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- PDB-2wiu: Mercury-modified bacterial persistence regulator hipBA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wiu
タイトルMercury-modified bacterial persistence regulator hipBA
要素
  • HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR HIPB
  • PROTEIN HIPA
キーワードTRANSFERASE/TRANSCRIPTION / TRANSFERASE TRANSCRIPTION COMPLEX / SERINE KINASE / DNA-BINDING / MERCURY DERIVATIVE / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / SAD / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding ...dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Antitoxin HipB / Serine/threonine-protein kinase toxin HipA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Evdokimov, A. / Voznesensky, I. / Fennell, K. / Anderson, M. / Smith, J.F. / Fisher, D.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: New Kinase Regulation Mechanism Found in Hipba: A Bacterial Persistence Switch.
著者: Evdokimov, A. / Voznesensky, I. / Fennell, K. / Anderson, M. / Smith, J.F. / Fisher, D.A.
履歴
登録2009年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN HIPA
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR HIPB
C: PROTEIN HIPA
D: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR HIPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,14021
ポリマ－120,3824
非ポリマー1,75917
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-297.5 kcal/mol
Surface area41060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.933, 166.933, 124.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN HIPA / PROTEIN KINASE COMPONENT OF PERSISTENCE REGULATOR HIPA


分子量: 50166.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 解説: INVITROGEN DH5ALPHA CELLS / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23874, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR HIPB / DNA-INDING COMPONENT OF PERSISTENCE REGULATOR HIPBA


分子量: 10024.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: DH5ALPHA / 解説: INVITROGEN DH5ALPHA / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23873
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 %
解説: HG-SAD AT 1.01A USING SHARP, DENSITY MODIFIED IN SOLOMON AND RESOLVE
結晶化pH: 7.5
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, HEPES PH 7.6, 6% ETHYLENE GLYCOL 10 MG/ML PROTEIN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.01
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→100 Å / Num. obs: 73235 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.26
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→166.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.764 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MOSTLY OMITTED. REGIONS IN THE VICINITY OF BOUND MERCURY IONS ARE POORLY RESOLVED DUE TO DISORDER AND PARTIAL OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26389 3691 5.1 %RANDOM
Rwork0.21599 ---
obs0.21843 69360 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→166.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7718 0 17 278 8013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0227910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0771.96810701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.7555970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62723.775355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.677151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4541560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.23447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.25270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3311.54977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.06127877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.37233264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.1264.52820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 291 -
Rwork0.299 5047 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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