+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w4d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Acylphosphatase variant G91A from Pyrococcus horikoshii | ||||||
![]() | ACYLPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lam, S.Y. / Wong, K.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Rigidifying Salt-Bridge Favors the Activity of Thermophilic Enzyme at High Temperatures at the Expense of Low-Temperature Activity. 著者: Lam, S.Y. / Yeung, R.C.Y. / Yu, T. / Sze, K. / Wong, K.B. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of an Acylphosphatase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Horikoshii 著者: Cheung, Y.Y. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K.B. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Hyperthermophilic Archaeal Acylphosphatase from Pyrococcus Horikoshii--Structural Insights Into Enzymatic Catalysis, Thermostability, and Dimerization. 著者: Cheung, Y. / Lam, S.Y. / Chu, W. / Allen, M.D. / Bycroft, M. / Wong, K. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 95.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 486.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10159.682 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 2-91 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 91 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 91 TO ALA ...ENGINEERED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8.5 詳細: 7.9MG/ML PROTEIN, 0.6M NA/K GRID SCREEN, PH8.5, CRYOPROTECTANT: 25% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→44.18 Å / Num. obs: 24753 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.92 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.74 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1W2I 解像度: 2.4→23.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1417720.6 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.35 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.7 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|