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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2whs | |||||||||
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タイトル | Fluorescent Protein mKeima at pH 3.8 | |||||||||
![]() | LARGE STOKES SHIFT FLUORESCENT PROTEIN | |||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / STOKES SHIFT / MKEIMA | |||||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Large stokes shift fluorescent protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Violot, S. / Carpentier, P. / Blanchoin, L. / Bourgeois, D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Reverse Ph-Dependence of Chromophore Protonation Explains the Large Stokes Shift of the Red Fluorescent Protein Mkeima. 著者: Violot, S. / Carpentier, P. / Blanchoin, L. / Bourgeois, D. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27231.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.8 詳細: 0.2M LITHIUM SULPHATE, 20% PEG 3350, 0.1M PHOSPHATE CITRATE PH 3.8, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月6日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→76.7 Å / Num. obs: 65627 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 27.337 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2WHT 解像度: 2.1→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.128 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: RESIDUE NUMEROTATION START AT MET 0 AS VAL 1 HAS BEEN INSERTED RESULTING FROM THE WT TO KOZAK CONSENSUS SEQUENCE MODIFICATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.326 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→76.7 Å
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拘束条件 |
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