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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w19 | ||||||
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タイトル | Non-covalent complex between dahp synthase and chorismate mutase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/ISOMERASE / TRANSFERASE-ISOMERASE COMPLEX / TRANSFERASE ISOMERASE COMPLEX / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / MULTI-ENZYME COMPLEX / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / ENZYME ACTIVATION / FEEDBACK REGULATION / SHIKIMATE PATHWAY / COMPLEX FORMATION / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS RV0948C / ISOMERASE / TRANSFERASE / DRUG TARGET / ENZYME CATALYSIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process ...aromatic amino acid family biosynthetic process, prephenate pathway / salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Okvist, M. / Sasso, S. / Roderer, K. / Gamper, M. / Codoni, G. / Krengel, U. / Kast, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2009 タイトル: Structure and Function of a Complex between Chorismate Mutase and Dahp Synthase: Efficiency Boost for the Junior Partner. 著者: Sasso, S. / Okvist, M. / Roderer, K. / Gamper, M. / Codoni, G. / Krengel, U. / Kast, P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w19.cif.gz | 207.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w19.ent.gz | 165.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2w19_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2w19_full_validation.pdf.gz | 495.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2w19_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2w19_validation.cif.gz | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w19 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51891.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PKTDS-HN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13 参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase #2: タンパク質 | 分子量: 10107.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 16-105 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PKTCMM-H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13 参照: UniProt: P64767, UniProt: P9WIC1*PLUS, chorismate mutase #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINALLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.9 詳細: 0.9M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS PH 7.9, 5% GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→66.82 Å / Num. obs: 83270 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.84 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 3.86 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2B7O 解像度: 2.15→66.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.204 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.267 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→66.82 Å
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拘束条件 |
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