PDB-2wal: Crystal Structure of human GADD45gamma

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wal

タイトル

Crystal Structure of human GADD45gamma

要素

GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

キーワード

APOPTOSIS / CELL-CYCLE ARREST / DEVELOPMENTAL PROTEIN / GADD / DNA DAMAGE / G2/M PHASE / CDC2/CYCLINB1 / DIFFERENTIATION

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell differentiation / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Mueller, J.J. / Roske, Y. / Turnbull, A.P. / Quedenau, C. / Goetz, F. / Buessow, K. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human Gadd45Gamma
著者: Bhattacharya, S. / Mueller, J.J. / Roske, Y. / Turnbull, A.P. / Quedenau, C. / Gotz, F. / Bussow, K. / Heinemann, U.

履歴

登録	2009年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wal.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wal.ent.gz	51.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wal_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wal_full_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示
XML形式データ	2wal_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2wal_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6i8e-d 6ibn-d 6kmn-1 5kf1-d 3uiu-d 6q3e-d 6i8k-d 6i8q-d 1xub-1 4c3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (2) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

B: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

B: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

ヘテロ分子

A: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

B: GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.717, 108.717, 73.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	GROWTH ARREST AND DNA-DAMAGE-INDUCIBLE PROTEIN GADD45 GAMMA / GROWTH ARREST AND DNA DAMAGE PROTEIN 45 GAMMA / CYTOKINE-RESPONSIVE PROTEIN CR6 / DNA-DAMAGE- ...GROWTH ARREST AND DNA DAMAGE PROTEIN 45 GAMMA / CYTOKINE-RESPONSIVE PROTEIN CR6 / DNA-DAMAGE-INDUCIBLE TRANSCRIPT 2 / DDIT-2 分子量: 17104.148 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95257
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 58 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 58 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 2 M MALONATE, 0.1 M BENZONATE, PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.90832
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.90832 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 21647 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.09 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.3→20 Å / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 14.972 / SU ML: 0.174 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINAL 10 RESIDUES HAVE NO ELECTRON DENSITY IN BOTH MOLECULE A AND B. RESIDUES 105-118 AND RESIDUES 123-132 ARE NOT VISIBLE IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	988	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.216	18783	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0.48 Å²	0 Å²
2-	-	0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	14	54	2210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.968	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.97	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.823	25.918	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.656	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.275	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.236	2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.948	3	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.727	4.5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.219	6	707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	142	-
R_work	0.27	2702	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9564	-0.2353	0.0895	4.6824	-0.4855	2.698	-0.1208	-0.1704	0.3007	0.0789	-0.0054	-0.3686	-0.067	0.2574	0.1262	0.1741	0.0928	0.0198	0.0969	-0.0043	0.0562	-41.4933	-19.1632	14.3657
2	42.0456	8.9445	-23.7968	12.8692	-17.7071	28.0484	2.4933	-2.0175	-2.3293	1.2176	-3.4367	-0.4446	-0.9757	-0.5617	0.9434	0.4772	0.3092	-0.0919	0.8933	-0.2225	0.9657	-56.1558	-22.4041	23.0432
3	11.7813	-6.0566	0.6087	10.7501	0.388	8.8053	-0.2033	-1.5465	-1.5404	0.9868	0.4118	-0.817	1.7434	0.9161	-0.2085	0.4298	0.1942	-0.0636	0.2379	0.1447	0.2735	-35.0275	-26.5925	21.5331
4	5.049	1.3193	0.1668	11.2391	-4.8448	6.2258	-0.3196	0.2476	-0.4285	-0.3094	0.0262	-0.7164	0.3497	0.821	0.2934	0.2926	0.1576	0.1825	0.2576	-0.0501	0.1262	-36.3617	-24.5315	4.94
5	13.0221	0.2164	1.198	23.2428	-2.0458	11.0888	-0.7117	2.1557	0.9897	-2.817	0.6083	-0.6236	-0.4904	0.7291	0.1034	0.574	-0.3307	0.1921	0.7833	0.1105	-0.2828	-43.1152	-14.1538	-14.3937
6	0.0631	-0.3763	-0.4701	7.6182	0.0465	4.9194	-0.4627	0.2359	0.7631	-0.5456	0.3694	-0.0699	-0.3841	0.2513	0.0933	0.4112	-0.1123	-0.0335	0.1264	0.0979	0.3126	-44.3826	-3.0509	-1.0956
7	48.7667	37.1169	33.9392	29.6978	28.9108	30.1698	-1.204	1.0292	1.9954	-2.0492	-0.8857	-0.1371	0.6007	1.4118	2.0897	1.0134	-0.6376	0.2742	1.4947	0.5076	0.7692	-33.6657	-6.8127	-12.9916
8	24.548	-0.7207	11.7945	9.9765	6.4774	13.4671	0.6742	2.298	1.6155	-1.3003	-0.4427	0.3572	-1.522	0.7587	-0.2315	0.6102	-0.1503	0.0645	0.2563	0.4487	0.2091	-44.6634	-1.7276	-8.9202
9	11.9834	2.7658	0.5417	2.8621	-0.0729	8.5295	-0.6326	1.4893	0.8071	-0.85	0.5863	0.1386	0.0175	0.2381	0.0463	0.4282	-0.1469	-0.0158	0.2467	0.1459	0.0379	-49.7554	-15.8891	-8.3279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	132 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	11 - 38
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	39 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	97 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	117 - 123
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	130 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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