[日本語] English
万見
- PDB-2wdc: Termus thermophilus Sulfate thiohydrolase SoxB in complex with gl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wdc
タイトルTermus thermophilus Sulfate thiohydrolase SoxB in complex with glycerol
要素SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
キーワードHYDROLASE / SULFUR-SULFUR HYDROLYSIS / SULFUR OXIDATION PATHWAY / SOX / SOXB / CYS S-THIOSULFONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #570 / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...Helix Hairpins - #570 / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Metallo-dependent phosphatase-like / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Sulfur oxidation protein soxB
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sauve, V. / Roversi, P. / Leath, K.J. / Garman, E.F. / Antrobus, R. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mechanism for the Hydrolysis of a Sulfur-Sulfur Bond Based on the Crystal Structure of the Thiosulfohydrolase Soxb.
著者: Sauve, V. / Roversi, P. / Leath, K.J. / Garman, E.F. / Antrobus, R. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,99918
ポリマ－62,7471
非ポリマー1,25117
水10,160564
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.345, 86.456, 95.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB / SOXB


分子量: 62747.434 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-573 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THERMUS THERMOPHILUS HB27 SOXB
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB27 / プラスミド: PVS048 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q72IT0, EC: 3.12.2.1

-
非ポリマー , 5種, 581分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細MANGANESE II ION (MN): CARRIED THROUGH PURIFICATION GLYCEROL (GOL): FROM CRYOPROTECTANT SOLUTION ...MANGANESE II ION (MN): CARRIED THROUGH PURIFICATION GLYCEROL (GOL): FROM CRYOPROTECTANT SOLUTION TERTIARY-BUTYL ALCOHOL (TBU): FROM XTALLISATION MOTHER LIQUOR ACETATE ION (ACT): FROM XTALLISATION MOTHER LIQUOR
配列の詳細STREP II TAG AT THE NTERMINUS REPLACED THE TAT SIGNAL PEPTIDE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 5 MM TRISHC PH 8.0, 0.1 M NACL, 0.05 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 12-13% T-BUTANOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 詳細: MONTEL OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→57.3 Å / Num. obs: 90719 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 15.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.5.1精密化
XPREPデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→57.26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AUTOBUSTER BETA VERSION 2.5.1 DECEMBER 2008. GLYCEROL MOLECULES FROM CRYOPROTECTANT. PHASED WITH MN AND S ANOMALOUS SIGNAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4808 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 95526 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47331 Å20 Å20 Å2
2---0.07928 Å20 Å2
3---0.55259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4282 0 78 564 4924
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 756 4.99 %
Rwork0.1918 14409 -
all0.1924 15165 -
obs--99.84 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る