PDB-2wk0: Crystal structure of the class A beta-lactamase BS3 inhibited by ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wk0

タイトル

Crystal structure of the class A beta-lactamase BS3 inhibited by 6- beta-iodopenicillanate.

要素

BETA-LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE / BETA- LACTAMASE / IODOPENICILLANATE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / BACILLUS LICHENIFORMIS

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Sauvage, E. / Zervosen, A. / Dive, G. / Herman, R. / Kerff, F. / Amoroso, A. / Fonze, E. / Pratt, R.F. / Luxen, A. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of the Inhibition of Class a Beta-Lactamases and Penicillin-Binding Proteins by 6-Beta-Iodopenicillanate.
著者: Sauvage, E. / Zervosen, A. / Dive, G. / Herman, R. / Amoroso, A. / Joris, B. / Fonze, E. / Pratt, R.F. / Luxen, A. / Charlier, P. / Kerff, F.

履歴

登録	2009年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wk0.cif.gz	120.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wk0.ent.gz	93.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wk0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wk0_validation.pdf.gz	489.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wk0_full_validation.pdf.gz	495.4 KB	表示
XML形式データ	2wk0_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	2wk0_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wk0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wkeC 3b3xS 1w7f S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w7f-2 5e2e-2 3aun-d 5ghz-1 6z22-d 1a28-2 4yfm-2 5ghz-2 7d5j-1 3vfh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-LACTAMASE

B: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.988, 104.479, 63.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	BETA-LACTAMASE 分子量: 29513.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 株: BS3 参照: UniProt: P94458, UniProt: P00808*PLUS, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 374分子

#2: 化合物	ChemComp-BIY / (3S)-2,2-dimethyl-3,4-dihydro-2H-1,4-thiazine-3,6-dicarboxylic acid 分子量: 217.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁NO₄S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#6: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.4 / 詳細: pH 3.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9474
検出器	日付: 2000年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→27 Å / Num. obs: 72436 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B3X

3b3x

解像度: 1.65→17.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.286 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2114	3657	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1889	-	-	-
obs	0.19006	68715	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→17.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	0	58	364	4412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.994	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.768	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.992	25.161	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.289	15	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.075	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.366	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.507	1.5	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.837	2	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.685	3	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.429	4.5	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	261	-
R_work	0.275	4984	-
obs	-	-	97.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9376	-0.863	-1.2842	1.4716	0.3525	1.9445	-0.0464	-0.2264	0.044	0.3368	-0.0647	-0.2963	-0.155	0.3326	0.1111	0.0102	-0.0541	-0.0639	0.0529	-0.0016	0.0343	34.421	-3.345	-0.262
2	1.1574	-0.1586	0.3469	1.649	-0.0511	1.2574	0.0184	0.0805	-0.0434	-0.1777	0.012	0.2189	0.0708	-0.0947	-0.0304	0.0325	-0.0065	-0.0268	0.0057	0.0012	0.0466	13.483	-11.178	-19.286
3	0.4008	-0.5262	0.7529	4.9985	2.3563	5.7781	-0.0658	-0.0297	0.1338	-0.0093	0.0488	0.0356	-0.1452	0.0962	0.0171	0.028	-0.0208	0.0067	0.043	0.0188	0.0609	20.653	-0.291	-19.532
4	1.7281	0.3684	-0.0111	1.4696	-0.4927	1.9742	-0.0041	-0.0301	0.121	0.109	-0.0097	-0.0168	-0.1259	0.0419	0.0138	0.0672	0.0104	-0.017	0.028	-0.0109	0.0704	20.662	-2.062	-10.718
5	9.8263	-4.2913	-2.3238	3.8194	0.8006	2.2724	-0.1573	-0.2065	-0.3453	0.1498	0.0936	0.328	0.1485	-0.2268	0.0637	0.0426	-0.0195	-0.0096	0.0076	0.006	0.0325	13.71	-16.631	-6.434
6	2.6252	0.1019	-0.3786	1.4792	-0.3192	1.4561	0.0242	-0.1792	-0.0899	0.233	-0.0469	-0.158	0.026	0.1802	0.0227	0.0363	-0.0017	-0.0302	0.0368	0.0128	0.0448	30.205	-12.073	-4.655
7	0.6292	-0.3779	0.8828	2.318	-0.0572	1.3456	-0.0942	0.1209	-0.0513	-0.2325	0.0974	-0.113	-0.0241	0.0653	-0.0032	0.0482	-0.0362	0.0191	0.0181	-0.0017	0.0327	22.861	10.165	16.476
8	5.0041	3.852	-0.209	6.6642	2.1955	5.4709	0.0336	-0.0187	0.3424	0.5611	0.4262	1.5399	0.1589	-0.9668	-0.4599	-0.1169	0.1355	0.1097	0.1659	0.3711	0.4178	-3.169	7.701	31.427
9	2.0205	0.6111	-0.876	4.1011	-1.5398	3.5874	-0.0589	-0.0683	-0.171	0.0721	0.4825	0.622	0.1671	-0.6822	-0.4236	-0.1308	-0.037	-0.003	0.0706	0.1279	0.1707	6.685	2.566	27.209
10	1.6029	0.2625	0.1323	2.3747	-1.6429	3.0305	-0.0401	-0.0858	-0.1589	-0.0338	0.1417	-0.0268	0.026	-0.0438	-0.1017	0.0339	-0.022	0.0119	-0.0066	0.0091	0.0421	18.482	3.184	25.93
11	1.8792	0.3514	0.7104	3.2646	-1.0367	2.9678	-0.0799	0.1988	-0.0013	-0.3991	0.2777	0.5039	0.1448	-0.3717	-0.1979	0.0106	-0.0457	-0.0474	0.0343	0.0477	0.0429	10.776	12.03	13.823
12	2.0128	0.6969	-0.2753	3.9453	-1.3427	5.0357	-0.0699	0.0423	0.1063	0.0035	0.0698	-0.0786	-0.2732	0.0361	0.0001	0.0697	-0.0317	-0.0058	0.0055	0.0184	0.063	24.161	19.706	19.664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	158 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	168 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	202 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	218 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	82 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	121 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	157 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	195 - 265
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	266 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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