PDB-2wbx: Crystal structure of mouse cadherin-23 EC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wbx

タイトル

Crystal structure of mouse cadherin-23 EC1

要素

CADHERIN-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / DEAFNESS

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of Cadherin-23 Function in Hearing and Deafness.
著者: Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

履歴

登録	2009年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年6月6日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wbx.cif.gz	38.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wbx.ent.gz	25.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wbx_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wbx_full_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示
XML形式データ	2wbx_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	2wbx_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wcpC 2wd0C 2whvC 1ff5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2lqr-d 5ofx-9 1yop-d 4of7-3 2kd0-d 3qp3-1 3tzr-d 2dnq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: CADHERIN-23

ヘテロ分子

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.891, 49.540, 45.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2044- HOH
2	1	A-2103- HOH

#1: タンパク質	CADHERIN-23 / OTOCADHERIN 分子量: 11548.818 Da / 分子数: 1 / 断片: EC1, RESIDUES 24-124 / 由来タイプ: 組換発現詳細: CDH23 ECTODOMAIN 1 (EC1) CONSTRUCT DOES NOT CONTAIN PREDICTED SIGNAL SEQUENCE. THE N-TEMRINAL METHIONINE IS A CLONING ARTIFACT. ASPARTATE 102 WAS SELECTED AS THE C-TERMINAL RESIDUE OF ...詳細: CDH23 ECTODOMAIN 1 (EC1) CONSTRUCT DOES NOT CONTAIN PREDICTED SIGNAL SEQUENCE. THE N-TEMRINAL METHIONINE IS A CLONING ARTIFACT. ASPARTATE 102 WAS SELECTED AS THE C-TERMINAL RESIDUE OF ECTODOMAIN 1 (EC1) AND IS FOLLOWED BY A 6-HIS-TAG. 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL METHIONINE IS A CLONING ARTIFACT. PROTEIN WAS CLONED WITH AN ADDITIONAL C-TERMINAL HIS- ...N-TERMINAL METHIONINE IS A CLONING ARTIFACT. PROTEIN WAS CLONED WITH AN ADDITIONAL C-TERMINAL HIS-TAG WHICH IS NOT SEEN IN ELECTRON DENSITY AND WAS OMITTED IN THE SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.0 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 16290 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FF5

1ff5

解像度: 1.5→25.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.559 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1987	811	5 %	RANDOM
R_work	0.17218	-	-	-
obs	0.17343	15473	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.759 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0.67 Å²
2-	-	0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	815	0	1	105	921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	863
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.945	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.036	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.557	24	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.23	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.238	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.839	1.5	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.569	2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.492	3	336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.014	4.5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	67	-
R_work	0.219	1114	-
obs	-	-	98.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7096	-0.4828	0.1123	1.5159	-1.3539	3.2556	0.0693	0.0043	-0.1567	-0.2142	-0.1839	-0.0841	0.1828	0.1734	0.1146	0.0476	0.01	0.0142	0.0446	0.0219	0.0772	-5.5685	23.4789	-0.3129
2	1.1385	-0.6861	-0.3269	1.5938	0.7787	1.0686	0.0982	0.268	0.0673	-0.3601	-0.0761	-0.0042	0.0958	0.0361	-0.0221	0.2051	0.0276	0.017	0.2226	-0.0173	0.1793	-6.0762	32.3202	-21.2344
3	1.2767	-1.2798	1.2345	4.7767	-4.6312	5.0547	0.1797	0.0615	-0.1372	-0.449	-0.1274	0.2061	0.4435	0.0742	-0.0523	0.0655	0.0069	-0.0252	0.0104	-0.0198	0.0547	-13.2474	29.1407	-9.2696
4	1.273	1.5811	-1.0523	6.445	-5.8874	5.5548	0.0736	0.024	-0.0065	0.0426	-0.0413	0.0251	-0.0065	0.0596	-0.0323	0.0202	0.0097	0.0156	0.0175	-0.0114	0.0464	-9.0288	34.8474	-2.883
5	2.8407	-0.0584	0.2632	3.7386	-2.1808	4.2177	0.0191	0.0864	0.1732	-0.0301	0.0796	0.1624	-0.0362	0.1674	-0.0987	0.005	0.0036	-0.0077	0.0352	-0.0091	0.0353	-10.5513	41.1941	-10.0347
6	2.053	-1.125	2.4352	1.0806	-0.3095	5.5377	0.113	0.4032	0.0675	-0.2516	-0.1214	0.0297	-0.0989	0.7491	0.0084	0.1581	-0.0122	-0.0882	0.1384	0.021	0.1274	-10.4729	41.4899	-18.5415
7	3.7751	1.3268	-2.0684	2.4672	-4.0404	9.9116	0.1681	0.3424	0.2355	-0.0388	-0.0519	0.0161	-0.116	0.1244	-0.1163	0.0232	0.0222	0.0203	0.0461	0.0264	0.0223	-3.6411	36.3578	-9.4403
8	2.1241	0.706	-1.0255	1.3165	-2.6552	10.0128	-0.0248	0.2356	-0.0696	-0.2352	-0.2436	-0.1808	0.385	0.2774	0.2684	0.0507	0.0721	0.0363	0.1414	0.045	0.0293	-1.8985	33.0128	-13.4214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	40 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	52 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	62 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	75 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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