PDB-2wdp: Crystal Structure of Ligand Free Human Caspase-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wdp

タイトル

Crystal Structure of Ligand Free Human Caspase-6

要素

CASPASE-6

キーワード

HYDROLASE / ALTERNATIVE SPLICING / ZYMOGEN / PROTEASE / APOPTOSIS / CYTOPLASM / POLYMORPHISM / THIOL PROTEASE / PHOSPHOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Apoptotic cleavage of cellular proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Baumgartner, R. / Briand, C. / Meder, G. / Morse, R. / Renatus, M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of Caspase-6, a Selective Effector of Axonal Degeneration.
著者: Baumgartner, R. / Meder, G. / Briand, C. / Decock, A. / D'Arcy, A. / Hassiepen, U. / Morse, R. / Renatus, M.

履歴

登録	2009年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wdp.cif.gz	382.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wdp.ent.gz	313.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wdp_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wdp_full_validation.pdf.gz	524.1 KB	表示
XML形式データ	2wdp_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	2wdp_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wdp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1k86S 1mi9 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dev-1 4le6-3 4y0x-d 4y12-d 3nkf-3 2v4n-1 2c8n-1 6xb4-2 3p45-1 3uki-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (15) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (12) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (15)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (12)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
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ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CASPASE-6

B: CASPASE-6

C: CASPASE-6

D: CASPASE-6

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CASPASE-6

B: CASPASE-6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CASPASE-6

D: CASPASE-6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.146, 90.441, 86.397
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 31:56 OR RESSEQ 58:92 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 31:56 OR RESSEQ 58:92 OR RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 31:56 OR RESSEQ 58:92 OR RESSEQ...
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 31:56 OR RESSEQ 58:92 OR RESSEQ...

#1: タンパク質	CASPASE-6 / APOPTOTIC PROTEASE MCH-2 / CASP-6 分子量: 33359.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P55212, caspase-6
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 1.5 M AMMONIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→86.25 Å / Num. obs: 69153 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K86

1k86

解像度: 1.95→63.072 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED RESIDUES CHAIN A 24-30 165-179 194-199 262-266 CHAIN B 24-30 165-179 194-197 262- -265 CHAIN C 24-30 165-179 CHAIN D 24-30 165-179

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	3457	5 %
R_work	0.2243	-	-
obs	0.2262	69145	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.377 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1667 Å²	0 Å²	-0.0618 Å²
2-	-	-0.045 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→63.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7327	0	5	207	7539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	7503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.805	10087
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.847	2729
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.135	1073
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1288

