PDB-2wcb: S100A12 complex with zinc in the absence of calcium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wcb

タイトル

S100A12 complex with zinc in the absence of calcium

要素

PROTEIN S100-A12

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM SIGNALLING / HOST-PARASITE RESPONSE

機能・相同性

機能・相同性情報

mast cell activation / RAGE receptor binding / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / endothelial cell migration / defense response to fungus / xenobiotic metabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of MAP kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structures of Human S100A12 in Apo Form and in Complex with Zinc: New Insights Into S100A12 Oligomerisation.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B.

履歴

登録	2009年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wcb.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wcb.ent.gz	41.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wcb_validation.pdf.gz	366.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wcb_full_validation.pdf.gz	370 KB	表示
XML形式データ	2wcb_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	2wcb_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wc8C 2wceC 2wcfC 1e8aS 1gqm 1odb C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qu6-d 5hlv-1 2wc8-1 2wc8-2 4nto-1 3lqb-d 1j9a-d 6n6d-d 1ct5-d 4rh6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (2) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (2) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (2)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (2)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN S100-A12

B: PROTEIN S100-A12

ヘテロ分子

21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.696, 83.743, 155.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: タンパク質	PROTEIN S100-A12 / S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A12 / CALGRANULIN-C / CGRP / NEUTROPHIL S100 PROTEIN / CALCIUM-BINDING ...S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A12 / CALGRANULIN-C / CGRP / NEUTROPHIL S100 PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN IN AMNIOTIC FLUID 1 / P6 / CAGC / CAAF1 / S100A12 / CALCITERMIN 分子量: 10793.212 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80511
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	EXTRA FOUR RESIDUES AT N TERMINUS MGGS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 34% PEG 3350, MME, 0.2M TRI AMMONIUM CITRATE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.25
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→77.8 Å / Num. obs: 28275 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	最高解像度: 1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0082	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8A

1e8a

解像度: 1.73→77.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.668 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	1429	5.1 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	26795	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→77.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1462	0	4	166	1632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.927	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.114	3	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.616	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.381	26	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.878	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	30.884	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.965	1.5	946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.462	2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.425	3	599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.58	4.5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.78 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	107	-
R_work	0.354	1830	-
obs	-	-	95.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.455	-0.63	-0.8817	6.7504	5.4967	6.5287	0.1625	0.1729	0.1348	-0.6876	0.0403	-0.1468	-0.0963	0.0966	-0.2028	0.1995	0.0319	-0.0004	0.1646	-0.0101	0.1281	17.8286	8.2351	9.4375
2	1.2041	-0.0136	0.2631	3.8808	2.6856	3.205	0.1139	-0.0615	-0.2742	0.4931	0.1198	-0.3347	0.967	0.3335	-0.2337	0.3648	0.0921	-0.0541	0.2255	0.0055	0.276	22.8394	-3.2593	17.8777
3	3.4089	-3.0515	-2.1538	10.2227	8.2507	8.6863	0.2859	0.2839	-0.0807	0.0739	-0.023	-0.4023	-0.4234	0.3211	-0.2629	0.1778	-0.0391	-0.049	0.0973	0.0024	0.0608	21.443	13.8371	20.415
4	1.7307	0.4197	2.3013	2.1188	2.4921	7.4418	0.0282	-0.1131	-0.0947	0.2958	-0.2042	0.4709	0.0928	-0.7941	0.176	0.0665	-0.0056	0.0635	0.2528	-0.006	0.2682	6.9333	12.5403	22.3303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 19
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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