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- PDB-2wj7: human alphaB crystallin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wj7
タイトルhuman alphaB crystallin
要素ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
キーワードCHAPERONE / DESMIN-RELATED MYOPATHY / PHOSPHOPROTEIN / DISEASE MUTATION / EYE LENS PROTEIN / METHYLATION / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / CATARACT / OXIDATION / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / cardiac myofibril / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / muscle contraction / synaptic membrane / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / perikaryon / microtubule binding / dendritic spine / response to hypoxia / lysosome / protein stabilization / axon / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / structural molecule activity / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / : / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.631 Å
データ登録者Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Bateman, O.A. / Cronin, N. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Alpha-Crystallin Domain Dimers of Alphab-Crystallin and Hsp20.
著者: Bagneris, C. / Bateman, O.A. / Naylor, C.E. / Cronin, N. / Boelens, W.C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
履歴
登録2009年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
B: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
C: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
D: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
E: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6465
ポリマ－53,6465
非ポリマー00
水1,53185
1
A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7291
ポリマ－10,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7291
ポリマ－10,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7291
ポリマ－10,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7291
ポリマ－10,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7291
ポリマ－10,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.460, 66.070, 190.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
12
22
13
23
33
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 12:32 OR RESSEQ 34:39 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 12:32 OR RESSEQ 34:39 OR RESSEQ...
311CHAIN C AND (RESSEQ 12:32 OR RESSEQ 34:39 OR RESSEQ...
411CHAIN D AND (RESSEQ 14:32 OR RESSEQ 34:39 OR RESSEQ...
511CHAIN E AND (RESSEQ 12:32 OR RESSEQ 34:39 OR RESSEQ...
112CHAIN A AND (RESSEQ 3:11 )
212CHAIN C AND (RESSEQ 3:11 )
113CHAIN A AND (RESSEQ 61:77 )
213CHAIN C AND (RESSEQ 61:77 )
313CHAIN E AND (RESSEQ 61:77 )
114CHAIN B AND (RESSEQ 61:77 )
214CHAIN D AND (RESSEQ 61:77 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.531, 0.834, 0.149), (0.836, 0.486, 0.257), (0.142, 0.261, -0.955)24.54846, -19.67877, 34.96871
2given(0.28427, 0.94882, 0.13759), (-0.95103, 0.29724, -0.08483), (-0.12139, -0.10674, 0.98685)4.76706, 23.9114, 40.89516
3given(0.67205, 0.71758, 0.18285), (0.72943, -0.68404, 0.00349), (0.12758, 0.13103, -0.98313)-2.80537, -7.61084, 74.04976
4given(-0.87669, 0.4795, 0.03864), (-0.47644, -0.8544, -0.20737), (-0.06641, -0.20021, 0.9775)35.02455, 21.46771, 78.21479

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要素

#1: タンパク質
ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / ROSENTHAL FIBER COMPONENT / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL ...ALPHA(B)-CRYSTALLIN / ROSENTHAL FIBER COMPONENT / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-27 / HUMAN ALPHAB


分子量: 10729.104 Da / 分子数: 5 / 断片: ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN, RESIDUES 67-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02511
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS RESIDUES 67-157 PRECEDED BY A GAM TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 DAYS AT 16 DEGREESC IN 100 MM BICINE PH 9.0, 55% 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL, AT A PROTEIN CONCENTRATION OF 20 MG/ML USING 1 UL PROTEIN SOLUTION AND 2 UL RESERVOIR SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0066
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月30日
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→190 Å / Num. obs: 17862 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.63→2.77 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJ5

2wj5


解像度: 2.631→39.034 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 912 5.1 %
Rwork0.2516 --
obs0.2553 17813 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.9 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.09 Å20 Å21.485 Å2
2--6.8857 Å2-0 Å2
3----10.9757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.631→39.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 0 0 85 3038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0223013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0714086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9061076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.119470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008538
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A370X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B370X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.146
13C373X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.125
14D352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.14
15E376X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.135
21A62X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C62X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.134
31A114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.137
33E120X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.148
41B117X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42D117X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6311-2.76980.36861180.26362192X-RAY DIFFRACTION87
2.7698-2.94320.38231160.27862391X-RAY DIFFRACTION96
2.9432-3.17040.42131190.29252451X-RAY DIFFRACTION98
3.1704-3.48930.30161370.23872456X-RAY DIFFRACTION99
3.4893-3.99370.31331230.20152452X-RAY DIFFRACTION99
3.9937-5.030.25861590.19482466X-RAY DIFFRACTION98
5.03-39.03830.31231400.28512493X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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