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- PDB-2wci: Structure of E. coli monothiol glutaredoxin GRX4 homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wci
タイトルStructure of E. coli monothiol glutaredoxin GRX4 homodimer
要素GLUTAREDOXIN-4
キーワードELECTRON TRANSPORT / REDOX-ACTIVE CENTER / IRON-SULFUR CLUSTER SCAFFOLDER / FE2S2 / HOMODIMER / TRANSPORT / GLUTATHIONE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity / iron-sulfur cluster assembly complex / iron-sulfur cluster assembly / cell redox homeostasis / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Monothiol glutaredoxin / Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GLUTATHIONE / Glutaredoxin 4
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Iwema, T. / Picchiocci, A. / Traore, D.A.K. / Ferrer, J.-L. / Chauvat, F. / Jacquamet, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Delivery of the Intact [Fe2S2] Cluster by Monothiol Glutaredoxin.
著者: Iwema, T. / Picciocchi, A. / Traore, D.A.K. / Ferrer, J.-L. / Chauvat, F. / Jacquamet, L.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAREDOXIN-4
B: GLUTAREDOXIN-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9366
ポリマ－30,1222
非ポリマー8134
水3,279182
1
A: GLUTAREDOXIN-4
B: GLUTAREDOXIN-4
ヘテロ分子

A: GLUTAREDOXIN-4
B: GLUTAREDOXIN-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,87112
ポリマ－60,2444
非ポリマー1,6278
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-96.9 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-44.2 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.300, 94.300, 62.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GLUTAREDOXIN-4 / GRX4 / MONOTHIOL GLUTAREDOXIN


分子量: 15061.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLUTATHIONE, FE2S2 CLUSTER / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC69
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DIFFERENCES BETWEEN OUR SEQUENCE AND P0AC69 RELIES IN THE N-TERMINUS AND ARE DUE TO THE CLONING ...THE DIFFERENCES BETWEEN OUR SEQUENCE AND P0AC69 RELIES IN THE N-TERMINUS AND ARE DUE TO THE CLONING OF THE FULL LENGTH GRX4 CODING SEQUENCE IN PET28 THUS ADDING AN HIS- TAG, THE THROMBIN CLEAVAGE SITE AND AN ADDITIONAL HISTIDINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG 6000 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97931, 1.73944, 1.74128
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
21.739441
31.741281
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22331 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.946 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1141 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 21677 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 45 182 1993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221833
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6322.0012484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6265223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.30325.69679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45715311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.498157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3161.51124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12921810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2983709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1544.5674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 82 -
Rwork0.152 1572 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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