PDB-2wb7: pT26-6p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wb7

タイトル

pT26-6p

要素

PT26-6P

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / EXTRA CHROMOSOMAL ELEMENTS

機能・相同性

pT26-6p, five-helical bundle domain / Immunoglobulin-like - #2050 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

THERMOCOCCUS SP. 26-2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Keller, J. / Leulliot, N. / Soler, N. / Collinet, B. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: A Protein Encoded by a New Family of Mobile Elements from Euryarchaea Exhibits Three Domains with Novel Folds.
著者: Keller, J. / Leulliot, N. / Soler, N. / Collinet, B. / Vincentelli, R. / Forterre, P. / Van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2009年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wb7.cif.gz	211.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wb7.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wb7_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wb7_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	2wb7_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	2wb7_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wb6
類似構造データ	4xmy-d 4f2a-d 4xot-d 4xn3-d 4xop-d 4xl9-d 2vbm-d 4xm3-d 2vji-d 2x85-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PT26-6P

B: PT26-6P

119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PT26-6P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PT26-6P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.150, 133.150, 164.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	PT26-6P 分子量: 59278.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOCOCCUS SP. 26-2 (古細菌) / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.5-2M (NH4)2SO4, 0.025M KH2PO4, 8% PEG 8000, 10 TO 16% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.19 Å / Num. obs: 50396 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→47.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 10.341 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	2576	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	47748	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8274	0	0	225	8499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.944	11510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.19	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.061	25.3	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.42	15	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.774	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.54	1.5	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.062	2	8420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.514	3	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.661	4.5	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	168	-
R_work	0.319	3254	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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