PDB-2w8h: Crystal structure of spin labeled Wza24-345.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w8h

タイトル

Crystal structure of spin labeled Wza24-345.

要素

PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / LIPOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Hagelueken, G. / Ingledew, W.J. / Huang, H. / Petrovic-Stojanovska, B. / Whitfield, C. / ElMkami, H. / Schiemann, O. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Peldor Distance Fingerprinting of the Octameric Outer-Membrane Protein Wza from Escherichia Coli.
著者: Hagelueken, G. / Ingledew, W.J. / Huang, H. / Petrovic-Stojanovska, B. / Whitfield, C. / Elmkami, H. / Schiemann, O. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2009年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月12日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w8h.cif.gz	975.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w8h.ent.gz	820.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w8h_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
XML形式データ	2w8h_validation.xml.gz	93.6 KB	表示
CIF形式データ	2w8h_validation.cif.gz	121 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w8iC 2j58S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w8i-d 3mmu-d 4nqa-d 6ufp-d 6824 6jak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

B: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

C: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

D: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

E: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

F: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

G: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

H: PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

ヘテロ分子

289 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.153, 141.152, 167.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
2	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
3	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
4	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
5	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
6	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
7	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 24:334 OR RESSEQ 336:345 )

#1: タンパク質	PUTATIVE OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA / WZA 分子量: 35866.559 Da / 分子数: 8 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 22-345 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LABELED WITH MTSSL AT POSTION 335 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PBADHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194 / 参照: UniProt: Q9X4B7
#2: 化合物	ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL 分子量: 264.385 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈NO₃S₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 335 TO R1A ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, GLN 335 TO R1A ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, GLN 335 TO R1A
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.41 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES PH 7.1, 0.2 M CACL2, 19% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.54
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: K,H,-L / Fraction: 0.502
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 85823 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	最高解像度: 2.8 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J58

2j58

解像度: 2.76→34.9 Å / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	4301	5 %
R_work	0.211	-	-
obs	0.212	85306	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.65 Å² / k_sol: 0.28 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7042 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.1457 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5194 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→34.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19768	0	97	13	19878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	20352
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	27776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.721	7440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3600

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	G	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	3	B	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	4	C	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
1	5	D	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
1	6	E	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	7	F	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
1	8	H	2465	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7611-2.8087	0.4237	213	0.3435	3790	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8087-2.8597	0.3126	202	0.2709	3988	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8597-2.9147	0.2723	176	0.2681	4030	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9147-2.9742	0.3321	240	0.2943	3999	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9742-3.0388	0.2745	194	0.2579	4052	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0388-3.1094	0.2616	218	0.2486	4038	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1094-3.1872	0.2472	231	0.2412	4057	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1872-3.2733	0.2398	227	0.2354	4015	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2733-3.3695	0.2332	209	0.2228	4058	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3695-3.4782	0.2362	199	0.2184	4050	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4782-3.6024	0.2485	207	0.2044	4078	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6024-3.7464	0.2538	226	0.2254	4043	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7464-3.9167	0.2158	205	0.2096	4102	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9167-4.1229	0.2088	200	0.1951	4009	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1229-4.3808	0.1657	211	0.1733	4096	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3808-4.7183	0.1702	213	0.1562	4058	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7183-5.1917	0.1849	231	0.173	4080	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1917-5.9398	0.2157	225	0.1938	4114	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9398-7.4714	0.2424	206	0.1969	4120	X-RAY DIFFRACTION	98
7.4714-34.9022	0.2085	231	0.1926	4265	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0951	-0.0052	0.0063	0.1297	-0.0518	0.0581	-0.0385	0.2396	0.1719	-0.2934	-0.0321	-0.1335	0.0244	0.0686	-0.0716	0.2392	-0.119	0.1419	0.1432	0.0944	0.0004	-18.2569	-13.0063	42.535
2	0.0606	0.0422	-0.0275	0.0923	0.0225	0.0498	-0.0568	0.2246	-0.1836	-0.2168	-0.0366	0.0696	-0.05	-0.0555	-0.0715	0.1557	-0.1	-0.1246	0.1574	-0.1384	0.0732	-49.0455	-60.7194	42.2358
3	0.0616	0.0499	0.0095	0.0602	0.0191	0.1225	-0.0517	0.1823	0.1321	-0.1836	-0.0612	0.1209	-0.0598	-0.0051	-0.0699	0.2965	-0.0116	-0.0529	0.1538	0.156	0.0387	-39.6089	-9.0573	43.0089
4	0.0974	-0.0044	0.0026	0.0613	0.0118	0.0204	-0.0052	0.215	0.0518	-0.1589	-0.1101	0.2138	-0.0949	0.0239	-0.0508	0.2253	0.0051	-0.1877	0.1778	0.0723	0.0824	-57.5015	-21.4384	43.1025
5	0.0913	-0.031	0.0131	0.1152	0.0272	0.042	-0.048	0.1433	-0.0986	-0.2512	-0.0274	0.2665	-0.0493	-0.0603	-0.0192	0.1867	-0.0275	-0.1791	0.1907	-0.0857	0.1246	-61.4197	-42.8441	42.7725
6	0.0578	0.0093	-0.044	0.1247	-0.018	0.0683	0.0027	0.2239	-0.2468	-0.1693	-0.0305	-0.1227	0.024	-0.0409	-0.042	0.1346	-0.0591	0.0364	0.2124	-0.2309	0.1611	-27.7091	-64.6561	41.7102
7	0.0364	-0.0049	-0.0056	0.0273	-0.0099	0.0561	-0.0693	0.1663	-0.0236	-0.1683	0.003	-0.1545	0.0424	0.0071	-0.0383	0.1813	-0.0749	0.2106	0.2493	-0.0429	0.0716	-5.8786	-30.902	41.9917
8	0.2014	-0.045	-0.0566	0.1947	-0.0225	0.0357	-0.0294	0.2857	-0.1462	-0.2242	-0.0424	-0.1686	0.0391	-0.0485	-0.1104	0.0284	-0.0354	0.1629	0.1059	-0.1922	-0.0351	-9.7627	-52.2858	41.666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)