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.117
1	3	C	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.141
1	4	D	1676	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9767	0.3264	134	0.25	2553	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9767-2.005	0.2866	137	0.2492	2601	X-RAY DIFFRACTION	97
2.005-2.0349	0.3003	137	0.2396	2603	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0349-2.0667	0.26	135	0.237	2572	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0667-2.1006	0.3105	139	0.2416	2635	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1006-2.1368	0.3059	136	0.2355	2572	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1368-2.1757	0.3084	139	0.2279	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1757-2.2175	0.2848	137	0.2241	2597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2175-2.2628	0.2789	138	0.2137	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2628-2.312	0.2584	136	0.2247	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.312-2.3658	0.2968	139	0.2148	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3658-2.4249	0.259	139	0.2119	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4249-2.4905	0.261	138	0.2165	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4905-2.5638	0.3031	138	0.228	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5638-2.6465	0.2766	138	0.2289	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6465-2.7411	0.2741	140	0.2241	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7411-2.8509	0.278	138	0.2252	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8509-2.9806	0.2683	140	0.2271	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9806-3.1377	0.2545	138	0.2199	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1377-3.3343	0.2742	140	0.2232	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3343-3.5917	0.2678	139	0.22	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5917-3.9532	0.2291	140	0.2151	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9532-4.525	0.2199	139	0.2047	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
4.525-5.7005	0.2156	141	0.2134	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7005-63.1052	0.2404	142	0.2337	2696	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0101	-0.1939	0.0335	0.4004	0.1365	0.1326	-0.0536	0.0185	-0.115	0.0063	-0.0655	-0.2606	0.0826	0.1033	-0.0366	0.0588	0.0623	0.0178	0.1196	0.0323	0.1502	3.7749	-17.4725	-43.3493
2	0.217	-0.3365	-0.0374	1.8612	0.5237	-0.1959	0.2634	-0.2147	-0.2322	-0.4044	0.0086	-1.2369	-0.3973	-0.2164	0.3598	-0.1828	-0.1693	-0.1848	0.1986	0.0734	0.6472	12.1638	-8.3424	-37.389
3	0.5829	-0.4092	0.0978	0.3029	0.5373	0.6546	-0.141	-0.2274	0.1131	0.1727	0.0311	0.0092	0.0431	0.0455	-0.0105	0.0819	0.0616	0.0041	0.1319	0.0038	0.1207	-0.9483	-11.4543	-34.4393
4	1.0766	-0.3779	0.3741	0.3947	0.4395	-0.0006	0.0707	-0.0424	-0.1903	-0.0134	0.0314	0.1736	0.0304	0.0158	0.1631	0.0583	0.0149	-0.0034	0.0732	0.0047	0.1447	-8.6856	-18.6152	-46.6416
5	1.0232	-0.0723	0.4541	0.1905	-0.3889	0.4945	0.1375	0.0361	0.0155	0.32	0.1668	0.493	-1.0667	-0.0991	0.2824	-0.6632	0.1829	-0.1485	0.172	-0.0174	0.1281	-31.4471	0.621	-42.9866
6	0.0284	0.0503	-0.0529	0.0208	-0.072	0.0036	0.0764	-0.1453	0.275	-0.0562	-0.2792	0.2784	0.0188	0.1483	0.001	0.0863	-0.088	0.1388	0.8082	-0.1023	0.9658	-40.4549	-9.1992	-36.8937
7	0.3649	-0.0683	0.031	0.0796	-0.1709	0.1591	-0.1711	-0.1596	-0.2032	0.1535	0.1083	0.1434	-0.0295	-0.3597	0.0007	0.175	0.0662	0.0209	0.1917	-0.0239	0.1467	-27.3174	-3.2178	-32.4487
8	1.1798	-0.7943	-0.4863	0.8195	0.1821	0.1723	0.057	0.0579	0.1341	-0.0591	0.0227	0.0059	-0.0917	-0.0423	0.1212	0.0526	0.0196	-0.0143	0.0909	-0.007	0.1155	-19.9946	-0.5103	-44.5036
9	0.6263	-0.6491	0.9806	0.511	0.1322	1.0285	0.0704	0.0844	-0.2201	-0.0826	-0.0823	-0.0917	0.1259	0.3094	-0.0001	0.3336	0.1106	0.0757	0.2273	0.0032	0.1924	-0.1506	-23.102	3.4848
10	-0.012	-0.0378	0.03	0.0116	-0.0538	0.0233	0.2113	0.1382	-0.4558	0.3813	0.1627	-0.1738	0.3188	-0.2465	0.001	0.2469	-0.0296	0.0069	0.1508	-0.171	0.367	-6.5218	-33.8979	-2.1552
11	0.3587	-0.4964	0.2763	0.3219	-0.0111	0.6003	0.1527	0.3615	0.2874	-0.1891	-0.0175	0.072	-0.1052	0.3132	0.002	0.2816	0.0753	0.021	0.2133	0.0195	0.16	-6.6063	-17.6028	-4.0509
12	0.4365	-0.6474	0.1237	0.4672	0.5453	0.7442	-0.0101	-0.0026	0.0846	0.0065	0.0294	-0.0617	-0.0488	0.1648	0.0001	0.2026	0.0164	0.0125	0.1552	0.029	0.1057	-3.0679	-9.8302	9.4345
13	0.4253	-0.6716	-0.6384	0.6451	-0.5953	0.5013	0.0056	0.0484	-0.0058	0.0335	0.079	0.0893	-0.0804	-0.3082	-0	0.1929	0.0649	-0.0204	0.2338	0.0251	0.1421	-29.735	3.3898	4.3012
14	-0.0245	-0.003	0.0523	-0.0417	0.0368	-0.0212	-0.2772	0.295	0.2483	-0.0811	-0.0092	0.0365	-0.262	-0.1587	0.0025	0.4587	0.1642	-0.196	0.4583	0.0418	0.4853	-26.6829	15.6728	-5.6344
15	0.4053	-0.3735	0.0667	0.3684	-0.4087	0.9803	0.1798	0.2171	-0.0751	-0.0726	-0.0498	-0.0517	0.4075	-0.4626	-0.0027	0.2087	0.0752	-0.0088	0.1375	0.0028	0.1139	-22.3298	-0.0832	-2.6624
16	0.7373	-0.0669	-0.0971	0.1886	-0.3375	0.3756	0.0469	-0.1939	-0.1033	0.1986	0.0346	0.0202	0.069	-0.0547	-0.0002	0.1818	-0.0053	0.0227	0.1202	0.0148	0.1563	-28.0348	-10.2208	8.6946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 31:91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 92:113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 114:202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 203:293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 31:92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESID 93:111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND RESID 112:145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESID 146:293
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESID 31:92
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND RESID 93:113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND RESID 114:221
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND RESID 222:293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND RESID 31:91
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND RESID 92:106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND RESID 107:221
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND RESID 222:293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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