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万見
- PDB-2w85: Structure of Pex14 in complex with Pex19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w85
タイトルStructure of Pex14 in complex with Pex19
要素
  • PEROXIN-19
  • PEROXISOMAL MEMBRANE ANCHOR PROTEIN PEX14
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ZELLWEGER SYNDROME / ALTERNATIVE SPLICING / TRANSLOCATION / PHOSPHOPROTEIN / PROTEIN COMPLEX / PEROXISOME BIOGENESIS DISORDER / PEROXISOME TARGETING SIGNAL / PEROXISOME / PRENYLATION / LIPOPROTEIN / POLYMORPHISM / PTS / MEMBRANE / PEROXISOME IMPORT / PEROXISOME BIOGENESIS / RECEPTOR-CARGO COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome transport along microtubule / peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome ...peroxisome transport along microtubule / peroxisome membrane biogenesis / peroxisome membrane class-1 targeting sequence binding / establishment of protein localization to peroxisome / negative regulation of lipid binding / protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / protein targeting to peroxisome / peroxisomal importomer complex / microtubule anchoring / protein import into peroxisome matrix / protein import into peroxisome matrix, docking / Class I peroxisomal membrane protein import / protein carrier chaperone / peroxisome organization / peroxisome fission / ABC transporters in lipid homeostasis / peroxisomal membrane / beta-tubulin binding / protein transmembrane transporter activity / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of protein binding / Peroxisomal protein import / brush border membrane / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / fibrillar center / cellular response to reactive oxygen species / transcription corepressor activity / peroxisome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / microtubule binding / protein-containing complex assembly / protein stabilization / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pex19 protein / Pex19, C-terminal domain superfamily / Pex19 protein family / Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxisomal biogenesis factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Neufeld, C. / Filipp, F.V. / Simon, B. / Neuhaus, A. / Schueller, N. / David, C. / Kooshapur, H. / Madl, T. / Erdmann, R. / Schliebs, W. ...Neufeld, C. / Filipp, F.V. / Simon, B. / Neuhaus, A. / Schueller, N. / David, C. / Kooshapur, H. / Madl, T. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Wilmanns, M. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Competitive Interactions of Pex14 with the Import Receptors Pex5 and Pex19.
著者: Neufeld, C. / Filipp, F.V. / Simon, B. / Neuhaus, A. / Schueller, N. / David, C. / Kooshapur, H. / Madl, T. / Erdmann, R. / Schliebs, W. / Wilmanns, M. / Sattler, M.
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOMAL MEMBRANE ANCHOR PROTEIN PEX14
B: PEROXIN-19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1452
ポリマ－9,1452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOMAL MEMBRANE ANCHOR PROTEIN PEX14 / PEROXIN-14 / PTS1 RECEPTOR-DOCKING PROTEIN


分子量: 7639.655 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM11_MOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75381
#2: タンパク質・ペプチド PEROXIN-19 / PEROXISOMAL FARNESYLATED PROTEIN / 33 KDA HOUSEKEEPING PROTEIN


分子量: 1505.603 Da / 分子数: 1 / 断片: F/YFXXXF MOTIF, RESIDUES 66-77 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P40855
配列の詳細RESIDUES 101-112 IN THIS PDB-ENTRY CORRESPOND TO RESIDUES 66-77 IN THE CORRESPONDING GENBANK ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCA
1213D HN(CA)CB
1313D C(CO)NH
1413D CBCA(CO)NH
1513D 1H-15N NOESY
1613D H(CCO)NH
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1912D 1H-1H NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCUTRE WAS DETERMINED USING EDITED-FILTERED EXPERIMENTS ON 13C,15N LABELLED PEX14 - UNLABELLED PEX5 COMPLEXES

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試料調製

詳細内容: 10%WATER/90%D2O, 100%D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView5.0.4構造決定
TopSpin1.3構造決定
NMRPipe構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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