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- PDB-2w7z: Structure of the pentapeptide repeat protein EfsQnr, a DNA gyrase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w7z
タイトルStructure of the pentapeptide repeat protein EfsQnr, a DNA gyrase inhibitor. Free amines modified by cyclic pentylation with glutaraldehyde.
要素PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
キーワードINHIBITOR / GLUTARALDEHYDE / GYRASE INHIBITOR / CYCLIC PENTYLATION / CHEMICAL MODIFICATION / PENTAPEPTIDE REPEAT PROTEIN
機能・相同性: / Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / Pentapeptide repeat family protein
機能・相同性情報
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Crystallization of a Pentapeptide-Repeat Protein by Reductive Cyclic Pentylation of Free Amines with Glutaraldehyde.
著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
B: PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1896
ポリマ－50,0472
非ポリマー1424
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-32.4 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.930, 63.139, 94.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8509, -0.5237, -0.04045), (-0.5206, 0.8306, 0.1976), (-0.06988, 0.1892, -0.9795)
ベクター: 2.741, -7.347, 81.33)

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要素

#1: タンパク質 PENTAPEPTIDE REPEAT FAMILY PROTEIN / EFSQNR


分子量: 25023.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHEMICAL MODIFICATION OF THE FREE AMINES (LYSINES, N-TERMINUS) BY TREATMENT WITH GLUTARALDEHYDE UNDER REDUCING CONDITIONS
由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q837D8
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LYSYL-PIPERIDINE (LPD): UNSATURATED SIX-MEMBERED RING, WITH PROTONATED NITROGEN, SP3 GEOMETRY, AND ...LYSYL-PIPERIDINE (LPD): UNSATURATED SIX-MEMBERED RING, WITH PROTONATED NITROGEN, SP3 GEOMETRY, AND FIVE CARBONS, A PIPERIDINE GROUP ON LYSINE SIDE CHAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN - 10 MG/ML, 400 MM AMMONIUM SULFATE, 15 MM HEPES PH 7.5, 1 MM DTT, 1 MM ETDA PRECIPITANT - 100 MM MES PH 6.5, 5-15% PEG 6000, 1M LICL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 日付: 2008年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20.6 Å / Num. obs: 53909 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→94.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.462 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PROTEIN WAS PRODUCED WITH N-TERMINAL THROMBIN CLEAVABLE TAG. PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AFTER THROMBIN CLEAVAGE, LEAVING A NON-NATIVE N-TERMINUS OF GLYSERHIS-MET1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2736 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 51172 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.34 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→94.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 4 417 3855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9734894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8945426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.41224.787188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74615511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2181516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.52172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09323430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0331594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.144.51464
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.446 193
Rwork0.367 3093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9280.25950.43630.58340.22561.99080.00080.0298-0.03870.07970.0099-0.07070.07310.0532-0.01080.01610.0386-0.01680.01740.00090.008722.4114.31474.259
21.54910.1410.77981.2640.42292.26740.04220.075-0.0746-0.0336-0.0297-0.00140.127-0.0584-0.01250.03080.0229-0.0020.0573-0.01770.020112.5560.76959.435
31.3880.91631.63160.80150.98193.08390.02550.1294-0.0266-0.04830.0069-0.04930.07790.0232-0.03240.01070.0154-0.00610.0787-0.0404-0.00425.391-3.88247.041
41.01330.03040.04951.79280.43311.8804-0.0281-0.00920.0517-0.43450.06550.2231-0.3038-0.0039-0.03750.1194-0.035-0.032-0.04080.02890.0028-21.332-0.3636.923
50.92740.13070.61881.5370.34621.9092-0.0107-0.08870.012-0.02570.109-0.0334-0.15030.0975-0.09830.024-0.0270.03870.0572-0.00980.021-11.122-2.19723.612
61.0759-0.03410.51650.167-0.52692.27250.063-0.07070.06520.1040.0071-0.01160.02210.1284-0.07020.01560.0046-0.00130.1065-0.06120.01820.172-3.49635.425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3A169 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5B110 - 180
6X-RAY DIFFRACTION6B181 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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