PDB-1no1: Structure of truncated variant of B.subtilis SPP1 phage G39P heli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1no1

タイトル

Structure of truncated variant of B.subtilis SPP1 phage G39P helicase loader/inhibitor protein

要素

replisome organizer

キーワード

REPLICATION / helical / bipartite / natively unfolded domain

機能・相同性

Replisome organizer (g39p helicase loader/inhibitor protein) / G39, N-terminal domain superfamily / molecular function inhibitor activity / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 39 protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage SPP1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Mesa, P. / Ayora, S. / Waltho, J.P. / Ashcroft, A.E. / Baron, A.J. / Alonso, J.C. / Rafferty, J.B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural analysis of Bacillus subtilis SPP1 phage helicase loader protein G39P
著者: Bailey, S. / Sedelnikova, S.E. / Mesa, P. / Ayora, S. / Waltho, J.P. / Ashcroft, A.E. / Baron, A.J. / Alonso, J.C. / Rafferty, J.B.

履歴

登録	2003年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1no1.cif.gz	53.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1no1.ent.gz	38.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1no1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1no1_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1no1_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	1no1_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	1no1_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1no1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1no1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w85-d 1baj-d 2r1q-d 2ofs-d 1eci-d 2zzs-29 1f71-d 2x48-2 2zzs-11 3bqp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: replisome organizer

B: replisome organizer

C: replisome organizer

44.5 kDa, 3 ポリマー
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1

A: replisome organizer

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: replisome organizer

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: replisome organizer

登録者が定義した集合体
14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.9, 91.3, 48.4
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	replisome organizer / G39P / gene 39 分子量: 14818.049 Da / 分子数: 3 / 断片: G39P112 truncated variant / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: natively unfolded N-terminal domain / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: 39 / プラスミド: pCB366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)[pLysS] / 参照: UniProt: Q38151
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium citrate, ammonium sulphate, pH 5., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
結晶化	*PLUS 詳細: Marians, K.J., (1992) Annu. Rev. Biochem., 61, 673.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月5日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 161039 / Num. obs: 161039 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 57.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.262 / R_sym value: 0.262 / % possible all: 81
反射	PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 28352 / % possible obs: 93 % / Num. measured all*: 161039
反射シェル	PLUS % possible obs*: 81 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic after TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23227	752	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2043	-	-	-
all	0.20565	14548	-	-
obs	0.20565	14548	96.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.488 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.76 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.3705 Å / Luzzati d res low obs: 15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1538	0	0	41	1579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.96	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.511	3	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.338	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.3	557
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.11	0.3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.077	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.739	1.5	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.412	2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.001	3	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.624	4.5	538

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	52	-
R_work	0.279	1009	-
obs	-	-	94.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.34	-1.8228	0.8742	11.2912	0.1778	2.6133	0.1232	-0.3604	-0.0764	1.0438	0.1122	-0.4179	0.0802	0.0877	-0.2354	0.1996	-0.0183	0.0051	0.136	-0.0076	0.0804	41.3745	49.9759	-7.1877
2	14.4482	-1.9822	-1.8855	1.903	0.9363	5.4454	0.0391	-0.3717	0.7945	0.2964	0.208	-0.2497	-0.3886	0.253	-0.2471	0.14	0.0164	0.0723	0.0841	-0.0034	0.1009	27.9094	64.0755	0.6422
3	4.2157	3.2341	-0.9142	8.7255	-0.1614	3.9409	0.0096	-0.46	0.0839	0.3709	0.1375	0.1808	-0.0788	-0.2521	-0.1471	0.0644	0.0381	0.0191	0.1497	0.0227	0.0203	8.657	60.0538	8.9245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 67	1 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 67	1 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 67	1 - 67

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.23 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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