PDB-2w02: Co-complex Structure of Achromobactin Synthetase Protein D (AcsD)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w02

タイトル

Co-complex Structure of Achromobactin Synthetase Protein D (AcsD) with ATP from Pectobacterium Chrysanthemi

要素

ACSD

キーワード

METAL TRANSPORT / SSPF / ACSD / ACHROMOBACTIN BIOSYNTHESIS / PECTOBACTERIUM CHRYSANTHEMI

機能・相同性

機能・相同性情報

acid-amino acid ligase activity / siderophore biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schmelz, S. / McMahon, S.A. / Kadi, N. / Song, L. / Oves-Costales, D. / Oke, M. / Liu, H. / Johnson, K.A. / Carter, L. / White, M.F. ...

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2009
タイトル: AcsD catalyzes enantioselective citrate desymmetrization in siderophore biosynthesis.
著者: Schmelz, S. / Kadi, N. / McMahon, S.A. / Song, L. / Oves-Costales, D. / Oke, M. / Liu, H. / Johnson, K.A. / Carter, L.G. / Botting, C.H. / White, M.F. / Challis, G.L. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2008年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w02.cif.gz	242.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w02.ent.gz	193.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w02_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w02_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2w02_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	2w02_validation.cif.gz	60.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w03C 2w04C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w04-1 5fh4-d 2w04-2 2rk8-1 4mlp-4 4mlp-3 4yw8-d 3fu3-d 3moe-d 2w03-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACSD

B: ACSD

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACSD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ACSD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.874, 94.542, 157.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	4	A	A	7 - 165	7 - 165
2	1	ASP	ASP	GLY	GLY	4	B	B	7 - 165	7 - 165
2	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	B	B	166 - 197	166 - 197
2	3	ALA	ALA	ARG	ARG	4	B	B	198 - 380	198 - 380
1	4	SER	SER	TRP	TRP	4	A	A	381 - 587	381 - 587
2	4	SER	SER	TRP	TRP	4	B	B	381 - 587	381 - 587

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	ACSD 分子量: 70598.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93AT8
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST FIVE RESIDUES )IN CHAIN A (MNNRN) AND SEVEN IN CHAIN B (MNNRNHD) RESIDUES ARE DISORDERED. ...THE FIRST FIVE RESIDUES )IN CHAIN A (MNNRN) AND SEVEN IN CHAIN B (MNNRNHD) RESIDUES ARE DISORDERED. RESIDUES 99 (Q) AND 572 - 577 (AEADRQ) IN CHAIN A ARE DISORDERED. IN CHAIN B RESIDUES 98 AND 99 (AQ)ARE DISORDERED. IN BOTH CHAINS THE TERMINAL REDIDUES 587-620 ( GHAVQHGSEVQHDERRHGDVRHEEARHGEVQHG) ARE DISORDERED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.8, 26% (W/V) PEG8000, 300 MM L-SERINE. 5MM ATP (DISSOLVED IN WATER) WAS PRE-INCUBATED FOR 10 MIN (RT) WITH 6 MG/ML ACSD. PROTEINULLTP PRECIPITATE WAS REMOVED BY ...詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.8, 26% (W/V) PEG8000, 300 MM L-SERINE. 5MM ATP (DISSOLVED IN WATER) WAS PRE-INCUBATED FOR 10 MIN (RT) WITH 6 MG/ML ACSD. PROTEINULLTP PRECIPITATE WAS REMOVED BY CENTRIFUGATION. 1 UL OF SUPERNATANT AND EQUAL AMOUNT OF PRECIPITANT WAS USED IN HANGING DROP CRYSTALLIZATION (298 K).

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.8, 26% (W/V) PEG8000, 300 MM L-SERINE. 5MM ATP (DISSOLVED IN WATER) WAS PRE-INCUBATED FOR 10 MIN (RT) WITH 6 MG/ML ACSD. PROTEINULLTP PRECIPITATE WAS REMOVED BY ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→81.1 Å / Num. obs: 61355 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.95 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: APO STRUCTURE OF ACSD

解像度: 2.2→81.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 20.286 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	3096	5 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.219	58259	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→81.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9252	0	71	277	9600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	9564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.955	13008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.95	23.388	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.318	15	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.333	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.495	1.5	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.823	2	9248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.278	3	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.939	4.5	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1260	medium positional	0.37	0.5
1	2	B	1260	medium positional	0.37	0.5
2	1	A	124	medium positional	0.41	0.5
2	2	B	124	medium positional	0.41	0.5
3	1	A	1430	medium positional	0.42	0.5
3	2	B	1430	medium positional	0.42	0.5
4	1	A	1638	medium positional	0.38	0.5
4	2	B	1638	medium positional	0.38	0.5
2	1	A	134	loose positional	0.68	5
2	2	B	134	loose positional	0.68	5
1	1	A	1260	medium thermal	0.52	2
1	2	B	1260	medium thermal	0.52	2
2	1	A	124	medium thermal	0.49	2
2	2	B	124	medium thermal	0.49	2
3	1	A	1430	medium thermal	0.51	2
3	2	B	1430	medium thermal	0.51	2
4	1	A	1638	medium thermal	0.55	2
4	2	B	1638	medium thermal	0.55	2
2	1	A	134	loose thermal	1.39	10
2	2	B	134	loose thermal	1.39	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.375	216
R_work	0.315	4261

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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