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- PDB-2wbc: REFINED CRYSTAL STRUCTURE (2.3 ANGSTROM) OF A WINGED BEAN CHYMOTR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbc
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE (2.3 ANGSTROM) OF A WINGED BEAN CHYMOTRYPSIN INHIBITOR AND LOCATION OF ITS SECOND REACTIVE SITE
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin inhibitor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Psophocarpus tetragonolobus (マメ科)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Mukhopadhyay, D. / Dutta, S.K. / Singh, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: Refined crystal structure (2.3 A) of a double-headed winged bean alpha-chymotrypsin inhibitor and location of its second reactive site.
著者: Dattagupta, J.K. / Podder, A. / Chakrabarti, C. / Sen, U. / Mukhopadhyay, D. / Dutta, S.K. / Singh, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Psophocarpin B1, a Chymotrypsin Inhibitor from Winged Bean Seeds
著者: Dattagupta, J.K. / Chakrabarti, C. / Podder, A. / Dutta, S.K. / Singh, M.
履歴
登録1997年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2671
ポリマ－20,2671
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.800, 61.800, 212.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR / WCI


分子量: 20266.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Psophocarpus tetragonolobus (マメ科) / 組織: SEED / 参照: UniProt: P10822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 25% AMM. SULPHATE IN TRIS-HCL, 10MM NA ACETATE,400 MM NACL AT PH 5.4 AGAINST 25% AMM. SULPHATE,60MM NA ACETATE AT 4 DEGREE ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION FROM 25% AMM. SULPHATE IN TRIS-HCL, 10MM NA ACETATE,400 MM NACL AT PH 5.4 AGAINST 25% AMM. SULPHATE,60MM NA ACETATE AT 4 DEGREE CENTIGRADE., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.6 mg/mlprotein1drop
271.4 mMTris-HCl1drop
3286 mM1dropNaCl
41.4 %ammonium sulfate1drop
52.9 mMsodium acetate1drop
625 %ammonium sulfate1reservoir
760 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→12 Å / Num. obs: 9897 / % possible obs: 80.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射
*PLUS
Num. measured all: 10551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE ELECTRON DENSITY IS CONTINUOUS FOR ALL THE MAIN CHAIN ATOMS. HOWEVER THE FITTING OF THE MODEL TO THE ELECTRON DENSITY MAP IN THE RESIDUE RANGES 137 - 142, AND 176 - 183 IS SOMEWHAT POOR. ...詳細: THE ELECTRON DENSITY IS CONTINUOUS FOR ALL THE MAIN CHAIN ATOMS. HOWEVER THE FITTING OF THE MODEL TO THE ELECTRON DENSITY MAP IN THE RESIDUE RANGES 137 - 142, AND 176 - 183 IS SOMEWHAT POOR. WCI HAS BEEN FOUND TO BE SPHERICAL AND CONSISTS OF 12 ANTIPARALLEL BETA-STRANDS WITH CONNECTING LOOPS ARRANGED IN A CHARACTERISTIC B-TREFOIL TYPE FOLDING. A PSEUDO THREE-FOLD AXIS EXISTS PARALLEL TO THE BARREL AXIS OF THE STRUCTURE. EACH OF THE THREE SUBDOMAINS COMPRISES FOUR B-STRANDS WITH CONNECTING LOOPS. FROM THIS HIGHER RESOLUTION MODEL THE LOCATION OF THE SECOND REACTIVE SITE OF THE INHIBITOR PROTEIN COULD BE IDENTIFIED MAINLY ON THE BASIS OF STRUCTURAL STUDIES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 -10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 9897 80.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 0 109 1681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.893
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.19
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.561
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.398
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.626
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.768
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.139
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.192
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.561

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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