PDB-2wcw: 1.6A resolution structure of Archaeoglobus fulgidus Hjc, a Hollid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wcw

タイトル

1.6A resolution structure of Archaeoglobus fulgidus Hjc, a Holliday junction resolvase from an archaeal hyperthermophile

要素

HJC

キーワード

HYDROLASE / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / DNA BINDING PROTEIN / HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE

機能・相同性

機能・相同性情報

crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.6 A Resolution Structure of Archaeoglobus Fulgidus Hjc, a Holliday Junction Resolvase from an Archaeal Hyperthermophile
著者: Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.

履歴

登録	2009年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wcw.cif.gz	219.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wcw.ent.gz	177.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wcw_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wcw_full_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示
XML形式データ	2wcw_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	2wcw_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tqs-3 3tqs-4 5onb-2 5e95-d 3v8p-d 3tqs-2 6rgc-d 4n13-d 6dcj-2 2q7u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HJC

B: HJC

C: HJC

D: HJC

ヘテロ分子

62.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HJC

B: HJC

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HJC

D: HJC

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.510, 75.480, 60.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9961, -0.08793, -0.003701), (-0.08564, 0.9782, -0.1893), (0.02027, -0.1883, -0.9819)	2.489, 0.1006, -1.51
2	given	(0.9645, 0.0752, 0.2532), (-0.08426, 0.9961, 0.02514), (-0.2503, -0.04559, 0.9671)	34.92, -22.09, -34.55
3	given	(-0.952, -0.1897, -0.2402), (-0.115, 0.949, -0.2934), (0.2836, -0.2517, -0.9253)	-30.64, -14.94, 37.03

#1: タンパク質	HJC 分子量: 15542.008 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-136 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: 4304 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: O28314
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 29 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 90 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 29 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 90 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 91 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 29 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 90 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 91 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, SER 29 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 90 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 91 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, SER 29 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 90 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 91 TO ALA
配列の詳細	N-TERMINAL GT AND G4 FOLLOWING THE FIRST METHIONINE ARE CLONING ARTIFACTS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 4.5 M AMMONIUM ACETATE 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 60375 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.48
反射シェル	解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WILD-TYPE CRYSTAL FORM

解像度: 1.58→29.18 Å / SU ML: 1.25 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS, BUT REMOVED PRIOR TO DEPOSITION. IN CHAIN B RESIDUES 29-33 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	3061	5.1 %
R_work	0.154	-	-
obs	0.156	60364	93.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.18 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6068 Å²	0 Å²	2.3012 Å²
2-	-	1.5531 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.0537 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3906	0	29	526	4461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	5551
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.704	1521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5801-1.6047	0.2765	108	0.2721	2201	X-RAY DIFFRACTION	79
1.6047-1.6311	0.2662	119	0.2492	2271	X-RAY DIFFRACTION	82
1.6311-1.6592	0.2686	125	0.2343	2291	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6592-1.6893	0.2505	134	0.2155	2412	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6893-1.7218	0.211	113	0.2048	2414	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7218-1.757	0.2387	126	0.1946	2504	X-RAY DIFFRACTION	89
1.757-1.7952	0.2312	122	0.1882	2539	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7952-1.8369	0.2204	165	0.1763	2467	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8369-1.8829	0.1976	161	0.1608	2580	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8829-1.9338	0.2075	124	0.1551	2675	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9338-1.9906	0.1818	145	0.1516	2652	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9906-2.0549	0.1853	141	0.1423	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0549-2.1283	0.1908	159	0.1341	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1283-2.2135	0.1457	155	0.134	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2135-2.3142	0.1604	143	0.1312	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3142-2.4361	0.1704	145	0.1393	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4361-2.5887	0.1867	124	0.1383	2727	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5887-2.7884	0.1721	152	0.1443	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7884-3.0688	0.1874	145	0.1475	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0688-3.5122	0.176	157	0.1427	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5122-4.4225	0.152	155	0.1281	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4225-29.1814	0.2152	143	0.1594	2829	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5438	-0.0506	-1.8977	0.7696	2.0362	6.3335	0.5274	0.0249	1.7345	-0.1923	0.3135	0.2298	-1.572	-0.1294	-0.7786	0.4146	-0.0039	0.2005	0.1592	-0.0049	0.5455	2.1117	-3.9334	13.018
2	1.5561	-0.7358	-1.0274	1.2402	0.5064	1.6333	0.0062	-0.0756	-0.0676	-0.0066	-0.0163	0.0747	0.0605	0.0445	0.005	0.1294	0.0064	-0.0191	0.1066	0.004	0.1019	-6.3353	-16.8859	12.2795
3	4.903	-0.9619	-1.9089	0.2813	-0.2263	5.0336	0.2776	-0.046	1.1616	0.1363	0.0423	-0.282	-1.2019	-0.0473	-0.358	0.3769	0.048	0.0466	0.1556	-0.0133	0.3275	2.7566	-6.3065	-12.9767
4	1.4565	0.1463	-0.656	0.9187	-0.3245	1.3812	-0.0418	-0.0188	-0.0434	-0.0157	0.0211	-0.0584	-0.0714	0.068	0.0169	0.1319	0.0082	-0.004	0.0893	-0.0134	0.09	10.3333	-18.5785	-10.9176
5	2.3347	-0.8905	0.7836	3.3392	-4.6965	6.7286	0.3339	0.0363	1.0382	0.5536	-0.0557	-0.395	-1.003	0.2303	-0.3014	0.4894	-0.0767	0.2669	0.2562	-0.014	0.6888	-45.5995	12.7536	36.7725
6	3.1972	0.0786	-0.1737	0.9668	0.4772	1.3163	0.0298	-0.2238	0.1648	0.1231	-0.154	0.1498	0.0453	-0.1181	0.1139	0.1124	-0.0248	0.0048	0.1151	-0.0421	0.149	-52.2489	0.6229	34.7862
7	4.1596	2.147	-2.9633	1.4117	-2.5062	5.3655	0.2604	0.1645	1.8895	0.449	0.1547	0.0211	-0.8044	-0.0765	-0.3335	0.2839	0.0586	-0	0.1525	0.0504	0.6127	-37.6155	11.6254	12.8223
8	1.8777	0.0939	-0.7707	0.9039	-0.0281	0.5008	0.0159	0.0587	-0.0511	-0.0729	-0.0551	0.0336	-0.0255	-0.0065	0.0329	0.1264	0.0062	-0.035	0.1104	0.0202	0.119	-30.0317	0.3822	17.3455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 4:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 12:129)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 3:10)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 11:129)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESID 5:10)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESID 11:125)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 3:10)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 11:127)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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