - 376
671GLNGLNTRPTRPFF319 - 376319 - 376
771GLNGLNTRPTRPGG319 - 376319 - 376
871GLNGLNTRPTRPHH319 - 376319 - 376
181PROPROALAALAAA378 - 390378 - 390
281PROPROALAALABB378 - 390378 - 390
381PROPROALAALACC378 - 390378 - 390
481PROPROALAALADD378 - 390378 - 390
581PROPROALAALAEE378 - 390378 - 390
681PROPROALAALAFF378 - 390378 - 390
781PROPROALAALAGG378 - 390378 - 390
881PROPROALAALAHH378 - 390378 - 390
191ASPASPASPASPAA402 - 408402 - 408
291ASPASPASPASPBB402 - 408402 - 408
391ASPASPASPASPCC402 - 408402 - 408
491ASPASPASPASPDD402 - 408402 - 408
591ASPASPASPASPEE402 - 408402 - 408
691ASPASPASPASPFF402 - 408402 - 408
791ASPASPASPASPGG402 - 408402 - 408
891ASPASPASPASPHH402 - 408402 - 408
112ALAALAGLNGLNAA2 - 1982 - 198
212ALAALAGLNGLNCC2 - 1982 - 198
312ALAALAGLNGLNDD2 - 1982 - 198
412ALAALAGLNGLNEE2 - 1982 - 198
512ALAALAGLNGLNFF2 - 1982 - 198
612ALAALAGLNGLNGG2 - 1982 - 198
712ALAALAGLNGLNHH2 - 1982 - 198

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.97255, -0.22303, 0.06642), (-0.22066, 0.79317, -0.56762), (0.07392, -0.56669, -0.82061)2.31085, 9.94126, 30.54151
2given(0.9736, 0.20777, -0.09458), (0.20789, -0.97811, -0.00862), (-0.0943, -0.01127, -0.99548)-4.141, 47.16549, 18.87299
3given(-0.99952, 0.00881, 0.0298), (0.00994, -0.81797, 0.57518), (0.02944, 0.5752, 0.81748)-2.86226, 37.67396, -11.86448
4given(0.99985, 0.00101, -0.01747), (0.0009, -0.99998, -0.00625), (-0.01748, 0.00623, -0.99983)-0.64903, 22.07489, -59.84282
5given(-0.99982, -0.00022, 0.01879), (-0.01112, 0.81325, -0.5818), (-0.01516, -0.58191, -0.81311)-3.27111, -15.52011, -47.72132
6given(-0.97475, -0.20881, 0.07918), (0.2161, -0.79255, 0.57023), (-0.05632, 0.57294, 0.81766)1.06251, 11.96786, -90.33325
7given(0.97516, 0.20673, -0.07959), (-0.20613, 0.9784, 0.01572), (0.08112, 0.00108, 0.9967)-5.01542, -25.24104, -78.35248

-
要素

#1: タンパク質
FORMAMIDASE / GAMMA-LACTAMASE


分子量: 44467.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DELFTIA ACIDOVORANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A9BPK4, formamidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
解説: A COMBINATION OF THREE-WAVELENGTH ZN MAD AND HG SIRAS WITH MULTICRYSTAL AVERAGING BETWEEN NON-ISOMORPHOUS CRYSTALS WAS USED FOR STRUCTURE DETERMINATION
結晶化pH: 5.6
詳細: 15% PEG 4000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.6, 50 MM NACL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→25 Å / Num. obs: 176148 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.08→24.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.162 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3457 2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 172361 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.69 Å20.64 Å2-1.25 Å2
2---0.77 Å2-2.2 Å2
3----3.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24992 0 16 1848 26856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02225781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.95335100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32153286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56524.8231159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.039153990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0351596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.23720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.759416229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.953626084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.14789552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.639109001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2803tight positional0.030.05
12B2803tight positional0.040.05
13C2803tight positional0.030.05
14D2803tight positional0.030.05
15E2803tight positional0.030.05
16F2803tight positional0.040.05
17G2803tight positional0.040.05
18H2803tight positional0.030.05
21A1503tight positional0.040.05
22C1503tight positional0.030.05
23D1503tight positional0.020.05
24E1503tight positional0.020.05
25F1503tight positional0.020.05
26G1503tight positional0.030.05
27H1503tight positional0.020.05
11A2803tight thermal0.140.5
12B2803tight thermal0.150.5
13C2803tight thermal0.120.5
14D2803tight thermal0.130.5
15E2803tight thermal0.120.5
16F2803tight thermal0.120.5
17G2803tight thermal0.130.5
18H2803tight thermal0.130.5
21A1503tight thermal0.080.5
22C1503tight thermal0.070.5
23D1503tight thermal0.070.5
24E1503tight thermal0.060.5
25F1503tight thermal0.070.5
26G1503tight thermal0.080.5
27H1503tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 167 -
Rwork0.369 8020 -
obs--57.37 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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