PDB-2wja: Crystal structure of the tyrosine phosphatase Wzb from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wja

タイトル

Crystal structure of the tyrosine phosphatase Wzb from Escherichia coli K30 in complex with phosphate.

要素

PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB

キーワード

HYDROLASE / PHOSPHATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, H. / Hagelueken, G. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Wzb of Escherichia Coli and Cpsb of Streptococcus Pneumoniae, Representatives of Two Families of Tyrosine Phosphatases that Regulate Capsule Assembly.
著者: Hagelueken, G. / Huang, H. / Mainprize, I.L. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2009年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wja.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wja.ent.gz	101.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wja_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wja_full_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示
XML形式データ	2wja_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	2wja_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/2wja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wjdC 2wjeC 2wjfC 2fekS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o1z-d 4bf8-d 5nbx-2 1gwk-1 1w8z-1 4ol7-1 7cuy-2 5s30-1 5cms-9 1w8w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB

B: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.030, 90.030, 83.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1149- NI

#1: タンパク質	PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB 分子量: 18801.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9X4B8
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M K2HPO4, 18% W/V PEG 3350, 0.1 M TRIS-CL PH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→45 Å / Num. obs: 12623 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 65.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	最高解像度: 2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FEK

2fek

解像度: 2.5→28.5 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	636	5.1 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2224	12601	90.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 86.971 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.1165 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	9.1165 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-18.2329 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2221	0	11	19	2251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	3046
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.358	848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5003-2.6932	0.369	123	0.3023	2090	X-RAY DIFFRACTION	82
2.6932-2.964	0.3217	140	0.2431	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.3922	0.3226	149	0.2258	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3922-4.2716	0.267	88	0.1981	1967	X-RAY DIFFRACTION	74
4.2716-28.5018	0.2303	136	0.2083	2702	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4435	0.6195	-0.2034	2.5554	-1.9114	2.3592	-0.0909	-0.2553	0.1991	1.047	0.1188	-0.3923	-0.4255	-0.2604	0.1004	0.3223	0.0677	0.1056	0.4622	0.1153	0.2132	1.6776	-32.6886	-3.741
2	8.8507	2.1847	-5.7552	3.1905	0.2749	-1.4199	-0.4348	-0.0551	0.4762	0.37	0.3939	0.1285	-0.1438	-0.0737	-0.0693	0.487	-0.0135	0.1166	0.659	0.0621	0.4	9.7585	-33.4853	-8.5542
3	-3.4864	6.3207	3.1737	3.2782	-0.6862	3.8739	0.3377	1.4654	-1.1969	-0.9737	1.2751	0.2004	1.9264	0.2525	-0.6304	0.327	-0.1159	0.1584	0.6456	-0.119	0.2607	0.9002	-41.9419	-6.159
4	6.6035	-0.4861	2.0225	-3.7795	-0.8514	7.4205	-0.4754	-1.1736	-3.4532	1.3041	1.408	1.6214	2.3676	-0.7762	-0.5418	1.1916	-0.0538	0.3245	0.7596	0.4939	1.6519	4.7112	-48.7424	-0.8096
5	2.5288	-2.8205	1.8773	1.3455	-4.4454	4.0675	-1.1751	0.3453	-0.1987	0.0193	0.9027	0.2908	1.0986	-2.6654	1.1021	0.6918	-0.2824	0.486	0.9204	0.2837	0.9378	-4.5011	-41.5314	-2.1536
6	3.4455	-1.7782	-0.3002	3.543	0.685	2.8814	0.11	2.6958	-1.078	-0.4995	-0.9035	0.6883	0.0981	-1.5252	0.6972	0.2277	-0.1162	0.0831	1.4042	-0.0702	0.4589	-1.5366	-37.4836	-17.0818
7	2.0751	-0.2526	0.8212	-1.1427	0.0064	6.8753	-0.4124	0.0737	-0.0281	-0.1245	-0.0789	0.1389	-0.6674	0.1902	0.3546	0.3948	0.0377	-0.0445	0.4985	-0.0595	0.3652	-18.7645	-25.0079	-27.3017
8	-1.7146	1.696	-1.7905	6.1922	-6.8159	6.5483	-0.9362	0.1695	0.0091	-0.7002	1.9706	0.5648	-1.6942	-4.87	-0.6231	0.7235	0.6264	-0.1192	1.2591	0.0919	0.3586	-24.5287	-24.0338	-41.5059
9	0.0564	-0.3106	-1.2997	5.4855	3.5764	8.8662	0.1299	0.0589	-0.267	-0.1661	0.2464	0.3035	-0.1343	0.3112	-0.2085	0.3557	-0.0143	-0.1051	0.7578	-0.135	0.4824	-18.5927	-29.9512	-26.4143
10	2.2941	9.0449	0.579	6.2762	6.1758	8.7313	1.5138	-2.8424	-0.1408	2.3299	-0.7008	1.3994	4.6257	-0.2486	-0.2313	0.9873	0.1011	0.1344	1.4101	-0.108	0.5898	-27.9102	-36.2243	-18.6524
11	0.9105	-1.6831	-1.4492	3.2361	-1.048	-1.7232	0.1139	-0.7593	-0.0663	0.6849	-0.5737	0.6164	-0.5639	-0.4717	0.2601	0.6688	0.2692	0.0326	1.1088	-0.3412	0.4824	-29.4598	-22.718	-19.2989
12	3.2092	1.1156	-0.984	1.132	1.3567	3.4157	-0.2394	0.1862	0.7822	-0.588	-0.2665	1.5283	-1.3303	-0.3759	0.5513	0.9411	0.5751	-0.4206	0.5752	-0.366	0.8808	-29.7976	-18.0953	-31.4391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -3:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 46:82)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 83:87)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 88:101)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 102:112)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 113:143)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 2:46)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 47:61)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 62:87)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 88:101)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 102:119)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 120:143)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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