PDB-2w2f: CRYSTAL STRUCTURE OF SINGLE POINT MUTANT ARG48GLN OF P-COUMARIC A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w2f

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF SINGLE POINT MUTANT ARG48GLN OF P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE FROM LACTOBACILLUS PLANTARUM STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE ACTIVE SITE AND DECARBOXYLATION CATALYTIC MECHANISM

要素

P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Rodriguez, H. / Angulo, I. / De Las Rivas, B. / Campillo, N. / Paez, J.A. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: P-Coumaric Acid Decarboxylase from Lactobacillus Plantarum: Structural Insights Into the Active Site and Decarboxylation Catalytic Mechanism.
著者: Rodriguez, H. / Angulo, I. / De Las Rivas, B. / Campillo, N. / Paez, J.A. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2008年10月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w2f.cif.gz	165.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w2f.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w2f_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w2f_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	2w2f_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	2w2f_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w2aSC 2w2bC 2wsjC 2gc9 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cp6-d 6n82-d 4ecg-d 4kfa-d 1yq7-d 5dgs-d 4nfk-d 4kq5-d 5dgn-d 2f8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

B: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

C: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

D: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

91.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

B: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

D: P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.248, 94.924, 106.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 176 / Label seq-ID: 18 - 192

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	P-COUMARIC ACID DECARBOXYLASE 分子量: 22814.234 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: Q88RY7, UniProt: F9ULL2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 48 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 48 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 48 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 48 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 48 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 48 TO GLN

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→52.4 Å / Num. obs: 55853 / % possible obs: 69.8 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 69.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W2A

2w2a

解像度: 1.73→35.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 5.921 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	2830	5.1 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	53004	69.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→35.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5828	0	2	496	6326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.227	1.921	8172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.69	25	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.215	15	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.962	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	4001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.442	1.5	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.796	2	5668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.387	3	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.051	4.5	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	700	medium positional	0.17	0.5
2	B	700	medium positional	0.16	0.5
3	C	700	medium positional	0.18	0.5
4	D	700	medium positional	0.2	0.5
1	A	757	loose positional	0.38	5
2	B	757	loose positional	0.47	5
3	C	757	loose positional	0.4	5
4	D	757	loose positional	0.45	5
1	A	700	medium thermal	0.48	2
2	B	700	medium thermal	0.6	2
3	C	700	medium thermal	0.61	2
4	D	700	medium thermal	0.58	2
1	A	757	loose thermal	1.23	10
2	B	757	loose thermal	1.37	10
3	C	757	loose thermal	1.47	10
4	D	757	loose thermal	1.37	10

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.462	41
R_work	0.319	991

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2435	-0.1303	-0.1784	0.2405	0.1261	0.6267	0.0242	0.0267	0.0095	-0.0309	-0.0478	0.0226	-0.0076	-0.0082	0.0236	-0.0395	0.0066	-0.002	-0.0027	0.0016	0.01	7.551	-16.243	27.867
2	0.2408	-0.152	-0.147	0.1868	0.1212	0.6825	-0.0222	-0.0307	0.0064	-0.0152	0.0355	-0.0284	-0.1356	-0.0218	-0.0134	-0.019	0.0153	-0.0057	-0.0008	-0.0004	0.0118	-0.22	-0.165	49.603
3	0.3359	0.0436	0.1895	0.5224	0.0972	0.4181	-0.0064	0.0061	-0.0424	-0.0131	-0.0135	0.0356	0.0733	-0.0207	0.0199	-0.0175	-0.0045	0.0159	-0.0094	-0.0212	0.0146	-19.805	-13.985	76.577
4	0.3178	0.0113	0.1215	0.353	-0.1783	0.4679	0.017	-0.0297	0.0246	0.0219	-0.0011	0.0127	-0.0026	0.0377	-0.0159	-0.0444	-0.0037	0.015	-0.0135	-0.0062	0.0112	-12.007	2.305	98.208

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	96 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	125 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	141 - 176
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	96 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	125 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	141 - 176
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	96 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	125 - 140
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	141 - 176
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 95
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	96 - 124
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	125 - 140
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	141 - 176

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