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- PDB-2w9m: Structure of family X DNA polymerase from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9m
タイトルStructure of family X DNA polymerase from Deinococcus radiodurans
要素POLYMERASE X
キーワードDNA REPLICATION / SAXS / DNA REPAIR / DNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric ester hydrolase activity / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase/3'-5' exonuclease PolX-like / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Helix-hairpin-helix domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / Metal-dependent hydrolases / DNA-directed DNA polymerase X ...DNA polymerase/3'-5' exonuclease PolX-like / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Helix-hairpin-helix domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / Metal-dependent hydrolases / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Leulliot, N. / Cladiere, L. / Lecointe, F. / Durand, D. / Hubscher, U. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Family X DNA Polymerase from Deinococcus Radioduran Adopts a Non-Standard Extended Conformation.
著者: Leulliot, N. / Cladiere, L. / Lecointe, F. / Durand, D. / Hubscher, U. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2009年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYMERASE X
B: POLYMERASE X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,26111
ポリマ－124,4022
非ポリマー8599
水1,38777
1
A: POLYMERASE X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6636
ポリマ－62,2011
非ポリマー4625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: POLYMERASE X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5985
ポリマ－62,2011
非ポリマー3974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.930, 138.250, 67.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 85:219 OR RESSEQ 223:311 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 85:311 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 313:564 )
212CHAIN B AND (RESSEQ 313:564 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 POLYMERASE X


分子量: 62200.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RX48
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.282
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→10 Å / Num. obs: 155376 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIXHYSS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.46→45.32 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 3635 5 %
Rwork0.203 --
obs0.206 72673 94.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.83 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4619 Å20 Å23.8268 Å2
2--8.0698 Å20 Å2
3----1.6078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→45.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8340 0 9 77 8426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81311516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2993097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031535
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1654X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1654X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
21A1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4649-2.49730.3871710.30741194X-RAY DIFFRACTION43
2.4973-2.53150.36781480.30191986X-RAY DIFFRACTION72
2.5315-2.56770.36631230.29022305X-RAY DIFFRACTION81
2.5677-2.6060.31921420.27762650X-RAY DIFFRACTION92
2.606-2.64670.36231440.2732659X-RAY DIFFRACTION97
2.6467-2.69010.3151370.25432794X-RAY DIFFRACTION97
2.6901-2.73650.32151240.2542710X-RAY DIFFRACTION98
2.7365-2.78620.2781350.24482803X-RAY DIFFRACTION97
2.7862-2.83980.31671170.24782789X-RAY DIFFRACTION98
2.8398-2.89780.32361140.23852691X-RAY DIFFRACTION98
2.8978-2.96080.3121020.24592899X-RAY DIFFRACTION98
2.9608-3.02960.31331310.24312712X-RAY DIFFRACTION98
3.0296-3.10540.3351310.24822816X-RAY DIFFRACTION98
3.1054-3.18930.31241610.21472741X-RAY DIFFRACTION98
3.1893-3.28310.30211580.21312773X-RAY DIFFRACTION98
3.2831-3.38910.2041290.20432784X-RAY DIFFRACTION98
3.3891-3.51010.28561490.21012760X-RAY DIFFRACTION99
3.5101-3.65060.22561580.18462761X-RAY DIFFRACTION98
3.6506-3.81670.25421570.17892769X-RAY DIFFRACTION99
3.8167-4.01780.22611580.16972753X-RAY DIFFRACTION99
4.0178-4.26930.19981560.15882779X-RAY DIFFRACTION99
4.2693-4.59870.18011470.14122782X-RAY DIFFRACTION99
4.5987-5.06090.17521800.15172736X-RAY DIFFRACTION99
5.0609-5.7920.21721730.16932812X-RAY DIFFRACTION99
5.792-7.29240.19371440.17312791X-RAY DIFFRACTION99
7.2924-45.32610.15351460.15782789X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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