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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2we4 | ||||||
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タイトル | Carbamate kinase from Enterococcus faecalis bound to a sulfate ion and two water molecules, which mimic the substrate carbamyl phosphate | ||||||
![]() | CARBAMATE KINASE 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ARGININE CATABOLISM / ARGININE METABOLISM / ATP SYNTHESYS / KINASE / OPEN ALPHA/BETA SHEET / PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbamate kinase / carbamate kinase activity / arginine deiminase pathway / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate Binding and Catalysis in Carbamate Kinase Ascertained by Crystallographic and Site-Directed Mutagenesis Studies. Movements and Significance of a Unique Globular Subdomain of ...タイトル: Substrate Binding and Catalysis in Carbamate Kinase Ascertained by Crystallographic and Site-Directed Mutagenesis Studies. Movements and Significance of a Unique Globular Subdomain of This Key Enzyme for Fermentative ATP Production in Bacteria. 著者: Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Guinot, A. / Gil-Ortiz, F. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V. #1: ![]() タイトル: Carbamate Kinase: New Structural Machinery for Making Carbamoyl Phosphate, the Common Precursor of Pyrimidines and Arginine 著者: Marina, A. / Alzari, P.M. / Bravo, J. / Uriarte, M. / Barcelona, B. / Fita, I. / Rubio, V. #2: ![]() タイトル: The 1.5 A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that ...タイトル: The 1.5 A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that This Thermostable Enzyme is a Carbamate Kinase, and Provides Insight Into Substrate Binding and Stability in Carbamate Kinases 著者: Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 206.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32958.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 4 DEGREES USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1.5 MICROLITERS OF A 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 5 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 1.5 ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 4 DEGREES USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1.5 MICROLITERS OF A 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 5 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 1.5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR BUFFER CONTAINING 16-20% PEG 8000, 25-100 MM AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 88372 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.12 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 82 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1B7B 解像度: 2.02→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 47.8 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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