PDB-2w8i: Crystal structure of Wza24-345.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w8i

タイトル

Crystal structure of Wza24-345.

要素

PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / LIPOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hagelueken, G. / Ingledew, W.J. / Huang, H. / Petrovic-Stojanovska, B. / Whitfield, C. / ElMkami, H. / Schiemann, O. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Peldor Distance Fingerprinting of the Octameric Outer-Membrane Protein Wza from Escherichia Coli.
著者: Hagelueken, G. / Ingledew, W.J. / Huang, H. / Petrovic-Stojanovska, B. / Whitfield, C. / Elmkami, H. / Schiemann, O. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2009年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w8i.cif.gz	971.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w8i.ent.gz	817.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w8i_validation.pdf.gz	499.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w8i_full_validation.pdf.gz	560.2 KB	表示
XML形式データ	2w8i_validation.xml.gz	89.2 KB	表示
CIF形式データ	2w8i_validation.cif.gz	118.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w8hC 2j58S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w8h-d 3mmu-d 4nqa-d 6824 4oo1-d 6m67-d 3nuh-1 5x9z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

B: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

C: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

D: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

E: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

F: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

G: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

H: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

287 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.084, 140.202, 165.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 25:345 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 25:345 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 25:345 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 25:345 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 25:345 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 25:345 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 25:345 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 25:345 )

#1: タンパク質	PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA / WZA 分子量: 35891.547 Da / 分子数: 8 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 22-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBADHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: Q9X4B7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.66 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES PH 7.1, 0.2 M CACL2, 19% PEG 400.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: K,H,-L / Fraction: 0.502
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 65664 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	最高解像度: 3 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J58

2j58

解像度: 3→41.38 Å / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	3313	5.1 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.211	64724	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 26.64 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.9457 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.2458 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.7897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→41.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19792	0	0	0	19792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	20136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	27400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.244	7288
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	3192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3568

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
1	3	C	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	D	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	5	E	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
1	6	F	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	7	G	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
1	8	H	2466	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9976-3.0493	0.3898	152	0.3405	2814	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0493-3.1047	0.3674	186	0.3154	2964	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1047-3.1644	0.2864	170	0.2513	3022	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1644-3.2289	0.228	181	0.2181	3089	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2289-3.2991	0.2457	164	0.2054	3073	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2991-3.3758	0.2392	160	0.2062	3104	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3758-3.4602	0.216	163	0.2053	3074	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4602-3.5537	0.2066	144	0.1946	3140	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5537-3.6582	0.2527	151	0.2154	3072	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6582-3.7762	0.2475	167	0.2253	3064	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7762-3.9111	0.2251	183	0.2146	3039	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9111-4.0676	0.2499	152	0.2065	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0676-4.2525	0.2232	149	0.1945	3059	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2525-4.4765	0.2457	164	0.2026	2961	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4765-4.7566	0.1928	162	0.1804	3020	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7566-5.1232	0.1943	172	0.1957	3069	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1232-5.6376	0.2242	175	0.2134	3102	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6376-6.4507	0.2147	161	0.2066	3172	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4507-8.1172	0.1922	160	0.2015	3209	X-RAY DIFFRACTION	98
8.1172-41.3797	0.2059	168	0.1925	3352	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0777	-0.016	-0.0084	0.1068	-0.0256	0.0599	-0.0935	0.1751	-0.0839	-0.1696	0.0031	-0.2366	0.0725	-0.008	-0.0657	0.166	-0.0023	0.1802	0.1292	-0.085	0.0989	-13.2291	-48.6327	42.4471
2	0.1368	0.0183	-0.0165	0.0277	-0.0013	0.0612	-0.0843	0.1889	-0.163	-0.1133	0.036	-0.1155	0.0444	-0.0475	-0.0531	0.1999	-0.0598	0.0651	0.1156	-0.1549	0.0536	-31.1023	-60.9068	42.4167
3	0.0281	0.0017	0.0217	0.0988	0.0456	0.1061	-0.0795	0.1262	0.1011	-0.0884	-0.0358	0.1605	-0.0811	-0.0015	-0.0717	0.0935	-0.0518	-0.1189	0.1813	0.0982	0.0855	-60.6685	-17.7309	41.2884
4	0.0523	0.0092	0.0151	0.2164	-0.0709	0.1468	-0.0904	0.1093	0.0379	-0.2278	-0.0254	-0.2151	0.0751	0.034	-0.1111	0.0557	-0.0193	0.1337	0.1549	0.045	0.109	-9.2387	-27.3618	42.1067
5	0.1042	-0.0212	0.029	0.0223	-0.0321	0.039	-0.0519	0.1467	0.1924	-0.1514	-0.03	-0.1118	0.0125	0.0664	-0.0438	0.1736	-0.0522	0.0798	0.1207	0.1344	0.1206	-21.5272	-9.4945	41.6872
6	0.08	-0.001	0.0363	0.1384	0.0276	0.0604	-0.0394	0.1773	0.1911	-0.1598	-0.0139	0.108	-0.0246	0.0501	-0.0824	0.1396	-0.0714	-0.0281	0.1236	0.1595	0.0697	-42.7335	-5.4923	41.2975
7	0.0752	-0.0165	0.0177	0.0303	0.0402	0.041	-0.0047	0.1233	-0.1435	-0.1647	-0.0521	0.0912	0.0231	-0.053	-0.0686	0.2385	-0.0414	-0.105	0.1256	-0.1073	0.0186	-52.4153	-56.9366	42.0597
8	0.0415	-0.0346	-0.0309	0.0404	0.0374	0.0833	-0.1084	0.1289	-0.0424	-0.1699	0.0104	0.1765	-0.0399	0.0144	-0.0574	0.2032	-0.1134	-0.1677	0.1895	-0.0166	0.1196	-64.671	-39.0117	41.6149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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