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- PDB-2wbl: Three-dimensional structure of a binary ROP-PRONE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbl
タイトルThree-dimensional structure of a binary ROP-PRONE complex
要素
  • RAC-LIKE GTP-BINDING PROTEIN ARAC2
  • RHO OF PLANTS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE (生体膜) / PRENYLATION (プレニル化) / METHYLATION (メチル化) / NUCLEOTIDE- BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / COMPLEX OF PRONE-GEF WITH ROP SUBSTRATE / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / GTP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / 細胞皮質 / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization ...cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / 細胞皮質 / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PRONE domain, subdomain 2 / PRONE domain, subdomain 1 / PRONE domain / Rop guanine nucleotide exchange factor / PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger) / PRONE domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 低分子量GTPアーゼ ...PRONE domain, subdomain 2 / PRONE domain, subdomain 1 / PRONE domain / Rop guanine nucleotide exchange factor / PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger) / PRONE domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rac-like GTP-binding protein ARAC2 / Rho guanine nucleotide exchange factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Thomas, C. / Fricke, I. / Weyand, M. / Berken, A.
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: 3D Structure of a Binary Rop-Prone Complex: The Final Intermediate for a Complete Set of Molecular Snapshots of the Ropgef Reaction.
著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Weyand, M. / Berken, A.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Evidence for a Common Intermediate in Small G Protein-Gef Reactions.
著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO OF PLANTS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 8
B: RHO OF PLANTS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 8
C: RAC-LIKE GTP-BINDING PROTEIN ARAC2
D: RAC-LIKE GTP-BINDING PROTEIN ARAC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7804
ポリマ－122,7804
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.550, 110.220, 151.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9991, 0.02988, -0.03015), (0.03367, 0.1255, -0.9915), (-0.02585, -0.9916, -0.1264)-61.36, -23.65, -29.38
2given(-1, 0.000284, 0.004407), (-0.004359, 0.09582, -0.9954), (-0.000705, -0.9954, -0.09582)-61, -24.95, -27.98

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要素

#1: タンパク質 RHO OF PLANTS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 8 / EMB|CAB41934.1


分子量: 41516.367 Da / 分子数: 2 / 断片: PRONE DOMAIN, RESIDUES 76-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROPGEF8
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
Variant: COL-0 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9LV40
#2: タンパク質 RAC-LIKE GTP-BINDING PROTEIN ARAC2 / RHO7 OF PLANTS / GTPASE PROTEIN ROP7


分子量: 19873.781 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROP7
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
Variant: LANDSBERG ERECTA / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q38903
配列の詳細SERINE 28 IS A GLYCINE IN THE LANDSBERG ERECTA VARIANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97634
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97634 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30632 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.82
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NTY

2nty


解像度: 2.9→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 35.825 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1532 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 29099 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.54 Å20 Å20 Å2
2--3.49 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7497 0 0 0 7497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.96410382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1215982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54424.806310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.388151238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3241535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3921.54933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77127879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16232701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0264.52503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 112 -
Rwork0.291 2131 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6491-0.0305-0.33811.16970.55490.6184-0.0691-0.0313-0.1494-0.10130.0753-0.01540.13710.0572-0.00620.1854-0.0175-0.04340.1152-0.04890.1038-25.927-23.2794-36.016
21.5675-0.8275-0.44120.69570.29391.562-0.1053-0.05260.06070.0980.04670.0439-0.0753-0.13090.05870.105-0.0526-0.01270.1613-0.06260.1228-34.75878.4726-1.1901
34.02130.17550.63181.76120.56432.70190.0444-0.1776-0.0292-0.111-0.0195-0.022-0.02910.0303-0.02490.0503-0.03140.00480.0363-0.00860.0097-3.6255-13.7394-29.3379
43.65070.368-0.19612.30520.93121.98580.1110.05640.0227-0.0698-0.10710.1017-0.06030.097-0.00390.02080.0035-0.02940.0824-0.03610.0696-57.30252.9863-11.6666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 360
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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