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- PDB-2wk9: Structure of Plp_Thr aldimine form of Vibrio cholerae CqsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wk9
タイトルStructure of Plp_Thr aldimine form of Vibrio cholerae CqsA
要素CAI-1 AUTOINDUCER SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / OXOAMINE-SYNTHASES / PYRIDOXAL PHOSPHATE / CQSA / CAI-1 / AUTOINDUCER / QUORUM-SENSING / ACYLTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; アシル基を移すもの / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLG / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / CAI-1 autoinducer synthase
類似検索 - 構成要素
生物種VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR EL TOR (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jahan, N. / Potter, J.A. / Sheikh, M.A. / Botting, C.H. / Shirran, S.L. / Westwood, N.J. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Insights Into the Biosynthesis of the Vibrio Cholerae Major Autoinducer Cai-1 from the Crystal Structure of the Plp-Dependent Enzyme Cqsa.
著者: Jahan, N. / Potter, J.A. / Sheikh, M.A. / Botting, C.H. / Shirran, S.L. / Westwood, N.J. / Taylor, G.L.
履歴
登録2009年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAI-1 AUTOINDUCER SYNTHASE
B: CAI-1 AUTOINDUCER SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3179
ポリマ－87,2832
非ポリマー1,0347
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-119.67 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.293, 70.011, 70.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CAI-1 AUTOINDUCER SYNTHASE / CHOLERAE QUORUM-SENSING AUTOINDUCER / CQSA


分子量: 43641.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE O1 BIOVAR EL TOR (コレラ菌)
株: N16961 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9KM65, 転移酵素; アシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→89 Å / Num. obs: 69669 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 27.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→33.09 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 3567 5.1 %
Rwork0.199 --
obs0.201 69610 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.14 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5616 Å20 Å2-0 Å2
2--11.8647 Å20 Å2
3----10.3031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5995 0 61 641 6697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9168359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1752229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068925
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8981-1.92410.32811380.27092494X-RAY DIFFRACTION95
1.9241-1.95160.30721400.25542653X-RAY DIFFRACTION99
1.9516-1.98070.31191510.23462549X-RAY DIFFRACTION99
1.9807-2.01170.27761550.23232634X-RAY DIFFRACTION99
2.0117-2.04470.28711430.22772603X-RAY DIFFRACTION99
2.0447-2.07990.26561370.21682647X-RAY DIFFRACTION99
2.0799-2.11770.28291370.21692652X-RAY DIFFRACTION99
2.1177-2.15850.24971570.20492571X-RAY DIFFRACTION99
2.1585-2.20250.251390.2032632X-RAY DIFFRACTION100
2.2025-2.25040.26031490.20912629X-RAY DIFFRACTION100
2.2504-2.30270.23061540.19912644X-RAY DIFFRACTION100
2.3027-2.36030.28521210.20292674X-RAY DIFFRACTION100
2.3603-2.42410.27571450.19582661X-RAY DIFFRACTION100
2.4241-2.49540.27371460.21392629X-RAY DIFFRACTION100
2.4954-2.57590.28861400.20932661X-RAY DIFFRACTION100
2.5759-2.66790.25071500.20592655X-RAY DIFFRACTION100
2.6679-2.77470.26431420.19132655X-RAY DIFFRACTION100
2.7747-2.90090.21091230.19742689X-RAY DIFFRACTION100
2.9009-3.05380.21961540.19682669X-RAY DIFFRACTION100
3.0538-3.24490.27851530.18812675X-RAY DIFFRACTION100
3.2449-3.49520.2151360.18962709X-RAY DIFFRACTION100
3.4952-3.84650.21391280.17042715X-RAY DIFFRACTION100
3.8465-4.4020.19681510.16312666X-RAY DIFFRACTION98
4.402-5.54180.18521460.18292695X-RAY DIFFRACTION98
5.5418-33.09760.24691320.22762582X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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