PDB-2w5j: Structure of the c14-rotor ring of the proton translocating chlor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w5j

タイトル

Structure of the c14-rotor ring of the proton translocating chloroplast ATP synthase

要素

ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

キーワード

HYDROLASE / CHLOROPLAST / ATP SYNTHASE / LIPID-BINDING / CF(0) / MEMBRANE / TRANSPORT / FORMYLATION / ENERGY TRANSDUCTION / HYDROGEN ION TRANSPORT / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / chloroplast thylakoid membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Schlieper, D. / Winn, M. / Buechner, C. / Groth, G.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure of the c14 rotor ring of the proton translocating chloroplast ATP synthase.
著者: Vollmar, M. / Schlieper, D. / Winn, M. / Buchner, C. / Groth, G.

履歴

登録	2008年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / reflns / reflns_shell Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w5j.cif.gz	170.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w5j.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w5j_validation.pdf.gz	527.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w5j_full_validation.pdf.gz	618.2 KB	表示
XML形式データ	2w5j_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	2w5j_validation.cif.gz	64.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yceS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tqj-d 4mjn-d 3v3c-d 2wie-1 2b4i-d 2xqs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (9) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

B: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

C: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

D: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

E: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

F: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

G: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

H: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

I: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

J: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

K: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

L: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

M: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

V: ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC

106 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.601, 89.996, 124.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	V
3	1	B
4	1	C
5	1	D
6	1	E
7	1	F
8	1	G
9	1	H
10	1	I
11	1	J
12	1	K
13	1	L
14	1	M

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 81
2	1	1	1	V	1 - 81
3	1	1	1	B	1 - 81
4	1	1	1	C	1 - 81
5	1	1	1	D	1 - 81
6	1	1	1	E	1 - 81
7	1	1	1	F	1 - 81
8	1	1	1	G	1 - 81
9	1	1	1	H	1 - 81
10	1	1	1	I	1 - 81
11	1	1	1	J	1 - 81
12	1	1	1	K	1 - 81
13	1	1	1	L	1 - 81
14	1	1	1	M	1 - 81

#1: タンパク質	ATP SYNTHASE C CHAIN, CHLOROPLASTIC / LIPID-BINDING PROTEIN / ATPASE SUBUNIT III / C14 ROTOR RING CHLOROPLAST ATP SYNTHASE 分子量: 7599.865 Da / 分子数: 14 / 断片: RESIDUES 2-79 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SPINACIA OLERACEA (ホウレンソウ) / 器官: THYLAKOID MEMBRANE / Variant: POLKA / 参照: UniProt: P69447, H+-transporting two-sector ATPase

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.94 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→4.01 Å / Num. obs: 12655 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 2.6 % / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1852 / R_rim(I) all: 0.248 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0063	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YCE

1yce

解像度: 3.8→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 144.6 / SU ML: 0.905 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.006 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.335	628	5 %	RANDOM
R_work	0.317	-	-	-
obs	0.318	11999	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	0 Å²	1.01 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6860	0	0	0	6860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.284	1.998	9534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	10178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.98	5	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.83	21.25	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.478	15	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.045	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.128	2	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.238	4	8162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.149	4	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.277	6	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 784 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.05
2	V	tight positional	0.02	0.05
3	B	tight positional	0.02	0.05
4	C	tight positional	0.02	0.05
5	D	tight positional	0.02	0.05
6	E	tight positional	0.02	0.05
7	F	tight positional	0.02	0.05
8	G	tight positional	0.02	0.05
9	H	tight positional	0.02	0.05
10	I	tight positional	0.02	0.05
11	J	tight positional	0.02	0.05
12	K	tight positional	0.02	0.05
13	L	tight positional	0.02	0.05
14	M	tight positional	0.02	0.05
1	A	tight thermal	0.02	0.5
2	V	tight thermal	0.02	0.5
3	B	tight thermal	0.03	0.5
4	C	tight thermal	0.02	0.5
5	D	tight thermal	0.02	0.5
6	E	tight thermal	0.02	0.5
7	F	tight thermal	0.02	0.5
8	G	tight thermal	0.02	0.5
9	H	tight thermal	0.02	0.5
10	I	tight thermal	0.02	0.5
11	J	tight thermal	0.02	0.5
12	K	tight thermal	0.02	0.5
13	L	tight thermal	0.02	0.5
14	M	tight thermal	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.8→3.9 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.371	41
R_work	0.331	871

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.7409 Å / Origin y: 0.1847 Å / Origin z: 26.291 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1458 Å²	0.0197 Å²	-0.0985 Å²	-	0.2145 Å²	0.0282 Å²	-	-	0.1598 Å²
L	3.4014 °²	0.1951 °²	1.4754 °²	-	3.3529 °²	0.0392 °²	-	-	6.6486 °²
S	0.0602 Å °	0.3608 Å °	0.1088 Å °	-0.2348 Å °	-0.0795 Å °	-0.0354 Å °	0.2372 Å °	-0.1074 Å °	0.0194 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 81
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	1 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	1 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	1 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	1	I	1 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	1	J	1 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	1	K	1 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 81
13	X-RAY DIFFRACTION	1	M	1 - 81
14	X-RAY DIFFRACTION	1	V	1 - 81

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